t/BlastIndex.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 26,
  11                                   -requires_module => 'IO::String');
  12
  13         use_ok('Cwd');
  14         use_ok('Bio::SearchIO');
  15         use_ok('Bio::Index::Blast');
  16 }
  17
  18 END {  unlink qw( Wibbl Wibbl.pag Wibbl.dir Wibbl.index); }
  19
  20 # BLASTP
  21
  22 my $index = Bio::Index::Blast->new(-filename => 'Wibbl',
  23                                                                                           -write_flag => 1);
  24 ok($index);
  25
  26 $index->make_index(test_input_file('multi_blast.bls'));
  27 ($index->dbm_package eq 'SDBM_File') ?
  28         (ok(-e "Wibbl.pag" && -e "Wibbl.dir")) :
  29         (ok(-e "Wibbl"));
  30
  31 foreach my $id ( qw(CATH_RAT PAPA_CARPA) ) {
  32         my $fh = $index->get_stream($id);
  33         ok($fh);
  34         ok( ! eof($fh) );
  35         my $report = Bio::SearchIO->new(-noclose => 1,
  36                                    -format  => 'blast',
  37                                    -fh      => $fh);
  38         my $result = $report->next_result;
  39         like($result->query_name, qr/$id/);
  40         ok( $result->next_hit);
  41
  42         like( $index->fetch_report($id)->query_name, qr/$id/);
  43 }
  44
  45 # RPS-BLAST
  46
  47 $index = Bio::Index::Blast->new(-filename => 'Wibbl.index',
  48                                                                                   -write_flag => 1);
  49 ok($index);
  50
  51 $index->make_index(test_input_file('rpsblast.bls'));
  52
  53 foreach my $id ( qw(orf20 orf40) ) {
  54         my $fh = $index->get_stream($id);
  55         ok($fh);
  56         ok( ! eof($fh) );
  57         my $report = Bio::SearchIO->new(-noclose => 1,
  58                                    -format  => 'blast',
  59                                    -fh      => $fh);
  60         my $result = $report->next_result;
  61         like($result->query_name, qr/$id/);
  62         ok( $result->next_hit);
  63
  64         like( $index->fetch_report($id)->query_name, qr/$id/);
  65 }