t/Tools/Run/RemoteBlast.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 21,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String LWP LWP::UserAgent)],
  12                -requires_networking => 1);
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::Run::RemoteBlast');
  15 }
  16
  17 my $prog = 'blastp';
  18 my $db   = 'swissprot';
  19 my $e_val= '1e-10';
  20 my $v = test_debug();
  21
  22 SKIP: {
  23     my $remote_blast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new('-verbose' => $v,
  24                                                     '-prog' => $prog,
  25                                                     '-data' => $db,
  26                                                     '-expect' => $e_val,
  27                                     );
  28     $remote_blast->submit_parameter('ENTREZ_QUERY', 'Escherichia coli[ORGN]');
  29     my $inputfilename = test_input_file('ecolitst.fa');
  30     ok( -e $inputfilename);
  31
  32     ok(1, 'Text BLAST');
  33
  34     my $attempt = 1;
  35
  36     my $status;
  37     eval{
  38     $status = $remote_blast->submit_blast($inputfilename);
  39     };
  40
  41     ok($status,'BLAST text output submitted');
  42
  43     skip("Error accessing remote BLAST interface: $@", 3) if $@;
  44
  45     cmp_ok($remote_blast->get_rtoe, '>', 0, "Estimated retrieval time");
  46
  47     diag("Time remaining: ".$remote_blast->get_rtoe) if $v;
  48
  49     my @rids = $remote_blast->each_rid;
  50     is(@rids, 1, 'should only be one RID');
  51     skip("Wrong number of RIDs: ".scalar(@rids), 2) if @rids != 1;
  52
  53     diag("Retrieving $rids[0]...\n") if $v;
  54     my $rc;
  55     while (defined($rc = $remote_blast->retrieve_blast($rids[0]))) {
  56     if ( !ref($rc) ) {
  57         if ( $rc < 0 ) {
  58         skip("need a better solution for when 'Server failed to return any data'",2);
  59         }
  60         sleep 5;
  61         diag("Retrieval attempt: $attempt\n") if $v;
  62         $attempt++ < 10 ? next : last;
  63     } else {
  64         last
  65     }
  66     }
  67
  68     if ($rc) {
  69     ok(1,'retrieve_blast succeeded');
  70     $remote_blast->remove_rid($rids[0]);
  71     my $count = 0;
  72     isa_ok($rc, 'Bio::SearchIO');
  73     while (my $result = $rc->next_result) {
  74         while ( my $hit = $result->next_hit ) {
  75         $count++;
  76         next unless ( $v > 0);
  77         print "sbjct name is ", $hit->name, "\n";
  78         while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  79             print "score is ", $hsp->bits, "\n";
  80         }
  81         }
  82     }
  83     is($count, 3, 'HSPs returned');
  84     } elsif ($attempt > 10) {
  85     # have a test fail here (there should not be repeated failed attempts to
  86     # get reports)
  87
  88     ok(0,'Exceeded maximum attempts on server to retrieve report');
  89     diag("Timeout, did not return report after ".($attempt - 1)." attempts");
  90     } else {
  91     # have a test fail here (whatever is returned should be eval as true and
  92     # be a SearchIO)
  93
  94     ok(0,"Other problem on remote server, no report returned: $rc");
  95     skip('Possible remote server problems', 1);
  96     }
  97 }
  98
  99 SKIP: {
 100     # test blasttable
 101
 102     my $remote_blast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new
 103       ('-verbose'    => $v,
 104         '-prog'       => $prog,
 105         '-data'       => $db,
 106         '-readmethod' => 'blasttable',
 107         '-expect'     => $e_val,
 108       );
 109     $remote_blast->submit_parameter('ENTREZ_QUERY', 'Escherichia coli[ORGN]');
 110
 111     $remote_blast->retrieve_parameter('ALIGNMENT_VIEW', 'Tabular');
 112
 113     my $inputfilename = test_input_file('ecolitst.fa');
 114     my $attempt = 1;
 115
 116     my $status;
 117     eval{
 118     $status = $remote_blast->submit_blast($inputfilename);
 119     };
 120
 121     ok($status,'Tabular BLAST submitted');
 122
 123     skip("Error accessing remote BLAST interface: $@", 3) if $@;
 124
 125     cmp_ok($remote_blast->get_rtoe, '>', 0, "Estimated retrieval time");
 126     diag("Time remaining: ".$remote_blast->get_rtoe) if $v;
 127
 128     my @rids = $remote_blast->each_rid;
 129     is(@rids, 1, 'should only be one RID');
 130     skip("Wrong number of RIDs: ".scalar(@rids), 2) if @rids != 1;
 131
 132     diag("waiting [$rids[0]]...") if $v;
 133     my $rc;
 134     while (defined($rc = $remote_blast->retrieve_blast($rids[0]))) {
 135     if ( !ref($rc) ) {
 136         if ( $rc < 0 ) {
 137         skip("need a better solution for when 'Server failed to return any data'",2);
 138         }
 139         sleep 5;
 140         diag("Retrieval attempt: $attempt") if $v;
 141         $attempt++ < 10 ? next : last;
 142     } else {
 143         last
 144     }
 145     }
 146
 147     if ($rc) {
 148     ok(1,'retrieve_blast succeeded');
 149     $remote_blast->remove_rid($rids[0]);
 150     my $count = 0;
 151     isa_ok($rc, 'Bio::SearchIO');
 152     while (my $result = $rc->next_result) {
 153         while ( my $hit = $result->next_hit ) {
 154         $count++;
 155         next unless ( $v > 0);
 156         print "sbjct name is ", $hit->name, "\n";
 157         while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
 158             print "score is ", $hsp->bits, "\n";
 159         }
 160         }
 161     }
 162     is($count, 3, 'HSPs returned');
 163     } elsif ($attempt > 10) {
 164     # have a test fail here (there should not be repeated failed attempts to
 165     # get reports)
 166
 167     ok(0,'Exceeded maximum attempts on server to retrieve report');
 168     skip("Timeout, did not return report after ".($attempt - 1)." attempts", 1);
 169     } else {
 170     # have a test fail here (whatever is returned should be eval as true and
 171     # be a SearchIO)
 172
 173     ok(0,"Other problem on remote server, no report returned: $rc");
 174     skip('Possible remote server problems', 1);
 175     }
 176 }
 177
 178 SKIP: {
 179     test_skip(-tests => 5, -requires_module => 'Bio::SearchIO::blastxml');
 180
 181     my $remote_blast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new('-prog' => $prog,
 182         '-data'       => $db,
 183         '-readmethod' => 'xml',
 184         '-expect'     => $e_val,
 185     );
 186     $remote_blast->submit_parameter('ENTREZ_QUERY',
 187                                     'Escherichia coli[ORGN]');
 188
 189     $remote_blast->retrieve_parameter('FORMAT_TYPE', 'XML');
 190
 191     my $inputfilename = test_input_file('ecolitst.fa');
 192     my $attempt = 1;
 193
 194     my $status;
 195     eval{
 196     $status = $remote_blast->submit_blast($inputfilename);
 197     };
 198
 199     ok($status,'XML BLAST submitted');
 200
 201     skip("Error accessing remote BLAST interface: $@", 3) if $@;
 202
 203     cmp_ok($remote_blast->get_rtoe, '>', 0, "Estimated retrieval time");
 204     diag("Time remaining: ".$remote_blast->get_rtoe) if $v;
 205
 206     my @rids = $remote_blast->each_rid;
 207     is(@rids, 1, 'should only be one RID');
 208     skip("Wrong number of RIDs: ".scalar(@rids), 2) if @rids != 1;
 209
 210     diag("waiting [$rids[0]]...") if $v;
 211     my $rc;
 212     while (defined($rc = $remote_blast->retrieve_blast($rids[0]))) {
 213         if ( !ref($rc) ) {
 214             if ( $rc < 0 ) {
 215                 skip("need a better solution for when 'Server failed to return any data'",2);
 216             }
 217             sleep 5;
 218             diag("Retrieval attempt: $attempt") if $v;
 219             $attempt++ < 10 ? next : last;
 220         } else {
 221             last
 222         }
 223     }
 224
 225     if ($rc) {
 226         ok(1,'retrieve_blast succeeded');
 227         $remote_blast->remove_rid($rids[0]);
 228         my $count = 0;
 229         isa_ok($rc, 'Bio::SearchIO');
 230         while (my $result = $rc->next_result) {
 231             while ( my $hit = $result->next_hit ) {
 232                 $count++;
 233             }
 234         }
 235         is($count, 3, 'HSPs returned');
 236     } elsif ($attempt > 10) {
 237         # have a test fail here (there should not be repeated failed attempts to
 238         # get reports)
 239
 240         ok(0,'Exceeded maximum attempts on server to retrieve report');
 241         diag("Timeout, did not return report after ".($attempt - 1)." attempts");
 242     } else {
 243         # have a test fail here (whatever is returned should be eval as true and
 244         # be a SearchIO)
 245
 246         ok(0,"Other problem on remote server, no report returned: $rc");
 247         diag('Possible remote server problems');
 248     }
 249 }