t/AlignUtil.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 my $error = 0;
   9
  10 use strict;
  11 BEGIN {
  12     eval { require Test::More; };
  13     if( $@ ) {
  14                 use lib 't/lib';
  15     }
  16
  17     use Test::More;
  18     plan tests => 20;
  19         use_ok('Bio::Align::Utilities',qw(aa_to_dna_aln bootstrap_replicates) );
  20         use_ok('Bio::AlignIO');
  21         use_ok('Bio::Root::IO');
  22         use_ok('Bio::SeqIO');
  23 }
  24
  25 my $debug = -1;
  26
  27 my $in = new Bio::AlignIO(-format => 'clustalw',
  28                           -file   => Bio::Root::IO->catfile
  29                           ('t','data','pep-266.aln'));
  30 my $aln = $in->next_aln();
  31 isa_ok($aln, 'Bio::Align::AlignI');
  32 $in->close();
  33
  34 my $seqin = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta',
  35                            -file   => Bio::Root::IO->catfile
  36                            ('t','data','cds-266.fas'));
  37 # get the cds sequences
  38 my %cds_seq;
  39 while( my $seq = $seqin->next_seq ) {
  40     $cds_seq{$seq->display_id} = $seq;
  41 }
  42
  43 my $cds_aln = &aa_to_dna_aln($aln,\%cds_seq);
  44
  45 my @aa_seqs = $aln->each_seq;
  46
  47 for my $cdsseq ( $cds_aln->each_seq ) {
  48     my $peptrans = $cdsseq->translate();
  49     my $aaseq = shift @aa_seqs;
  50     is($peptrans->seq(),$aaseq->seq());
  51 }
  52
  53 my $bootstraps = &bootstrap_replicates($aln,10);
  54
  55 is(scalar @$bootstraps, 10);