t/data/hmmscan_multi_domain.out

   1 # hmmscan :: search sequence(s) against a profile database
   2 # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/
   3 # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute.
   4 # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
   5 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   6 # query sequence file:             BA000019.orf37.fasta
   7 # target HMM database:             /data/biodata/HMMerDB/Pfam-A.hmm
   8 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   9
  10 Query:       BA000019.orf37  [L=1418]
  11 Scores for complete sequence (score includes all domains):
  12    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
  13     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Model           Description
  14     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------        -----------
  15     3.1e-32  111.0  11.8    7.6e-20   71.3   2.3    6.4  6  PPC             Bacterial pre-peptidase C-terminal domain
  16     4.7e-13   47.9  92.9     0.0022   17.8   3.3   10.0  3  HemolysinCabind Hemolysin-type calcium-binding repeat (2 cop
  17
  18
  19 Domain annotation for each model (and alignments):
  20 >> PPC  Bacterial pre-peptidase C-terminal domain
  21    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  22  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
  23    1 ?    0.5   0.2      0.16   9.3e+02       4      59 ..     117     183 ..      84     192 .. 0.58
  24    2 ?   -0.6   0.0      0.36   2.1e+03      12      58 ..     347     388 ..     311     397 .. 0.46
  25    3 !   71.3   2.3   1.3e-23   7.6e-20       1      69 [.     470     549 ..     470     550 .. 0.95
  26    4 ?   -3.2   0.1         2   1.2e+04      15      25 ..     582     603 ..     567     626 .. 0.51
  27    5 ?   -1.1   0.6       0.5     3e+03      13      36 ..     987    1019 ..     974    1072 .. 0.49
  28    6 !   54.4   1.0   2.4e-18   1.4e-14       1      69 [.    1087    1168 ..    1087    1169 .. 0.85
  29
  30   Alignments for each domain:
  31   == domain 1    score: 0.5 bits;  conditional E-value: 0.16
  32                      EEEE--S----EEEEEECTSS...EEEEE.EEEES.E.SSSSTTC--...-B--SEEEEEESS..... CS
  33              PPC   4 vykfevpaggsltididggsg...dldLy.lldgngp.slaaydans...apsgndeyiefta....p 59
  34                      + +f+++ag+ ++i  d++s     ++L  +++++ +  ++ +  n+   +  gn+++++ft     p
  35   BA000019.orf37 117 TATFTLEAGDDYSIG-DSSSEvtfYASLEeVPTPSVTpEISLSVENAtisEAEGNTTTLRFTLseppP 183
  36                      446667777766665.4444222222244455555322222222222233455566777777755544 PP
  37
  38   == domain 2    score: -0.6 bits;  conditional E-value: 0.36
  39                      ---EEEEEECTSSEEEEEEEEES.ESSSSTTC---B--SEEEEEESS CS
  40              PPC  12 ggsltididggsgdldLylldgngpslaaydansapsgndeyiefta 58
  41                      g  +++  + g+ dl+++   +  +   ++d  +    +de++ f+
  42   BA000019.orf37 347 GEIVAVR-SDGF-DLKITAKSATIQLPIQADGVA---ESDEQVVFSL 388
  43                      1112222.2233.444444444444444433333...2556666665 PP
  44
  45   == domain 3    score: 71.3 bits;  conditional E-value: 1.3e-23
  46                      -EEEEEE--S----EEEEEECTSS......EEEEEEEEES.ESSSSTTC--.....-B--SEEEEEESS.----EEEEEE CS
  47              PPC   1 dvDvykfevpaggsltididggsg......dldLylldgngpslaaydans.....apsgndeyieftapqaGtYyvaVs 69
  48                      dvD+yk+e++ag++++id+d++++      d++L+l+d +g+ la++d+ +     + sg ++yieftap++G+Yyv+V+
  49   BA000019.orf37 470 DVDFYKVELKAGDTIKIDTDSNQFadgrkvDTWLRLFDVSGTELASNDDGAapnevFDSGFQSYIEFTAPSDGVYYVGVT 549
  50                      8******************999999***99999******************8888877789*****************96 PP
  51
  52   == domain 4    score: -3.2 bits;  conditional E-value: 2
  53                      EEEEEECTSS...........E CS
  54              PPC  15 ltididggsg...........d 25
  55                      l+i++++ +g           +
  56   BA000019.orf37 582 LNISLNNPTGfvagateippgN 603
  57                      5555555544333333333331 PP
  58
  59   == domain 5    score: -1.1 bits;  conditional E-value: 0.5
  60                       --.EEEEEECTSS.....EEEEEEEEES....E CS
  61              PPC   13 gs.ltididggsg.....dldLylldgng...p 36
  62                       +  l+++i + ++      ++ +ll g+g   +
  63   BA000019.orf37  987 TAsLSVAIANDNIaegveTATVTLLAGDGyqiN 1019
  64                       444777775555555665444555555542221 PP
  65
  66   == domain 6    score: 54.4 bits;  conditional E-value: 2.4e-18
  67                       -EEEEEE--S----EEEEEECTSSEEE.....EEEEEES.E.....SSSSTTC--...-B--SEEEEEESS.----EEEEEE CS
  68              PPC    1 dvDvykfevpaggsltididggsgdld.....Lylldgngp.....slaaydans...apsgndeyieftapqaGtYyvaVs 69
  69                       dvD+yk+++++g +l+i++d   +d++     L+++d++g+     + ++++a++   ++  nd+y+efta ++GtYyv++s
  70   BA000019.orf37 1087 DVDLYKVNLKVGEKLSINVDAAEIDSKllyaqLRVFDAEGNelaktDFDDFQAAPdevFSAFNDPYLEFTAETTGTYYVGIS 1168
  71                       8***********************9999788888*****96222225555777777777777******************98 PP
  72
  73 >> HemolysinCabind  Hemolysin-type calcium-binding repeat (2 copies)
  74    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  75  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
  76    1 !    5.9   0.5    0.0026        16       2      13 ..    1214    1225 ..    1213    1225 .. 0.89
  77    2 !   10.8   3.1   6.8e-05      0.41       1      18 []    1231    1248 ..    1231    1248 .. 0.95
  78    3 !   11.4   2.4   4.3e-05      0.26       4      18 .]    1243    1257 ..    1240    1257 .. 0.91
  79
  80   Alignments for each domain:
  81   == domain 1    score: 5.9 bits;  conditional E-value: 0.0026
  82                        ---S-EEEE--- CS
  83   HemolysinCabind    2 GgaGnDtLyGga 13
  84                        G++G+DtL G++
  85    BA000019.orf37 1214 GTSGDDTLIGTD 1225
  86                        99*******986 PP
  87
  88   == domain 2    score: 10.8 bits;  conditional E-value: 6.8e-05
  89                        E---S-EEEE---S-EEE CS
  90   HemolysinCabind    1 yGgaGnDtLyGgaGnDtl 18
  91                        +G++GnD+Ly  +G+D+l
  92    BA000019.orf37 1231 FGNGGNDILYARGGDDKL 1248
  93                        69**************87 PP
  94
  95   == domain 3    score: 11.4 bits;  conditional E-value: 4.3e-05
  96                        -S-EEEE---S-EEE CS
  97   HemolysinCabind    4 aGnDtLyGgaGnDtl 18
  98                        +G+D L+GgaG+D l
  99    BA000019.orf37 1243 GGDDKLFGGAGDDLL 1257
 100                        6************87 PP
 101
 102
 103
 104 Internal pipeline statistics summary:
 105 -------------------------------------
 106 Query sequence(s):                         1  (1418 residues)
 107 Target model(s):                       11912  (2158902 nodes)
 108 Passed MSV filter:                       231  (0.0193922); expected 238.2 (0.02)
 109 Passed bias filter:                      133  (0.0111652); expected 238.2 (0.02)
 110 Passed Vit filter:                        15  (0.00125923); expected 11.9 (0.001)
 111 Passed Fwd filter:                         2  (0.000167898); expected 0.1 (1e-05)
 112 Initial search space (Z):              11912  [actual number of targets]
 113 Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]
 114 # CPU time: 0.57u 0.17s 00:00:00.74 Elapsed: 00:00:00.39
 115 # Mc/sec: 7849.55
 116 //