t/Biblio/References.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 our @modules;
   7
   8 BEGIN {
   9     use lib '.';
  10     use Bio::Root::Test;
  11
  12     test_begin(-tests => 537);
  13
  14         @modules = qw(
  15                 Bio::Biblio::Article
  16                 Bio::Biblio::Book
  17                 Bio::Biblio::BookArticle
  18                 Bio::Biblio::Journal
  19                 Bio::Biblio::JournalArticle
  20                 Bio::Biblio::MedlineArticle
  21                 Bio::Biblio::MedlineBook
  22                 Bio::Biblio::MedlineBookArticle
  23                 Bio::Biblio::MedlineJournal
  24                 Bio::Biblio::MedlineJournalArticle
  25                 Bio::Biblio::Organisation
  26                 Bio::Biblio::Patent
  27                 Bio::Biblio::Person
  28                 Bio::Biblio::Proceeding
  29                 Bio::Biblio::Provider
  30                 Bio::Biblio::Ref
  31                 Bio::Biblio::Service
  32                 Bio::Biblio::TechReport
  33                 Bio::Biblio::Thesis
  34                 Bio::Biblio::WebResource
  35                 Bio::Biblio::PubmedArticle
  36                 Bio::Biblio::PubmedBookArticle
  37                 Bio::Biblio::PubmedJournalArticle);
  38
  39         foreach my $module (@modules) {
  40                 use_ok($module);
  41         }
  42 }
  43
  44 my $verbose = test_debug();
  45
  46 my ($biblio, $count, $str, @args);
  47 my ($citation, $provider);
  48
  49 print "Testing 'Bio::Biblio::->new() ...'\n" if $verbose;
  50 foreach my $object (@modules) {
  51         ok defined ($biblio = $object->new());
  52 }
  53
  54 my @scalar_methods_for_ref =
  55     qw(
  56      abstract
  57      abstract_language
  58      abstract_type
  59      author_list_complete
  60      cross_references_list_complete
  61      date
  62      date_completed
  63      date_created
  64      date_revised
  65      format
  66      identifier
  67      language
  68      last_modified_date
  69      repository_subset
  70      rights
  71      spatial_location
  72      subject_headings_source
  73      temporal_period
  74      title
  75      toc
  76      toc_type
  77      type
  78      );
  79 my @other_methods_for_ref =
  80     qw(
  81      authors
  82      cross_references
  83      codes
  84      contributors
  85      keywords
  86      publisher
  87      subject_headings
  88     );
  89
  90 my @scalar_methods_for_book =
  91     qw(
  92      edition
  93      isbn
  94      series
  95      volume
  96      );
  97 my @other_methods_for_book =
  98     qw(
  99      editor
 100      );
 101
 102 my @scalar_methods_for_bookarticle =
 103     qw(
 104      );
 105 my @other_methods_for_bookarticle =
 106     qw(
 107      book
 108      );
 109
 110 my @scalar_methods_for_article =
 111     qw(
 112      first_page
 113      last_page
 114      );
 115 my @other_methods_for_article =
 116     qw(
 117      );
 118
 119 my @scalar_methods_for_journalarticle =
 120     qw(
 121      issue
 122      issue_supplement
 123      volume
 124      );
 125 my @other_methods_for_journalarticle =
 126     qw(
 127      journal
 128      );
 129
 130 my @scalar_methods_for_medlinearticle =
 131     qw(
 132      affiliation
 133      citation_owner
 134      date_of_electronic_publication
 135      gene_symbols
 136      grant_list_complete
 137      medline_date
 138      medline_id
 139      medline_page
 140      number_of_references
 141      other_languages
 142      pmid
 143      season
 144      status
 145      vernacular_title
 146      );
 147
 148 my @other_methods_for_medlinearticle =
 149     qw(
 150      chemicals
 151      comment_ins
 152      comment_ons
 153      erratum_fors
 154      erratum_ins
 155      general_notes
 156      grants
 157      mesh_headings
 158      original_report_ins
 159      other_abstracts
 160      other_ids
 161      republished_froms
 162      republished_ins
 163      retraction_ins
 164      retraction_ofs
 165      summary_for_patients_ins
 166      update_ins
 167      update_ofs
 168      );
 169
 170 my @scalar_methods_for_medlinejournalarticle =
 171     qw(
 172      );
 173 my @other_methods_for_medlinejournalarticle =
 174     qw(
 175      journal
 176      );
 177
 178 my @scalar_methods_for_medlinebookarticle =
 179     qw(
 180      );
 181 my @other_methods_for_medlinebookarticle =
 182     qw(
 183      book
 184      );
 185
 186 my @scalar_methods_for_medlinebook =
 187     qw(
 188      );
 189 my @other_methods_for_medlinebook =
 190     qw(
 191      );
 192
 193 my @scalar_methods_for_pubmedarticle =
 194     qw(
 195      pubmed_status
 196      pubmed_provider_id
 197      );
 198 my @other_methods_for_pubmedarticle =
 199     qw(
 200      pubmed_history_list
 201      pubmed_article_id_list
 202      pubmed_url_list
 203      );
 204
 205 my @scalar_methods_for_journal =
 206     qw(
 207      abbreviation
 208      issn
 209      name
 210      );
 211 my @other_methods_for_journal =
 212     qw(
 213      );
 214
 215 my @scalar_methods_for_medlinejournal =
 216     qw(
 217      coden
 218      country
 219      medline_code
 220      medline_ta
 221      nlm_unique_id
 222      );
 223 my @other_methods_for_medlinejournal =
 224     qw(
 225      );
 226
 227 my @scalar_methods_for_patent =
 228     qw(
 229      doc_number
 230      doc_office
 231      doc_type
 232      );
 233 my @other_methods_for_patent =
 234     qw(
 235      applicants
 236      );
 237
 238 my @scalar_methods_for_webresource =
 239     qw(
 240      url
 241      estimated_size
 242      cost
 243      );
 244 my @other_methods_for_webresource =
 245     qw(
 246      );
 247
 248 my @scalar_methods_for_provider =
 249     qw(
 250      type
 251      );
 252
 253 my @scalar_methods_for_person =
 254     qw(
 255      affiliation
 256      email
 257      firstname
 258      forename
 259      initials
 260      lastname
 261      middlename
 262      postal_address
 263      suffix
 264      );
 265
 266 my @scalar_methods_for_organisation =
 267     qw(
 268      name
 269      );
 270
 271 my @scalar_methods_for_service =
 272     qw(
 273      name
 274      );
 275
 276 #
 277 # Bio::Biblio::MedlineJournalArticle
 278 #
 279 print "Testing Bio::Biblio::MedlineJournalArticle ...\n" if $verbose;
 280 $citation = Bio::Biblio::MedlineJournalArticle->new();
 281 @args = ();
 282 $count = 1;
 283 foreach my $method (@scalar_methods_for_ref,
 284                     @scalar_methods_for_article,
 285                     @scalar_methods_for_journalarticle,
 286                     @scalar_methods_for_medlinearticle,
 287                     @scalar_methods_for_medlinejournalarticle) {
 288     $str = 'string' . ($count++);
 289         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 290         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 291     push (@args, ("-$method" => $str));
 292 }
 293
 294 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::MedlineJournalArticle->new(@args));
 295 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 296     my $method = substr ($args[$i], 1);
 297         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 298 }
 299 foreach my $method (@other_methods_for_ref,
 300                     @other_methods_for_article,
 301                     @other_methods_for_journalarticle,
 302                     @other_methods_for_medlinearticle,
 303                     @other_methods_for_medlinejournalarticle) {
 304         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 305 }
 306 my ($me) = Bio::Biblio::Person->new(-lastname => 'me');
 307 my ($you) = Bio::Biblio::Person->new(-lastname => 'you');
 308 ok $citation->add_author ($me), "add_author 1";
 309 ok $citation->add_author ($you), "add_author 2";
 310 is ${ $citation->authors }[1]->lastname, 'you', "get authors";
 311
 312 ok $citation->add_contributor ($me), "add_contributor 1";
 313 ok $citation->add_contributor ($you), "add_contributor 2";
 314 is ${ $citation->contributors }[1]->lastname, 'you', "get contributors";
 315
 316 use Bio::Annotation::DBLink;
 317 my $link1 = Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'here',
 318                                         -primary_id => '001'
 319                                         );
 320 my $link2 = Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'there',
 321                                         -primary_id => '002'
 322                                         );
 323
 324 ok $citation->add_cross_reference ($link1), "add_cross_reference 1";
 325 ok $citation->add_cross_reference ($link2), "add_cross_reference 2";
 326 is ${ $citation->cross_references }[0]->database, 'here', "get cross_references";
 327 is ${ $citation->cross_references }[1]->primary_id, '002', "get cross_references";
 328
 329
 330 #
 331 # Bio::Biblio::MedlineBookArticle
 332 #
 333 print "Testing Bio::Biblio::MedlineBookArticle ...\n" if $verbose;
 334 $citation = Bio::Biblio::MedlineBookArticle->new();
 335 @args = ();
 336 $count = 1;
 337 foreach my $method (@scalar_methods_for_ref,
 338                     @scalar_methods_for_article,
 339                     @scalar_methods_for_bookarticle,
 340                     @scalar_methods_for_medlinearticle,
 341                     @scalar_methods_for_medlinebookarticle) {
 342     $str = 'string' . ($count++);
 343         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 344         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 345     push (@args, ("-$method" => $str));
 346 }
 347
 348 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::MedlineBookArticle->new(@args));
 349 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 350     my $method = substr ($args[$i], 1);
 351         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 352 }
 353 foreach my $method (@other_methods_for_ref,
 354                     @other_methods_for_article,
 355                     @other_methods_for_bookarticle,
 356                     @other_methods_for_medlinearticle,
 357                     @other_methods_for_medlinebookarticle) {
 358         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 359 }
 360
 361
 362 #
 363 # Bio::Biblio::MedlineBook
 364 #
 365 print "Testing Bio::Biblio::MedlineBook ...\n" if $verbose;
 366 $citation = Bio::Biblio::MedlineBook->new();
 367 @args = ();
 368 $count = 1;
 369 foreach my $method (@scalar_methods_for_ref,
 370                     @scalar_methods_for_book,
 371                     @scalar_methods_for_medlinebook) {
 372     $str = 'string' . ($count++);
 373         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 374         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 375     push (@args, ("-$method" => $str));
 376 }
 377
 378 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::MedlineBook->new(@args));
 379 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 380     my $method = substr ($args[$i], 1);
 381         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 382 }
 383 foreach my $method (@other_methods_for_ref,
 384                     @other_methods_for_book,
 385                     @other_methods_for_medlinebook) {
 386         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 387 }
 388
 389 #
 390 # Bio::Biblio::MedlineJournal
 391 #
 392 print "Testing Bio::Biblio::MedlineJournal ...\n" if $verbose;
 393 $citation = Bio::Biblio::MedlineJournal->new();
 394 @args = ();
 395 $count = 1;
 396 foreach my $method (@scalar_methods_for_journal,
 397                     @scalar_methods_for_medlinejournal) {
 398     $str = 'string' . ($count++);
 399         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 400         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 401     push (@args, ("-$method" => $str));
 402 }
 403
 404 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::MedlineJournal->new(@args));
 405 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 406     my $method = substr ($args[$i], 1);
 407         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 408 }
 409 foreach my $method (@other_methods_for_journal,
 410                     @other_methods_for_medlinejournal) {
 411         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 412 }
 413
 414 #
 415 # Bio::Biblio::Patent
 416 #
 417 print "Testing Bio::Biblio::Patent ...\n" if $verbose;
 418 $citation = Bio::Biblio::Patent->new();
 419 @args = ();
 420 $count = 1;
 421 foreach my $method (@scalar_methods_for_patent) {
 422     $str = 'string' . ($count++);
 423         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 424         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 425     push (@args, ("-$method" => $str));
 426 }
 427
 428 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::Patent->new(@args));
 429 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 430     my $method = substr ($args[$i], 1);
 431         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 432 }
 433 foreach my $method (@other_methods_for_patent) {
 434         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 435 }
 436
 437 #
 438 # Bio::Biblio::WebResource
 439 #
 440 print "Testing Bio::Biblio::WebResource ...\n" if $verbose;
 441 $citation = Bio::Biblio::WebResource->new();
 442 @args = ();
 443 $count = 1;
 444 foreach my $method (@scalar_methods_for_webresource) {
 445     $str = 'string' . ($count++);
 446         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 447         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 448     push (@args, ("-$method" => $str));
 449 }
 450
 451 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::WebResource->new(@args));
 452 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 453     my $method = substr ($args[$i], 1);
 454         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 455 }
 456 foreach my $method (@other_methods_for_webresource) {
 457         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 458 }
 459
 460
 461 #
 462 # Bio::Biblio::Person
 463 #
 464 print "Testing Bio::Biblio::Person ...\n" if $verbose;
 465 $provider = Bio::Biblio::Person->new();
 466 @args = ();
 467 $count = 1;
 468 foreach my $method (@scalar_methods_for_provider,
 469                     @scalar_methods_for_person) {
 470     $str = 'string' . ($count++);
 471         is $provider->$method ($str), $str, "set '$method'";
 472         is $provider->$method(), $str, "get '$method'";
 473     push (@args, ("-$method" => $str));
 474 }
 475
 476 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::Person->new(@args));
 477 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 478     my $method = substr ($args[$i], 1);
 479         is $provider->$method(), $args[$i+1], $method;
 480 }
 481
 482 #
 483 # Bio::Biblio::Organisation
 484 #
 485 print "Testing Bio::Biblio::Organisation ...\n" if $verbose;
 486 $provider = Bio::Biblio::Organisation->new();
 487 @args = ();
 488 $count = 1;
 489 foreach my $method (@scalar_methods_for_provider,
 490                     @scalar_methods_for_organisation) {
 491     $str = 'string' . ($count++);
 492         is $provider->$method ($str), $str, "set '$method'";
 493         is $provider->$method(), $str, "get '$method'";
 494     push (@args, ("-$method" => $str));
 495 }
 496
 497 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::Organisation->new(@args));
 498 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 499     my $method = substr ($args[$i], 1);
 500         is $provider->$method(), $args[$i+1], $method;
 501 }
 502
 503 #
 504 # Bio::Biblio::Service
 505 #
 506 print "Testing Bio::Biblio::Service ...\n" if $verbose;
 507 $provider = Bio::Biblio::Service->new();
 508 @args = ();
 509 $count = 1;
 510 foreach my $method (@scalar_methods_for_provider,
 511                     @scalar_methods_for_organisation) {
 512     $str = 'string' . ($count++);
 513         is $provider->$method ($str), $str, "set '$method'";
 514         is $provider->$method(), $str, "get '$method'";
 515     push (@args, ("-$method" => $str));
 516 }
 517
 518 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::Service->new(@args));
 519 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 520     my $method = substr ($args[$i], 1);
 521         is $provider->$method(), $args[$i+1], $method;
 522 }
 523
 524 #
 525 # Bio::Biblio::PubmedJournalArticle
 526 #
 527 print "Testing Bio::Biblio::PubmedJournalArticle ...\n" if $verbose;
 528 $citation = Bio::Biblio::PubmedJournalArticle->new();
 529 @args = ();
 530 $count = 1;
 531 foreach my $method (@scalar_methods_for_pubmedarticle) {
 532     $str = 'string' . ($count++);
 533         is $citation->$method ($str), $str, "set '$method'";
 534         is $citation->$method(), $str, "get '$method'";
 535     push (@args, ("-$method" => $str));
 536 }
 537
 538 ok defined ($biblio = Bio::Biblio::PubmedJournalArticle->new(@args));
 539 for (my $i = 0; $i < @args; $i += 2) {
 540     my $method = substr ($args[$i], 1);
 541         is $citation->$method(), $args[$i+1], $method;
 542 }
 543 foreach my $method (@other_methods_for_pubmedarticle) {
 544         is $citation->$method(), undef, "get '$method'";
 545 }