A test to ensure Bio::PrimarySeqI->trunc() doesn't use clone() for a Bio::Seq::RichSe...
[bioperl-live.git] / t / data / reference_ace.ace
blob54e5a78a349f9a087fd6b25214bb7786d887b326
1 AS 1 8
3 CO Contig1 1475 8 156 U
4 agccccgggccgtggggttccttgagcactcccaaagttccaacccagga
5 tgtccccgacgcttaaaccttccaagtctgaaacgggaaatttgatttgc
6 gggctaggataaacgccggggagaaaggcagaactgccttttacccccca
7 aggatatcccttgggaagggcccctttgcactcagctgctccctaattat
8 ggcgatcctccctctatctttgtccccctgtctttcaggatccctctcAA
9 CAACAgaccaCTCccattaaaGAAATCtccttctgatctgcgggatcACA
10 TAAAACAGTGCCattcAAaAcgtcccttcCcccAATGTCtaagtgTggtg
11 gagcCcttcctgcCCggctctgtgcacccacggtgcctgcatgaccccgg
12 atGCAGTGTGCACCAGctCCCATCATTCAAgagCATGACTGTGTTGCCAA
13 CCAGCcacCAGGCACTGGGGAGGGAGCtgaGGGAGCAcaaAAGGGATGAG
14 CCACCCTCTGTcCcagAAGTGGAGGGCATGGGGCTTGGCTGGGCTTAGAG
15 CTAACATACACAGGATGCTGAAAAAGAACAACACAAggtGTGTGGAGCAA
16 AGGAAAGGGAAATCAGCTTGAAGCTGATGTTAGTGTGCTTGGGCTGAGTA
17 CAGCCATGCTCTCAGTTGAGGCACGGTTGGCTCCCCATGGGCAAGATCCC
18 TCCTGGCCCATCTCTCCTCTTATTCTCTATCCCTTCCCCAGGTCCCTGCC
19 TTAGAGGTTTCACCAGAGCACAGCTCCTGCCTGTGGCCAAAACAGTATTT
20 GGCCACTCACCGACCCAGTGTCAGC*ATCCAGATGGGTTCCACATCTCAC
21 AACCCT*GAGCAGCAGAGAAGGGTTTGAAAGGCCAGGGGAG*AATGAAGA
22 CGAAGGAGG*TGTTGGCAACAACACAGA*G*AGTCAGCAGCCAGAACGCC
23 AGGTATCCACACACATAAGACATTCTAAATTTTTACTCAACAGAAATTGT
24 CTATGTCTGTGTCTGGGCACCATGGCAACACCTTATCTCTACAAAAATTA
25 GCGGAATGTAGTGGTGCCTGTGTGTAGTCCCAGCTATTCAAGAGGCTGAA
26 GTGGGAGGATTGCTTGAGCCATGGAAGTCAAGGCTGTAGTGAGCCATGAT
27 TGTGTCAATGCACTCCAGACAGAGCAAGACCCTGCTCCCACCACACACCT
28 CaaacgaaAAAAAAaaagggcaaagatatgaactgaaatggaatatag*a
29 gcagcaaaaggaacagaaaattgtctatgcctggttctctagtcatgtgc
30 agaacagacagtatcccggccctattgagttcttggggcagttaggcttg
31 tgcacccttgcttctatgccacagttagggcattcgggattcccatcctt
32 ttccccggggttgctttttgtttgcgattaccttttcggaacaatggggg
33 gaaattattttccaagttgggtttg
36  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
37  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 22
41  23 26 24 25 25 17 17 13 14 19 21 22 22 17 17 11 8 7 10 13 18 23 28 28 31 31 32 18 18 10 10 10 12 15 8 6 6 8 8 10 15 9 11 12 15 14 15 20 20 28
42  30 31 24 24 22 24 25 28 23 27 24 27 18 15 15 16 21 23 18 20 13 8 7 7 12 10 9 10 10 21 12 14 14 28 27 32 24 23 20 19 15 17 15 17 19 20 13 13 13 14
43  14 10 10 10 23 10 10 10 10 10 11 11 18 25 24 10 10 10 10 10 14 10 11 11 11 13 12 12 10 12 10 10 10 10 10 10 14 10 12 10 10 10 10 10 10 10 14 13 15 15
44  17 19 24 32 37 37 37 37 32 30 30 30 28 23 23 25 15 15 20 27 32 23 22 22 27 32 34 34 21 21 12 12 12 24 32 41 45 45 37 45 45 45 45 45 37 37 37 41 41 37
45  37 37 41 32 32 14 14 19 32 28 37 37 41 41 45 45 37 37 37 30 30 32 32 37 37 32 28 16 16 17 32 32 37 45 37 25 25 9 9 9 25 25 37 37 37 37 37 45 40 37
46  37 37 45 45 37 37 37 37 38 25 25 12 25 10 10 15 32 47 52 62 62 55 43 43 34 43 43 58 58 78 77 72 72 70 70 70 74 77 69 68 55 55 55 57 61 65 70 73 68 61
47  64 58 56 56 64 65 67 70 70 75 79 70 70 70 70 70 70 67 71 71 71 84 63 63 62 62 62 59 59 61 61 64 64 49 42 32 10 6 18 32 35 46 47 48 47 47 47 55 55 55
48  55 49 46 47 47 55 55 55 54 47 47 47 48 48 54 54 54 48 48 55 47 47 47 55 49 48 48 48 55 47 48 48 47 47 47 46 48 48 48 50 44 43 44 44 49 49 73 75 82 78
49  74 66 66 58 54 60 68 68 61 63 47 57 45 74 85 78 70 65 62 61 61 55 73 65 59 61 75 77 80 86 81 81 83 85 85 85 90 84 78 78 73 75 78 77 86 75 76 83 79 84
50  87 78 72 75 72 72 76 79 82 88 90 89 89 89 89 89 90 90 90 85 85 79 83 83 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 89 89 89 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90
51  90 90 90 81 66 66 62 62 62 73 89 90 90 86 86 86 86 88 88 90 90 90 90 90 90 90 88 71 68 61 61 66 66 70 65 64 70 70 76 90 90 90 90 90 90 85 90 90 90 87
52  87 79 79 79 79 89 74 65 71 72 79 73 73 70 75 79 76 81 81 83 80 87 89 90 82 82 90 88 88 88 88 89 86 77 77 80 79 79 79 90 90 90 90 79 79 61 58 53 76 63
53  57 65 76 76 76 80 89 89 89 90 90 90 90 88 88 88 88 88 88 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 88 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 83 79 58 43
54  45 68 70 61 75 76 73 68 84 88 90 90 90 90 90 89 72 54 62 62 53 55 55 80 83 80 80 83 85 83 87 83 83 83 85 85 86 86 84 81 83 82 77 78 76 76 77 77 80 88
55  88 87 90 90 90 90 85 84 82 71 75 62 62 37 68 75 77 74 70 71 70 72 72 80 80 80 84 83 82 66 70 55 55 55 37 55 55 55 55 55 55 55 55 54 55 55 55 48 47 47
56  47 47 47 47 47 47 47 47 55 50 50 50 47 47 47 47 44 44 55 48 51 51 54 54 54 54 54 55 54 54 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 51 51 51 54 51 61 61
57  61 61 61 61 44 42 34 34 37 37 37 44 47 47 47 61 61 61 61 61 61 61 47 49 48 47 55 54 55 55 55 55 55 44 44 44 44 46 43 43 44 44 44 51 44 47 44 34 44 44
58  44 44 39 39 43 42 50 42 42 38 37 38 41 50 52 55 47 47 39 44 44 46 41 42 40 43 40 41 42 38 37 42 55 50 44 44 46 48 55 55 55 37 34 34 33 42 47 42 42 42
59  42 55 46 46 46 48 47 48 46 43 41 39 42 39 44 44 44 48 48 38 36 36 38 38 38 44 44 44 44 44 44 42 42 36 41 40 36 36 30 33 32 29 28 28 23 12 16 10 8 8
60  13 14 23 20 21 28 28 31 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
61  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
62  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
63  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
64  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
65  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
67 AF K26-217c U 498
68 AF K26-526t U 510
69 AF K26-961c U 577
70 AF K26-394c U 797
71 AF K26-291s U 828
72 AF K26-822c U 883
73 AF K26-572c C 1
74 AF K26-766c C 408
75 BS 1 515 K26-572c
76 BS 516 516 K26-217c
77 BS 517 521 K26-572c
78 BS 522 529 K26-217c
79 BS 530 538 K26-572c
80 BS 539 569 K26-217c
81 BS 570 571 K26-526t
82 BS 572 573 K26-217c
83 BS 574 579 K26-526t
84 BS 580 584 K26-217c
85 BS 585 591 K26-526t
86 BS 592 592 K26-217c
87 BS 593 601 K26-526t
88 BS 602 604 K26-217c
89 BS 605 606 K26-526t
90 BS 607 607 K26-217c
91 BS 608 621 K26-526t
92 BS 622 628 K26-217c
93 BS 629 629 K26-526t
94 BS 630 630 K26-217c
95 BS 631 633 K26-526t
96 BS 634 634 K26-217c
97 BS 635 635 K26-526t
98 BS 636 639 K26-217c
99 BS 640 646 K26-526t
100 BS 647 648 K26-217c
101 BS 649 649 K26-526t
102 BS 650 650 K26-217c
103 BS 651 654 K26-766c
104 BS 655 655 K26-961c
105 BS 656 656 K26-217c
106 BS 657 669 K26-961c
107 BS 670 675 K26-217c
108 BS 676 676 K26-961c
109 BS 677 688 K26-217c
110 BS 689 693 K26-526t
111 BS 694 696 K26-217c
112 BS 697 698 K26-526t
113 BS 699 700 K26-961c
114 BS 701 706 K26-217c
115 BS 707 707 K26-961c
116 BS 708 708 K26-217c
117 BS 709 709 K26-961c
118 BS 710 710 K26-526t
119 BS 711 775 K26-961c
120 BS 776 776 K26-766c
121 BS 777 777 K26-961c
122 BS 778 834 K26-766c
123 BS 835 837 K26-961c
124 BS 838 840 K26-394c
125 BS 841 882 K26-766c
126 BS 883 884 K26-394c
127 BS 885 898 K26-766c
128 BS 899 899 K26-961c
129 BS 900 900 K26-766c
130 BS 901 901 K26-961c
131 BS 902 934 K26-766c
132 BS 935 935 K26-394c
133 BS 936 936 K26-766c
134 BS 937 937 K26-394c
135 BS 938 940 K26-766c
136 BS 941 944 K26-394c
137 BS 945 945 K26-291s
138 BS 946 948 K26-822c
139 BS 949 949 K26-766c
140 BS 950 951 K26-822c
141 BS 952 954 K26-766c
142 BS 955 955 K26-822c
143 BS 956 957 K26-394c
144 BS 958 962 K26-822c
145 BS 963 963 K26-394c
146 BS 964 970 K26-822c
147 BS 971 971 K26-394c
148 BS 972 972 K26-822c
149 BS 973 973 K26-394c
150 BS 974 976 K26-822c
151 BS 977 979 K26-394c
152 BS 980 986 K26-291s
153 BS 987 987 K26-394c
154 BS 988 1004 K26-822c
155 BS 1005 1009 K26-394c
156 BS 1010 1012 K26-291s
157 BS 1013 1014 K26-394c
158 BS 1015 1021 K26-822c
159 BS 1022 1022 K26-394c
160 BS 1023 1026 K26-822c
161 BS 1027 1028 K26-291s
162 BS 1029 1036 K26-822c
163 BS 1037 1052 K26-291s
164 BS 1053 1053 K26-822c
165 BS 1054 1060 K26-291s
166 BS 1061 1061 K26-822c
167 BS 1062 1062 K26-291s
168 BS 1063 1065 K26-394c
169 BS 1066 1068 K26-822c
170 BS 1069 1079 K26-291s
171 BS 1080 1081 K26-822c
172 BS 1082 1082 K26-291s
173 BS 1083 1084 K26-822c
174 BS 1085 1089 K26-291s
175 BS 1090 1094 K26-822c
176 BS 1095 1096 K26-394c
177 BS 1097 1099 K26-822c
178 BS 1100 1100 K26-291s
179 BS 1101 1104 K26-822c
180 BS 1105 1105 K26-394c
181 BS 1106 1110 K26-822c
182 BS 1111 1115 K26-291s
183 BS 1116 1122 K26-822c
184 BS 1123 1124 K26-291s
185 BS 1125 1135 K26-822c
186 BS 1136 1136 K26-394c
187 BS 1137 1139 K26-822c
188 BS 1140 1140 K26-291s
189 BS 1141 1150 K26-822c
190 BS 1151 1155 K26-291s
191 BS 1156 1161 K26-822c
192 BS 1162 1164 K26-291s
193 BS 1165 1167 K26-822c
194 BS 1168 1173 K26-291s
195 BS 1174 1175 K26-822c
196 BS 1176 1189 K26-291s
197 BS 1190 1196 K26-822c
198 BS 1197 1199 K26-291s
199 BS 1200 1221 K26-822c
200 BS 1222 1225 K26-291s
201 BS 1226 1227 K26-822c
202 BS 1228 1228 K26-394c
203 BS 1229 1231 K26-291s
204 BS 1232 1233 K26-822c
205 BS 1234 1235 K26-291s
206 BS 1236 1236 K26-394c
207 BS 1237 1239 K26-291s
208 BS 1240 1242 K26-822c
209 BS 1243 1244 K26-291s
210 BS 1245 1247 K26-394c
211 BS 1248 1255 K26-822c
212 BS 1256 1256 K26-291s
213 BS 1257 1257 K26-394c
214 BS 1258 1258 K26-291s
215 BS 1259 1259 K26-822c
216 BS 1260 1260 K26-394c
217 BS 1261 1265 K26-291s
218 BS 1266 1266 K26-822c
219 BS 1267 1268 K26-394c
220 BS 1269 1269 K26-822c
221 BS 1270 1275 K26-291s
222 BS 1276 1280 K26-822c
223 BS 1281 1281 K26-394c
224 BS 1282 1290 K26-822c
225 BS 1291 1292 K26-291s
226 BS 1293 1294 K26-822c
227 BS 1295 1297 K26-291s
228 BS 1298 1301 K26-822c
229 BS 1302 1302 K26-291s
230 BS 1303 1475 K26-822c
232 RD K26-217c 563 0 0
233 tcccCgtgagatcatcctgaAGTGGAGGGCATGGGGCTTGGCTGGGCTTA
234 GAGCTAACATACACAGGATGCTGAAAAAGAACAACACAAgntGTGTGGAG
235 CAAAGGAAAGGGAAATCAGCTTGAAGCTGATGTTAGTGTGCTTGGGCTGA
236 GTACAGCCATGctntCAGTTGAGGCACGGTTGGCTCCCCATGGGCAAGAT
237 CCCTCCTGGCCCATCTCTCCTCTTATTCTCTATCCCTTCCCCAGGTCCCT
238 GCCTTAGAGGTTTCACCAGAGCACAGCTCCTGcctgtggccaAAACAGTA
239 TTTGGCCACTCACcGAcccagTGTCAGC*atccaGatggGtTccacatct
240 cacaaccct*gggcagcagagaaggggtttaaaggccagggggg*tatta
241 agccgaaggagg*ttttggaaacaccaaggg*g*ggtcagaccccaacgc
242 cagtttccccaaaaaggggcattcaaatttttttctcagagattttcttt
243 ccttttttgggccccgggaaccttttttaaaaaatgggggattgggcccc
244 cttggcccccctc
246 QA 19 349 19 424
247 DS CHROMAT_FILE: K26-217c PHD_FILE: K26-217c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:38 1996
248 RD K26-526t 687 0 0
249 ccgtcctgagtggAGggcatggggcttggctggGCTTAGAGCTAACATAC
250 ACAGGATGCTGAAAAAGAACAACACAAggtGTGTGGAGCAAAGGAAAGGG
251 AAATCAGCTTGAAGCTGATGTTAGTGTGCTTGGGCTGAGTACagcnatgc
252 tntgaGTTGAggaacgGTTGGCTCCCCATGGGCAAGATCCCTCCTGGCCC
253 ATCTCTCCTCTTATTCTCTATCCCTTCCCCAGGTCCCTGCCTTAGAGGTT
254 TCACcAgAGCACAgCTCctgcctgtggccaAAACAGTATTTGGccACTCA
255 CCGAcCCAGTGTcagt*atccAGATGGGttccACATCtcacagcccT*Ga
256 gcAgcagngaaGGGTttgaaagggcAgggggggaatgaaGacggaggagg
257 gtgttggcaaccacacaga*ggagtcaggaggcaggacggcaggtatccA
258 Cacacattaggcattttaaatttttacttaacaggaattgtctatggctg
259 ggtttgggaac*atgggaacacctattcttt*caaaa*ttggggggat*t
260 agtggtgc*tgt*tatagtcccgttattaaGggttaagtggggtttcttt
261 gccaggaggtaaggtttggggccctatttttaattacttggaaggaagcc
262 ttttcccagataaggaaaaaggaggtTTtttgtttta
264 QA 12 353 9 572
265 DS CHROMAT_FILE: K26-526t PHD_FILE: K26-526t.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:33 1996
266 RD K26-961c 517 0 0
267 aatattaccggcgcggggttCcgTCGGAAAGGGAAATCAGCTTGAAGCTG
268 ATGTTAGTGTGCTTGgGCTGAGTacaGCCATGCTCTCAGTTGAGGCACGG
269 TTGGCTCCCCATGGGCAAGATCCCTCCTGGCCCATCTCTCCTCTTATTCT
270 CTATCCCTTCCCCAGGTCCCTGCCTTAGAGGTTTCACCAGAGCACAGCTC
271 CTGccTGTGGCCAAAACAGTATTTGGccactgaccGACCCagtGTCAGC*
272 ATCCAGATGGGTTCCACATCTCacaaccCT*GAGCAGCAGAGAAGGGTTT
273 GAaagGcCAGGGGAG*AATGAAGACgaaggaGG*TGTTgGcaacaacaca
274 gA*G*AGTCAGCAGccAgaacgccaggtatccacACACATaaggCATtct
275 aaatttttaCtcaACaggaattgtctATgtctgtgTCtgggcaccagggc
276 a*cacctTATCTCTAcaaaaat*agcgggatttagtggtgcttgtgtg**
277 g*cccagctattcaggg
279 QA 20 415 26 514
280 DS CHROMAT_FILE: K26-961c PHD_FILE: K26-961c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:37 1996
281 RD K26-394c 628 0 0
282 ctgcgtatcgtcacc*accCAGTGTCagctatcCAGATGGGTTCCACATC
283 TcacaacCCT*GAGCAGCAGAGAAGGGTTTGAAAGGCCAGGGGAG*AATG
284 AAGACga*gGAGG*tgTTGGCAACAacacagA*G*AGTCAGCAGCCAGAA
285 CGCCAGGTATCCACACACATAAGACATTCTAAATTTTTACTCAACAGAAA
286 TTGTCTATGTCTGTGTCTGGgcaCCATGGCAACACCTTATCTCTACAAAA
287 ATTAGCGGAATGTAGTGGTGCCTGtgtGTAGTCCCAGCTATTCaaGAGGC
288 TGAAGTGGGAGGATTGCTTGagccaTggaagtcaagGCTGTAGTGagCCa
289 TGattgtgtCaATGCACtcnagAcagagcaaGACCctgctcccaccacac
290 aacttaanaggaaaaaaaaaaaggaaaagaaatgaaatgaaatgggatat
291 ag*aa*aggaaaagga*cagaaa*ttgtctatgcctggt*ctctagtaat
292 gtcagtcagccagtttccagccttttggtcttgggcattctgctgtcaca
293 atctcttggaacgttgggcagggaatcccatttttcccccgtttTttttt
294 gtggcaattaccttttggaaccctgggt
296 QA 18 368 11 502
297 DS CHROMAT_FILE: K26-394c PHD_FILE: K26-394c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:32 1996
298 RD K26-291s 556 0 0
299 gaggatcgcttTCCacatctcaCAaccctcgagCAgCagagAAgggTTTG
300 AAAGGCCAGGGGAG*AATGAAGACGa*ggAGG*TGTTGGCAACAacacag
301 a*G*AGTCAGCAGCCAGAACGCCAggtaTCCAcacacataAgccatTCTA
302 AATTTTTACTCAAcagAAATTGTCTAtgTCTGTGTCTGggcacCATGGCA
303 ACACCTTATCTCTACAAAAATTAGCGGAATGTAGTggtGCCTGTGTGTAG
304 TCCCAGCTATTCAAgaggctGAAGTgcgaggatTGCTTgagCCATGGAAG
305 TcaaggctgtAGTGAgccatgatTGTGTCAATGCACTCCAGACAGAGCAA
306 GACCCTGCTCCCAccaCACAcctcaaaaggtattgattaaaGGAaAagaa
307 atgaaAtgaaatgagataaaggaaaaggaaaaagaacaggatattgTCtA
308 Tgcctgat*ctctagt*atgtgcagacagaagtttccagccactgagttc
309 ttgccccagctaactttttacaaatccccctggggaaggtttggcccagg
310 cagatg
312 QA 11 373 11 476
313 DS CHROMAT_FILE: K26-291s PHD_FILE: K26-291s.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:31 1996
314 RD K26-822c 593 0 0
315 ggggatccg*tcatgagacga*ggAGG*TGTTGGCAACa*ca*agaag*A
316 GTCAGCAGCCAGAACGCCAGGTATCCACACACATAAGACATTCTAAATTT
317 TTACTCAACAGAAATTGTCTATGTCTGtgtCTGGGCACCATGGCAACACC
318 TTATCTCTACAAAAATTAGCGGAATGTAGTggTGCCTGtgtGTAGTCCCA
319 GCTATTCAAGAGGCTGAAGTGGGAGGATTGCTTGAGCCATGGAAGTCAAG
320 GCTGTAGTGAGCCATGATTGtgtCAATGCACTCCAGAcAgAGCaAgacCC
321 tgCTCccACCACACacctCaaacgaaAAAAAAaaagggcaaagatatgaa
322 ctgaaatggaatatag*agcagcaaaaggaacagaaaattgtcTATGcct
323 ggttctctagtcatgtgcagaacagacagtatcccggccctattgagttc
324 ttggggcagttaggcttgtgcacccttgcttctatgccacagttagggca
325 ttcgggattcccatccttttccccggggttgctttttgtttgcgattacc
326 ttttcggaacaatggggggaaattattttccaagttgggtttg
328 QA 25 333 16 593
329 DS CHROMAT_FILE: K26-822c PHD_FILE: K26-822c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:36 1996
330 RD K26-572c 594 0 0
331 agccccgggccgtggggttccttgagcactcccaaagttccaacccagga
332 tgtccccgacgcttaaaCcttccaagtctgaaacgggaaAtttgatttgc
333 gggctaggataaacgccggggagaaaggcagaactgccttttaccCCcca
334 aggatatcccttgggaagggcccctttgcactcagctgctccctaattat
335 ggcgatcctccctctatctttgtccccctgtctttcaggatccctctcAA
336 CAACAgaccaCTCccattaaaGAAATCtccttctgatctgcgggatcACA
337 TAAAACAGTGCCattcAAaAcgtcccttcCcccAATGTCtaagtgTggtg
338 gagcCcttcctgcCCggctctgtgcacccacggtgcctgcatgaccccgg
339 atGCAGTGTGCACCAGctCCCATCATTCAAgagCATGACTGTGTTGCCAA
340 CCAGCcacCAGGCACTGGGGAGGGAGCtgaGGGAGCAcaaAAGGGATGAG
341 CCACCCTCTGTcCcagAAGTGGAgcgcATGGGGCTTGGCTgggcTTAGAG
342 CtaacaTACACAGGATGCTGAAaaagaaCAACACaatagtaaca
344 QA 249 584 1 586
345 DS CHROMAT_FILE: K26-572c PHD_FILE: K26-572c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:34 1996
346 RD K26-766c 603 0 0
347 gaataattggaatcacggcaaaaatttggggacaaatattatttccaaaa
348 ttcccccagcaatcacacaggccctcaagcccatcaactcggtcattcac
349 cgattttcctaaatcaagggtattagcttg*ctgggcttacacctaacat
350 acacagcatgctcaatgagaAcaatacgagctgtgtggagcacaggaagg
351 ggaAAtcagcctgaagctgctgttagtgtgcttgg*ctgAGTACAGCcaT
352 GCTctCAGTTgaggcAcggTTGGCTCCCCATGGgCAAGATCCCTCCTggC
353 CCATCTCTCCTCTTaTTCTCTATCCCTTCCCCAGGTCCCTGCCTTAGagg
354 tttCACCAGAGCACAGCTCCTGCCTGTGGCCAAAACAGTATTTGGCCACT
355 CACCGACCCAGTGTCAGC*ATCCAGATGGGTTCCACATCTCACAACCCT*
356 GAGCAGCAGAGAAGGGTTTGAAAGGCCAGGGGAG*AATGAAGACGAAGGA
357 GG*TGTTGGCAACAACACAGA*G*AGTCAGCAGCCAGAACGCCAGGTATC
358 CACACACATAagaCATtctaAATTTTTACTCAAacgatcCccggaaccac
361 QA 240 584 126 583
362 DS CHROMAT_FILE: K26-766c PHD_FILE: K26-766c.phd.1 TIME: Thu Sep 12 15:42:35 1996
365 phrap_params phrap 990621:161947
366 /usr/local/genome/bin/phrap standard.fasta.screen -new_ace -view 
367 phrap version 0.990319
371 Contig1 repeat consed 976 986 971218:180623
375 Contig1 oligo consed 963 987 971218:180623
376 standard.1 acataagacattctaaatttttact 50 U
377 seq from clone
381 Contig1 comment consed 996 1007 971218:180623
382 This is line 1 of a comment
383 There may be any number of lines