t/data/rebase.withrefm

   1
   2 REBASE version 304                                              withrefm.304
   3
   4     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
   5     REBASE, The Restriction Enzyme Database   http://rebase.neb.com
   6     Copyright (c)  Dr. Richard J. Roberts, 2003.   All rights reserved.
   7     =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
   8
   9 Rich Roberts                                                    Mar 24 2003
  10
  11
  12 <ENZYME NAME>   Restriction enzyme name.
  13 <ISOSCHIZOMERS> Other enzymes with this specificity.
  14 <RECOGNITION SEQUENCE>
  15                 These are written from 5' to 3', only one strand being given.
  16                 If the point of cleavage has been determined, the precise site
  17                 is marked with ^.  For enzymes such as HgaI, MboII etc., which
  18                 cleave away from their recognition sequence the cleavage sites
  19                 are indicated in parentheses.
  20
  21                 For example HgaI GACGC (5/10) indicates cleavage as follows:
  22                                 5' GACGCNNNNN^      3'
  23                                 3' CTGCGNNNNNNNNNN^ 5'
  24
  25                 In all cases the recognition sequences are oriented so that
  26                 the cleavage sites lie on their 3' side.
  27
  28                 REBASE Recognition sequences representations use the standard
  29                 abbreviations (Eur. J. Biochem. 150: 1-5, 1985) to represent
  30                 ambiguity.
  31                                 R = G or A
  32                                 Y = C or T
  33                                 M = A or C
  34                                 K = G or T
  35                                 S = G or C
  36                                 W = A or T
  37                                 B = not A (C or G or T)
  38                                 D = not C (A or G or T)
  39                                 H = not G (A or C or T)
  40                                 V = not T (A or C or G)
  41                                 N = A or C or G or T
  42
  43
  44
  45                 ENZYMES WITH UNUSUAL CLEAVAGE PROPERTIES:
  46
  47                 Enzymes that cut on both sides of their recognition sequences,
  48                 such as BcgI, Bsp24I, CjeI and CjePI, have 4 cleavage sites
  49                 each instead of 2.
  50
  51                 Bsp24I
  52                           5'      ^NNNNNNNNGACNNNNNNTGGNNNNNNNNNNNN^   3'
  53                           3' ^NNNNNNNNNNNNNCTGNNNNNNACCNNNNNNN^        5'
  54
  55
  56                 This will be described in some REBASE reports as:
  57
  58                              Bsp24I (8/13)GACNNNNNNTGG(12/7)
  59
  60 <METHYLATION SITE>
  61                 The site of methylation by the cognate methylase when known
  62                 is indicated X(Y) or X,X2(Y,Y2), where X is the base within
  63                 the recognition sequence that is modified.  A negative number
  64                 indicates the complementary strand, numbered from the 5' base
  65                 of that strand, and Y is the specific type of methylation
  66                 involved:
  67                                (6) = N6-methyladenosine
  68                                (5) = 5-methylcytosine
  69                                (4) = N4-methylcytosine
  70
  71                 If the methylation information is different for the 3' strand,
  72                 X2 and Y2 are given as well.
  73
  74 <MICROORGANISM> Organism from which this enzyme had been isolated.
  75 <SOURCE>        Either an individual or a National Culture Collection.
  76 <COMMERCIAL AVAILABILITY>
  77                 Each commercial source of restriction enzymes and/or methylases
  78                 listed in REBASE is assigned a single character abbreviation
  79                 code.  For example:
  80
  81                 K        Takara (1/98)
  82                 M        Boehringer Mannheim (10/97)
  83                 N        New England Biolabs (4/98)
  84
  85                 The date in parentheses indicates the most recent update of
  86                 that organization's listings in REBASE.
  87
  88 <REFERENCES>only the primary references for the isolation and/or purification
  89 of the restriction enzyme or methylase, the determination of the recognition
  90 sequence and cleavage site or the methylation specificity are given.
  91
  92
  93 REBASE codes for commercial sources of enzymes
  94
  95                 A        Amersham Pharmacia Biotech (1/03)
  96                 C        Minotech Biotechnology (6/01)
  97                 E        Stratagene (1/03)
  98                 F        Fermentas AB (1/03)
  99                 G        Qbiogene (1/03)
 100                 H        American Allied Biochemical, Inc. (10/98)
 101                 I        SibEnzyme Ltd. (1/03)
 102                 J        Nippon Gene Co., Ltd. (6/00)
 103                 K        Takara Shuzo Co. Ltd. (1/03)
 104                 M        Roche Applied Science (1/03)
 105                 N        New England Biolabs (1/03)
 106                 O        Toyobo Biochemicals (11/98)
 107                 P        Megabase Research Products (5/99)
 108                 Q        CHIMERx (1/03)
 109                 R        Promega Corporation (1/03)
 110                 S        Sigma Chemical Corporation (1/03)
 111                 U        Bangalore Genei (1/03)
 112                 V        MRC-Holland (1/03)
 113                 X        EURx Ltd. (1/03)
 114
 115 <1>AaaI
 116 <2>XmaIII,BseX3I,BsoDI,BstZI,EagI,EclXI,Eco52I,SenPT16I,TauII,Tsp504I
 117 <3>C^GGCCG
 118 <4>
 119 <5>Acetobacter aceti ss aceti
 120 <6>M. Fukaya
 121 <7>
 122 <8>Tagami, H., Tayama, K., Tohyama, T., Fukaya, M., Okumura, H., Kawamura, Y., Horinouchi, S., Beppu, T., (1988) FEMS Microbiol. Lett., vol. 56, pp. 161-166.
 123
 124 <1>AacI
 125 <2>BamHI,AaeI,AcaII,AccEBI,AinII,AliI,Ali12257I,Ali12258I,ApaCI,AsiI,AspTII,Atu1II,BamFI,BamKI,BamNI,Bca1259I,Bce751I,Bco10278I,BnaI,BsaDI,Bsp30I,Bsp46I,Bsp90II,Bsp98I,Bsp130I,Bsp131I,Bsp144I,Bsp4009I,BspAAIII,BstI,Bst1126I,Bst2464I,Bst2902I,BstQI,Bsu90I,Bsu8565I,Bsu8646I,BsuB519I,BsuB763I,CelI,DdsI,GdoI,GinI,GoxI,GseIII,GstI,MleI,Mlu23I,NasBI,Nsp29132II,NspSAIV,OkrAI,Pac1110I,Pae177I,Pfl8I,Psp56I,RhsI,Rlu4I,RspLKII,SolI,SpvI,SurI,Uba19I,Uba31I,Uba38I,Uba51I,Uba88I,Uba1098I,Uba1163I,Uba1167I,Uba1172I,Uba1173I,Uba1205I,Uba1224I,Uba1242I,Uba1250I,Uba1258I,Uba1297I,Uba1302I,Uba1324I,Uba1325I,Uba1334I,Uba1339I,Uba1346I,Uba1383I,Uba1398I,Uba1402I,Uba1414I,Uba4009I
 126 <3>GGATCC
 127 <4>
 128 <5>Acetobacter aceti sub. liquefaciens
 129 <6>IFO 12388
 130 <7>
 131 <8>Seurinck, J., van Montagu, M., Unpublished observations.
 132
 133 <1>AaeI
 134 <2>BamHI,AacI,AcaII,AccEBI,AinII,AliI,Ali12257I,Ali12258I,ApaCI,AsiI,AspTII,Atu1II,BamFI,BamKI,BamNI,Bca1259I,Bce751I,Bco10278I,BnaI,BsaDI,Bsp30I,Bsp46I,Bsp90II,Bsp98I,Bsp130I,Bsp131I,Bsp144I,Bsp4009I,BspAAIII,BstI,Bst1126I,Bst2464I,Bst2902I,BstQI,Bsu90I,Bsu8565I,Bsu8646I,BsuB519I,BsuB763I,CelI,DdsI,GdoI,GinI,GoxI,GseIII,GstI,MleI,Mlu23I,NasBI,Nsp29132II,NspSAIV,OkrAI,Pac1110I,Pae177I,Pfl8I,Psp56I,RhsI,Rlu4I,RspLKII,SolI,SpvI,SurI,Uba19I,Uba31I,Uba38I,Uba51I,Uba88I,Uba1098I,Uba1163I,Uba1167I,Uba1172I,Uba1173I,Uba1205I,Uba1224I,Uba1242I,Uba1250I,Uba1258I,Uba1297I,Uba1302I,Uba1324I,Uba1325I,Uba1334I,Uba1339I,Uba1346I,Uba1383I,Uba1398I,Uba1402I,Uba1414I,Uba4009I
 135 <3>GGATCC
 136 <4>
 137 <5>Acetobacter aceti sub. liquefaciens
 138 <6>M. Van Montagu
 139 <7>
 140 <8>Seurinck, J., van Montagu, M., Unpublished observations.
 141
 142 <1>AagI
 143 <2>ClaI,Apu16I,Asp14I,Asp37I,Asp86I,Asp123I,Asp130I,Asp707I,BanIII,BavCI,BazI,BbvAII,Bci29I,BciBI,BcmI,Bco79I,BdiI,BfrAI,Bli41I,Bli86I,Bli576I,Bli585I,BliAI,BliRI,Bsa29I,BscI,BscVI,BseCI,Bsh108AI,BsiXI,Bsp2I,Bsp4I,Bsp84I,Bsp106I,Bsp125I,Bsp126I,Bsp127I,Bsp145I,BspDI,BspJII,BspOVII,BspXI,BspZEI,BsrCI,Bst28I,BstLVI,BstNZ169I,Bsu15I,BsuTUI,Bth1202I,Bth9415I,BtuI,Csp4I,LcaI,LplI,PgaI,Rme21I,Ssp27144I,Uba22I,Uba24I,Uba30I,Uba34I,Uba43I,Uba1096I,Uba1100I,Uba1133I,Uba1137I,Uba1138I,Uba1144I,Uba1145I,Uba1161I,Uba1168I,Uba1195I,Uba1196I,Uba1197I,Uba1198I,Uba1199I,Uba1200I,Uba1233I,Uba1238I,Uba1246I,Uba1257I,Uba1275I,Uba1286I,Uba1295I,Uba1315I,Uba1342I,Uba1366II,Uba1379I,Uba1380I,Uba1394I,Uba1412I,Uba1416I,Uba1427I,Uba1430I,Uba1451I,Uba1453I,ZhoI
 144 <3>AT^CGAT
 145 <4>
 146 <5>Achromobacter agile
 147 <6>N.N. Sokolov
 148 <7>
 149 <8>Sokolov, N.N., Maneliene, Z.P., Butkus, V.V., Fitzner, A.B., Khoroshutina, E.B., Kalugin, A.A., Janulaitis, A., (1990) Bioorg. Khim., vol. 16, pp. 1040-1044.
 150
 151 <1>AamI
 152 <2>
 153 <3>?
 154 <4>
 155 <5>Azospirillum amazonense
 156 <6>G. Schwabe
 157 <7>
 158 <8>Schwabe, G., Posseckert, G., Klingmuller, W., (1985) Gene, vol. 39, pp. 113-116.
 159
 160 <1>AaqI
 161 <2>ApaLI,Alw44I,AmeI,Bsp146I,DaqI,Pfl23I,Pfr12I,PliI,ScoNI,SnoI,Uba1203I,Uba1387I,VneI
 162 <3>GTGCAC
 163 <4>
 164 <5>Alcaligenes aquamarinus 559
 165 <6>V.E. Repin
 166 <7>
 167 <8>Repin, V.E., Unpublished observations.
 168
 169 <1>AarI
 170 <2>
 171 <3>CACCTGC(4/8)
 172 <4>
 173 <5>Arthrobacter aurescens SS2-322
 174 <6>A. Janulaitis
 175 <7>F
 176 <8>Grigaite, R., Maneliene, Z., Janulaitis, A., (2002) Nucleic Acids Res., vol. 30.
 177 Maneliene, Z., Zakareviciene, L., Unpublished observations.
 178
 179 <1>AasI
 180 <2>DrdI,DseDI
 181 <3>GACNNNN^NNGTC
 182 <4>
 183 <5>Arthrobacter aurescens RFL3
 184 <6>V. Butkus
 185 <7>F
 186 <8>Kazlauskiene, R., Vaitkevicius, D., Maneliene, Z., Trinkunaite, L., Kiuduliene, L., Petrusyte, M., Butkus, V., Janulaitis, A., Unpublished observations.
 187
 188 <1>AatI
 189 <2>StuI,Asp78I,AspMI,ChyI,Eco147I,GdiI,GobAI,NtaSI,PceI,PluI,Pme55I,Ppu13I,SarI,Sru30DI,SseBI,SsvI,SteI,Uba40I,Uba1170I,Uba1180I,Uba1217I,Uba1239I,Uba1371I,Uba1403I,Uba1419I,VchO44I
 190 <3>AGG^CCT
 191 <4>
 192 <5>Acetobacter aceti
 193 <6>IFO 3281
 194 <7>O
 195 <8>Sato, H., Yamada, Y., (1990) J. Gen. Appl. Microbiol., vol. 36, pp. 273-277.
 196 Sugisaki, H., Maekawa, Y., Kanazawa, S., Takanami, M., (1982) Nucleic Acids Res., vol. 10, pp. 5747-5752.
 197
 198 <1>TaqII
 199 <2>
 200 <3>GACCGA(11/9),CACCCA(11/9)
 201 <4>
 202 <5>Thermus aquaticus YTI
 203 <6>J.I. Harris
 204 <7>X
 205 <8>Barker, D., Hoff, M., Oliphant, A., White, R., (1984) Nucleic Acids Res., vol. 12, pp. 5567-5581.
 206 Myers, P.A., Roberts, R.J., Unpublished observations.
 207 Rutkowska, S.M., Jaworowska, I., Skowron, P.M., Unpublished observations.
 208
 209 <1>M.PhiBssHII
 210 <2>MluI,ApeI,Bbi24I,BstZ9I,Uba6I
 211 <3>ACGCGT,CCGCGG,RGCGCY,RCCGGY,GCGCGC
 212 <4>2(5), 2(5), 3(5), 2(5), 2(5)
 213 <5>Bacillus stearothermophilus H3
 214 <6>ATCC 49820
 215 <7>
 216 <8>Schumann, J., Walter, J., Willert, J., Wild, C., Koch, D., Trautner, T.A., (1996) J. Mol. Biol., vol. 257, pp. 949-959.
 217 Schumann, J., Willert, J., Wild, C., Waler, J., Trautner, T.A., (1995) Gene, vol. 157, pp. 103-104.
 218
 219 <1>AloI
 220 <2>
 221 <3>(7/12)GAACNNNNNNTCC(12/7)
 222 <4>3(6),-3(6)
 223 <5>Acinetobacter lwoffi Ks 4-8
 224 <6>V. Butkus
 225 <7>F
 226 <8>Cesnaviciene, E.E., Petrusyte, M.M., Kazlauskiene, R.R., Maneliene, Z., Timinskas, A., Lubys, A., Janulaitis, A., (2001) J. Mol. Biol., vol. 314, pp. 205-216.
 227 Savelskiene, A., Petrusyte, M., Padegimiene, E., Vonseviciene, E., Kiuduliene, E., Butkus, V., Janulaitis, A., Unpublished observations.