t/data/hsinsulin.blastcl3.blastn

   1 BLASTN 2.2.6 [Apr-09-2003]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= human
  10          (179 letters)
  11
  12 Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,
  13 or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
  14            1,787,533 sequences; -24,016,349 total letters
  15
  16 Searching... please wait.. done
  17
  18                                                                    Score     E
  19 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  20
  21 gb|J00265.1|HUMINS01 Human insulin gene, complete cds                 355  2e-95
  22 emb|V00565.1|HSINSU Human gene for preproinsulin, from chromosom...   355  2e-95
  23 gb|M10039.1|HUMINSPR Human alpha-type insulin gene and 5' flanki...   355  2e-95
  24 gb|L15440.1|HUMINSTHIG Homo sapiens tyrosine hydroxylase (TH) ge...   355  2e-95
  25 gb|AC132217.15| Homo sapiens chromosome 11, clone RP11-889I17, c...   347  4e-93
  26 gb|AC130303.8| Homo sapiens chromosome 11, clone RP4-539G11, com...   347  4e-93
  27 gb|AY138590.1|AY138589S2 Homo sapiens insulin (INS) gene, exons ...   347  4e-93
  28 emb|AJ009655.1|HSA9655 Homo sapiens ins gene, partial                 347  4e-93
  29 gb|AY137497.1|AY137496S2 Pan troglodytes insulin precursor (INS)...   339  9e-91
  30 emb|X61089.1|PTPPINS P.troglodytes gene for preproinsulin             315  1e-83
  31 gb|AY137500.1|AY137498S3 Gorilla gorilla insulin precursor (INS)...   262  2e-67
  32 gb|AY137503.1|AY137501S3 Pongo pygmaeus insulin precursor (INS) ...   222  1e-55
  33 emb|X61092.1|CEPPINS C.aethiops gene for preproinsulin                129  2e-27
  34
  35 >gb|J00265.1|HUMINS01 Human insulin gene, complete cds
  36           Length = 4044
  37
  38  Score =  355 bits (179), Expect = 2e-95
  39  Identities = 179/179 (100%)
  40  Strand = Plus / Plus
  41
  42
  43 Query: 1    gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
  44             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  45 Sbjct: 2228 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 2287
  46
  47
  48 Query: 61   gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
  49             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50 Sbjct: 2288 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 2347
  51
  52
  53 Query: 121  aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
  54             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55 Sbjct: 2348 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 2406
  56
  57
  58 >emb|V00565.1|HSINSU Human gene for preproinsulin, from chromosome 11. Includes a highly
  59             polymorphic region upstream from the insulin gene
  60             containing tandemly repeated sequences
  61           Length = 4992
  62
  63  Score =  355 bits (179), Expect = 2e-95
  64  Identities = 179/179 (100%)
  65  Strand = Plus / Plus
  66
  67
  68 Query: 1    gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
  69             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70 Sbjct: 2228 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 2287
  71
  72
  73 Query: 61   gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
  74             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75 Sbjct: 2288 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 2347
  76
  77
  78 Query: 121  aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
  79             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80 Sbjct: 2348 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 2406
  81
  82
  83 >gb|M10039.1|HUMINSPR Human alpha-type insulin gene and 5' flanking polymorphic region
  84           Length = 3943
  85
  86  Score =  355 bits (179), Expect = 2e-95
  87  Identities = 179/179 (100%)
  88  Strand = Plus / Plus
  89
  90
  91 Query: 1    gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
  92             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93 Sbjct: 2503 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 2562
  94
  95
  96 Query: 61   gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
  97             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98 Sbjct: 2563 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 2622
  99
 100
 101 Query: 121  aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 102             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103 Sbjct: 2623 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 2681
 104
 105
 106 >gb|L15440.1|HUMINSTHIG Homo sapiens tyrosine hydroxylase (TH) gene, 3' end; insulin (INS)
 107             gene, complete cds; insulin-like growth factor 2 (IGF2)
 108             gene, 5' end
 109           Length = 12565
 110
 111  Score =  355 bits (179), Expect = 2e-95
 112  Identities = 179/179 (100%)
 113  Strand = Plus / Plus
 114
 115
 116 Query: 1    gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 117             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118 Sbjct: 4289 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 4348
 119
 120
 121 Query: 61   gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 122             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123 Sbjct: 4349 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 4408
 124
 125
 126 Query: 121  aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 127             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128 Sbjct: 4409 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 4467
 129
 130
 131 >gb|AC132217.15| Homo sapiens chromosome 11, clone RP11-889I17, complete sequence
 132           Length = 170027
 133
 134  Score =  347 bits (175), Expect = 4e-93
 135  Identities = 178/179 (99%)
 136  Strand = Plus / Plus
 137
 138
 139 Query: 1     gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 140              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 141 Sbjct: 86461 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcaggattccagggtggctggaccccag 86520
 142
 143
 144 Query: 61    gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 145              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146 Sbjct: 86521 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 86580
 147
 148
 149 Query: 121   aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 150              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151 Sbjct: 86581 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 86639
 152
 153
 154 >gb|AC130303.8| Homo sapiens chromosome 11, clone RP4-539G11, complete sequence
 155           Length = 171366
 156
 157  Score =  347 bits (175), Expect = 4e-93
 158  Identities = 178/179 (99%)
 159  Strand = Plus / Plus
 160
 161
 162 Query: 1      gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 163               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164 Sbjct: 127800 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 127859
 165
 166
 167 Query: 61     gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 168               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169 Sbjct: 127860 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 127919
 170
 171
 172 Query: 121    aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 173               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 174 Sbjct: 127920 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtcacccag 127978
 175
 176
 177 >gb|AY138590.1|AY138589S2 Homo sapiens insulin (INS) gene, exons 1, 2, 3, and complete cds;
 178            and insulin-like growth factor (IGF2) gene, exon 1
 179           Length = 4233
 180
 181  Score =  347 bits (175), Expect = 4e-93
 182  Identities = 178/179 (99%)
 183  Strand = Plus / Plus
 184
 185
 186 Query: 1   gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 187            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188 Sbjct: 378 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 437
 189
 190
 191 Query: 61  gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 192            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193 Sbjct: 438 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 497
 194
 195
 196 Query: 121 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 197            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 198 Sbjct: 498 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtcacccag 556
 199
 200
 201 >emb|AJ009655.1|HSA9655 Homo sapiens ins gene, partial
 202           Length = 1393
 203
 204  Score =  347 bits (175), Expect = 4e-93
 205  Identities = 178/179 (99%)
 206  Strand = Plus / Plus
 207
 208
 209 Query: 1   gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 210            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211 Sbjct: 6   gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 65
 212
 213
 214 Query: 61  gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 215            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216 Sbjct: 66  gccccagctgtgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 125
 217
 218
 219 Query: 121 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 220            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221 Sbjct: 126 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 184
 222
 223
 224 >gb|AY137497.1|AY137496S2 Pan troglodytes insulin precursor (INS) gene, complete cds
 225           Length = 4124
 226
 227  Score =  339 bits (171), Expect = 9e-91
 228  Identities = 177/179 (98%)
 229  Strand = Plus / Plus
 230
 231
 232 Query: 1   gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 233            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234 Sbjct: 338 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 397
 235
 236
 237 Query: 61  gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 238            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 239 Sbjct: 398 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcttgaagcatgtgggggtgagccc 457
 240
 241
 242 Query: 121 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 243            |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 244 Sbjct: 458 aggggccccaaggcagggcacctggccttcagccggcctcagccctgcctgtctcccag 516
 245
 246
 247 >emb|X61089.1|PTPPINS P.troglodytes gene for preproinsulin
 248           Length = 2483
 249
 250  Score =  315 bits (159), Expect = 1e-83
 251  Identities = 175/179 (97%), Gaps = 1/179 (0%)
 252  Strand = Plus / Plus
 253
 254
 255 Query: 1    gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 60
 256             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257 Sbjct: 1028 gtctgttccaagggcctttgcgtcaggtgggctcagggttccagggtggctggaccccag 1087
 258
 259
 260 Query: 61   gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcgtgaagcatgtgggggtgagccc 120
 261             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 262 Sbjct: 1088 gccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggctcttgaagcatgtgggggtgagccc 1147
 263
 264
 265 Query: 121  aggggccccaaggcagggcacctggccttcagcctgcctcagccctgcctgtctcccag 179
 266             |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 267 Sbjct: 1148 aggggccccaaggcagggcagct-gccttcagccggcctcagccctgcctgtctcccag 1205
 268
 269
 270 >gb|AY137500.1|AY137498S3 Gorilla gorilla insulin precursor (INS) gene, complete cds
 271           Length = 4146
 272
 273  Score =  262 bits (132), Expect = 2e-67
 274  Identities = 141/144 (97%)
 275  Strand = Plus / Plus
 276
 277
 278 Query: 36  gggttccagggtggctggaccccaggccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggc 95
 279            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280 Sbjct: 389 gggttccagggtggctggaccccaggccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggc 448
 281
 282
 283 Query: 96  tcgtgaagcatgtgggggtgagcccaggggccccaaggcagggcacctggccttcagcct 155
 284            || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 285 Sbjct: 449 tcttgaagcatgtgggggtgagcccaggggccccaaggcagggcaactggccttcagccg 508
 286
 287
 288 Query: 156 gcctcagccctgcctgtctcccag 179
 289            ||||||||||||||||||||||||
 290 Sbjct: 509 gcctcagccctgcctgtctcccag 532
 291
 292
 293 >gb|AY137503.1|AY137501S3 Pongo pygmaeus insulin precursor (INS) gene, complete cds
 294           Length = 4126
 295
 296  Score =  222 bits (112), Expect = 1e-55
 297  Identities = 136/144 (94%)
 298  Strand = Plus / Plus
 299
 300
 301 Query: 36  gggttccagggtggctggaccccaggccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggc 95
 302            ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
 303 Sbjct: 384 gggttccagggtggctggaccccaggctccagctctgcagctgggaggacgtggctgggc 443
 304
 305
 306 Query: 96  tcgtgaagcatgtgggggtgagcccaggggccccaaggcagggcacctggccttcagcct 155
 307            || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 308 Sbjct: 444 tcttgaagcatttgggggtgagcccaggggccccagggcagggcacctggccttcagccg 503
 309
 310
 311 Query: 156 gcctcagccctgcctgtctcccag 179
 312             ||||||| |||||||||||||||
 313 Sbjct: 504 acctcagctctgcctgtctcccag 527
 314
 315
 316 >emb|X61092.1|CEPPINS C.aethiops gene for preproinsulin
 317           Length = 1909
 318
 319  Score =  129 bits (65), Expect = 2e-27
 320  Identities = 86/93 (92%)
 321  Strand = Plus / Plus
 322
 323
 324 Query: 36  gggttccagggtggctggaccccaggccccagctctgcagcagggaggacgtggctgggc 95
 325            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
 326 Sbjct: 514 gggttccagggtggctggaccccaggccccagctctgcaacagggaggacatggctgggc 573
 327
 328
 329 Query: 96  tcgtgaagcatgtgggggtgagcccaggggccc 128
 330            || |||||| | || |||||| |||||||||||
 331 Sbjct: 574 tcttgaagcgtttgagggtgaacccaggggccc 606
 332
 333
 334   Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,
 335   or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
 336     Posted date:  Jul 31, 2003  1:26 AM
 337   Number of letters in database: 192,913,178
 338   Number of sequences in database:  1,867,771
 339
 340 Lambda     K      H
 341     1.37    0.711     0.00
 342
 343 Gapped
 344 Lambda     K      H
 345     1.37    0.711 7.29e-304
 346
 347
 348 Matrix: blastn matrix:1 -3
 349 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 350 Number of Hits to DB: 1,670,626
 351 Number of Sequences: 1867771
 352 Number of extensions: 1670626
 353 Number of successful extensions: 118444
 354 Number of sequences better than 1.0e-20: 13
 355 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 13
 356 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 357 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 118410
 358 Number of HSP's gapped (non-prelim): 33
 359 length of query: 179
 360 length of database: 8,782,847,770
 361 effective HSP length: 20
 362 effective length of query: 159
 363 effective length of database: 8,745,492,350
 364 effective search space: 1390533283650
 365 effective search space used: 1390533283650
 366 T: 0
 367 A: 0
 368 X1: 6 (11.9 bits)
 369 X2: 15 (29.7 bits)
 370 S1: 12 (24.3 bits)
 371 S2: 54 (107.5 bits)
 372
 373 Query= owlmonkey
 374          (180 letters)
 375
 376 Searching... please wait.. done
 377
 378                                                                    Score     E
 379 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
 380
 381 gb|J02989.1|ATRINS Owl monkey (A.trivirgatus) insulin gene, comp...   357  4e-96
 382
 383 >gb|J02989.1|ATRINS Owl monkey (A.trivirgatus) insulin gene, complete cds
 384           Length = 2113
 385
 386  Score =  357 bits (180), Expect = 4e-96
 387  Identities = 180/180 (100%)
 388  Strand = Plus / Plus
 389
 390
 391 Query: 1   gtctgttccaagggccttcgagccagtctgggccccagggctgccccactcggggttcca 60
 392            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 393 Sbjct: 551 gtctgttccaagggccttcgagccagtctgggccccagggctgccccactcggggttcca 610
 394
 395
 396 Query: 61  gagcagttggaccccaggtctcagcgggagggtgtggctgggctctgaagcatttgggtg 120
 397            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 398 Sbjct: 611 gagcagttggaccccaggtctcagcgggagggtgtggctgggctctgaagcatttgggtg 670
 399
 400
 401 Query: 121 agcccaggggctcagggcagggcacctgccttcagcggcctcagcctgcctgtctcccag 180
 402            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403 Sbjct: 671 agcccaggggctcagggcagggcacctgccttcagcggcctcagcctgcctgtctcccag 730
 404
 405
 406   Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,
 407   or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
 408     Posted date:  Jul 31, 2003  1:26 AM
 409   Number of letters in database: 192,913,178
 410   Number of sequences in database:  1,867,771
 411
 412 Lambda     K      H
 413     1.37    0.711     0.00
 414
 415 Gapped
 416 Lambda     K      H
 417     1.37    0.711 7.29e-304
 418
 419
 420 Matrix: blastn matrix:1 -3
 421 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 422 Number of Hits to DB: 910,717
 423 Number of Sequences: 1867771
 424 Number of extensions: 910717
 425 Number of successful extensions: 72147
 426 Number of sequences better than 1.0e-20: 1
 427 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 1
 428 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 429 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 72146
 430 Number of HSP's gapped (non-prelim): 1
 431 length of query: 180
 432 length of database: 8,782,847,770
 433 effective HSP length: 20
 434 effective length of query: 160
 435 effective length of database: 8,745,492,350
 436 effective search space: 1399278776000
 437 effective search space used: 1399278776000
 438 T: 0
 439 A: 0
 440 X1: 6 (11.9 bits)
 441 X2: 15 (29.7 bits)
 442 S1: 12 (24.3 bits)
 443 S2: 54 (107.5 bits)