t/Allele.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     eval { require Test::More; };
   9     if( $@ ) {
  10         use lib 't/lib';
  11     }
  12     use Test::More;
  13     plan tests => 14;
  14         use_ok('Bio::Variation::Allele');
  15 }
  16
  17 my($a,$trunc,$rev);
  18
  19 $a = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'ACTGACTGACTG',
  20                         -display_id => 'new-id',
  21                         -alphabet => 'dna',
  22                         -accession_number => 'X677667',
  23                         -desc=>'Sample Bio::Seq object');
  24 isa_ok($a, 'Bio::Variation::Allele');
  25
  26 is $a->accession_number(), 'X677667';
  27 is $a->seq(), 'ACTGACTGACTG';
  28 is $a->display_id(),'new-id' ;
  29 is $a->desc, 'Sample Bio::Seq object';
  30 is $a->alphabet(), 'dna';
  31
  32 ok defined($trunc = $a->trunc(1,4));
  33 is $trunc->seq(), 'ACTG', $trunc->seq();
  34
  35 ok defined($rev = $a->revcom());
  36 is $rev->seq(), 'CAGTCAGTCAGT';
  37
  38 $a->is_reference(1);
  39 ok $a->is_reference;
  40
  41 $a->repeat_unit('ACTG');
  42 is $a->repeat_unit, 'ACTG';
  43
  44 $a->repeat_count(3);
  45 is $a->repeat_count, 3;
  46