t/DB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 116,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17         use_ok('Bio::DB::GenPept');
  18         use_ok('Bio::DB::SwissProt');
  19     use_ok('Bio::DB::GDB');
  20     use_ok('Bio::DB::MeSH');
  21 }
  22
  23 my %expected_lengths = ('NDP_MOUSE' => 131,
  24                         'NDP_HUMAN' => 133,
  25                         'MUSIGHBA1' => 408,
  26                         'AF303112'  => 1611,
  27                         'J00522'    => 408,
  28                         'AF303112'  => 1611,
  29                         'AF303112.1' => 1611,
  30                         '2981014'   => 1156,
  31                         'AF041456'  => 1156,
  32                         'AY080910'  => 798,
  33                         'AY080909'  => 1042,
  34                         'AF155220'  => 1172,
  35                         '405830'    => 1743,
  36                         'CELRABGDI' => 1743,
  37                         '195055'    => 136,
  38                         'AAD15290'  => 136,
  39                         'AAC06201'  => 353,
  40                         'P43780'    => 103,
  41                         'BOLA_HAEIN'=> 103,
  42                         'YNB3_YEAST'=> 125,
  43                         'O39869'    => 56,
  44                         'P18584'    => 497,
  45                         'DEGP_CHLTR'=> 497,
  46                         'AF442768'  => 2547,
  47                         'P31383'    => 635,
  48                         'CH402638'  => 5041);
  49
  50 my ($gb, $seq, $seqio, $seqin, $query);
  51
  52 #
  53 # Bio::DB::GenBank
  54 #
  55 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'=>0), 'Bio::DB::GenBank';
  56
  57 # get a single seq
  58 SKIP: {
  59     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
  60     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Do you have network access? Skipping GenBank tests", 4 if $@;
  61     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  62     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  63     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 3 if $@;
  64     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  65     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_version('AF303112.1');};
  66     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 2 if $@;
  67     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  68     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_gi('405830');};
  69     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests", 1 if $@;
  70     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
  71 }
  72
  73 $seq = $seqio = undef;
  74
  75 # batch mode
  76 SKIP: {
  77     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  78     skip "Batch access test failed for Genbank. Skipping those tests", 4 if $@;
  79     my $done = 0;
  80     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  81         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
  82         $done++;
  83     }
  84     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  85     is $done, 3;
  86 }
  87
  88 $seq = $seqio = undef;
  89
  90 # test the temporary file creation and fasta
  91 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-format' => 'fasta', '-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
  92 SKIP: {
  93     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
  94     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
  95     # last part of id holds the key
  96     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]};
  97     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  98     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  99     # last part of id holds the key
 100     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]};
 101     # batch mode requires genbank format
 102     $gb->request_format("gb");
 103     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 104     skip "Couldn't connect to complete GenBank batch tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 105     my $done = 0;
 106     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 107         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 108         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 109         # but a temp file should remain until seqio goes away.
 110         $done++;
 111     }
 112     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 113     is $done, 3;
 114 }
 115
 116 $seq = $seqio = undef;
 117
 118 # test pipeline creation
 119 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-retrievaltype' => 'pipeline', '-delay' => 0);
 120 SKIP: {
 121     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1');};
 122     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
 123     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 124     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
 125     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 126     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 127     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 128     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 129     my $done = 0;
 130     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 131         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 132         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 133         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 134         $done++;
 135     }
 136     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 137     is $done, 3;
 138 }
 139
 140 $seq = $seqio = undef;
 141
 142 # test query facility
 143 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'      => 'nucleotide',
 144                                          '-query'   => 'Onchocerca volvulus[Organism]',
 145                                          '-mindate' => '2002/1/1',
 146                                          '-maxdate' => '2002/12/31'), 'Bio::DB::Query::GenBank';
 147 SKIP: {
 148     cmp_ok $query->count, '>', 0;
 149     my @ids = $query->ids;
 150     cmp_ok @ids, '>', 0;
 151     is @ids, $query->count;
 152     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
 153     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
 154     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests", 5 if $@;
 155     my $done = 0;
 156     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 157         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 158         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 159         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 160         $done++;
 161     }
 162     skip('No seqs returned', 5) if !$done;
 163     is $done, 4;
 164 }
 165
 166 $seq = $seqio = undef;
 167
 168 # test query facility (again)
 169 ok $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-db'  => 'nucleotide',
 170                                          '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
 171 SKIP: {
 172     cmp_ok $query->count, '>', 0;
 173     my @ids = $query->ids;
 174     cmp_ok @ids, '>', 0;
 175     is @ids, $query->count;
 176     $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0);
 177     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_query($query);};
 178     skip "Couldn't connect to complete GenBank query tests. Skipping those tests: $@", 4 if $@;
 179     my $done = 0;
 180     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 181         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 182         $done++;
 183     }
 184     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 185     is $done, 3;
 186     $seqio->close(); # the key to preventing errors during make test, no idea why
 187 }
 188
 189 $seq = $seqio = undef;
 190
 191 # and yet again, for bug 2133
 192 $query = Bio::DB::Query::GenBank->new('-query'  => 'AF303112',
 193                                       '-ids' => [qw(J00522 AF303112 2981014)]);
 194 is $query->query, 'J00522[PACC]|AF303112[PACC]|2981014[UID]';
 195
 196 # test contig retrieval
 197 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'  => 0, '-format' => 'gbwithparts');
 198 SKIP: {
 199     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('CH402638');};
 200     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 3 if $@;
 201     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 202     # now to check that postprocess_data in NCBIHelper catches CONTIG...
 203     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0, '-format' => 'gb');
 204     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('CH402638');};
 205     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 1 if $@;
 206     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 207 }
 208
 209 $seq = $seqio = undef;
 210
 211 # bug 1405
 212 my @result;
 213 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -seq_start  => 2, -seq_stop   => 7);
 214 SKIP: {
 215     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc("A11111");};
 216     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 15 if $@;
 217     is $seq->length, 6;
 218     # complexity tests
 219     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -complexity => 0);
 220     eval {$seqin = $gb->get_Stream_by_acc("5");};
 221     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 13 if $@;
 222     @result = (1136, 'dna', 342, 'protein');
 223     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 224         is $seq->length, shift(@result);
 225         is $seq->alphabet, shift(@result);
 226     }
 227     is @result, 0;
 228     # Real batch retrieval using epost/efetch
 229     # these tests may change if integrated further into Bio::DB::Gen*
 230     # Currently only useful for retrieving GI's via get_seq_stream
 231     $gb = Bio::DB::GenBank->new();
 232     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [4887706 ,431229, 147460], -mode => 'batch');};
 233     skip "Couldn't connect to complete GenBank batchmode epost/efetch tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 234     my %result = ('M59757' => 12611 ,'X76083'=> 3140, 'J01670'=> 1593);
 235         my $ct = 0;
 236     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 237                 $ct++;
 238                 my $acc = $seq->accession;
 239         ok exists $result{ $acc };
 240         is $seq->length, $result{ $acc };
 241                 delete $result{$acc};
 242     }
 243     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 244         is $ct, 3;
 245     is %result, 0;
 246 }
 247
 248 $seq = $seqin = undef;
 249
 250 #
 251 # Bio::DB::GenPept
 252 #
 253 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new();
 254 SKIP: {
 255     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [2981015, 1621261, 195055], -mode => 'batch');};
 256     skip "Couldn't connect to complete GenPept tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 257     my %result = ('AAC06201' => 353, 'CAB02640' => 193, 'AAD15290' => 136);
 258     my $ct = 0;
 259     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 260                 $ct++;
 261                 my $acc = $seq->accession;
 262         ok exists $result{ $acc };
 263         is $seq->length, $result{ $acc };
 264                 delete $result{$acc};
 265     }
 266     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 267         is $ct, 3;
 268     is %result, 0;
 269 }
 270
 271 $seq = $seqio = undef;
 272
 273 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new('-delay' => 0);
 274 SKIP: {
 275     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('195055');};
 276     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 10 if $@;
 277     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 278     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AAC06201');};
 279     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 9 if $@;
 280     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 281     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(AAC06201 195055)]);};
 282     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
 283     my $done = 0;
 284     while( my $s = $seqio->next_seq ) {
 285         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
 286         $done++;
 287     }
 288     skip('No seqs returned', 8) if !$done;
 289     is $done, 2;
 290     # swissprot genpept parsing
 291     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('2AAA_YEAST');};
 292     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 293     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 294
 295     # test dbsource stuff
 296     # small chance this might change but hopefully not
 297     my @annot = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
 298     cmp_ok(scalar(@annot), '>', 31);
 299     is $annot[0]->database, 'swissprot';
 300     is $annot[0]->primary_id, '2AAA_YEAST';
 301     is (($seq->annotation->get_Annotations('swissprot_dates'))[0]->value, 'Jul 1, 1993');
 302 }
 303
 304 $seq = $seqio = undef;
 305
 306 #
 307 # Bio::DB::SwissProt
 308 #
 309 ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new(-retrievaltype =>'pipeline', -delay => 0);
 310 SKIP: {
 311     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('YNB3_YEAST');};
 312     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 14 if $@;
 313     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 314     is $seq->division, 'YEAST';
 315
 316     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('P43780');};
 317     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 12 if $@;
 318     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 319     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('O39869');};
 320     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 11 if $@;
 321     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->accession_number};
 322     is $seq->accession_number, 'O39869';
 323     is $seq->division, '9PICO';
 324
 325     # test for bug #958
 326     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('P18584');};
 327     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
 328     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 329     is $seq->display_id, 'DEGP_CHLTR';
 330     is $seq->division, 'CHLTR';
 331
 332     ok $gb = Bio::DB::SwissProt->new('-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
 333     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id(['NDP_MOUSE', 'NDP_HUMAN']);};
 334     skip "Couldn't connect to SwissProt with Bio::DB::Swiss.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 335     undef $gb; # testing to see if we can remove gb
 336     ok $seq = $seqio->next_seq();
 337     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 338     ok $seq = $seqio->next_seq();
 339     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id};
 340 }
 341
 342 $seq = $seqio = undef;
 343
 344 #
 345 # Bio::DB::GDB
 346 #
 347 ok my $gdb = Bio::DB::GDB->new();
 348 SKIP: {
 349     my $info;
 350     eval {$info = $gdb->get_info(-type => 'marker', -id => 'D1S243');};
 351     skip "Couldn't connect to GDB with Bio::DB::GDB.pm. Skipping those tests", 1 if $@;
 352     is $info->{gdbid}, 'GDB:188393';
 353 }
 354
 355 #
 356 # Bio::DB::EntrezGene
 357 #
 358 SKIP: {
 359         test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'Bio::ASN1::EntrezGene');
 360     use_ok('Bio::DB::EntrezGene');
 361     ok $gb = Bio::DB::EntrezGene->new(-retrievaltype => 'tempfile', -delay => 0);
 362     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([2,3064]);};
 363     skip "Couldn't connect to Entrez with Bio::DB::EntrezGene. Skipping those tests", 6 if $@;
 364     $seq = $seqio->next_seq;
 365     is $seq->display_id, "A2M";
 366     is $seq->accession_number, 2;
 367     $seq = $seqio->next_seq;
 368     is $seq->display_id, "HTT";
 369     is $seq->accession_number, 3064;
 370     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id(6099);};
 371     skip "Couldn't connect to Entrez with Bio::DB::EntrezGene. Skipping those tests", 2 if $@;
 372     is $seq->display_id, "RP";
 373     is $seq->accession_number, 6099;
 374 }
 375
 376 $seq = $seqio = undef;
 377
 378 #
 379 # Bio::DB::MeSH
 380 #
 381 ok my $mesh = Bio::DB::MeSH->new();
 382 SKIP: {
 383     my $t;
 384     eval {$t = $mesh->get_exact_term('Dietary Fats');};
 385     skip "Couldn't connect to MeSH with Bio::DB::MeSH. Skipping those tests", 3 if $@;
 386     is $t->each_twig(), 2;
 387     eval {$t = $mesh->get_exact_term("Sinus Thrombosis, Intracranial");};
 388     skip "Couldn't connect to MeSH with Bio::DB::MeSH. Skipping those tests", 2 if $@;
 389     is $t->description, "Thrombus formation in an intracranial venous sinus, including the superior sagittal, cavernous, lateral, and petrous sinuses. Etiologies include thrombosis due to infection,  DEHYDRATION, coagulation disorders (see  THROMBOPHILIA), and  CRANIOCEREBRAL TRAUMA.";
 390     is $t->id, "D012851";
 391 }
 392
 393 $seq = $seqio = undef;