t/AlignIO/maf.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: maf.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::maf');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # MAF
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21           '-file' => test_input_file("humor.maf"));
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'NM_006987/1-5000', "maf input test";
  25 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '-';
  26
  27 # MAF - bug 2453
  28 $str = Bio::AlignIO->new(
  29           '-file' => test_input_file("bug2453.maf"));
  30 $aln = $str->next_aln();
  31 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  32 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27578829-27578866', "maf input test";
  33 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '+';
  34 $aln = $str->next_aln();
  35 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27699740-27699745', "maf input test";
  36 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '+';
  37 $aln = $str->next_aln();
  38 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'hg16.chr7/27707222-27707234', "maf input test";
  39 is $aln->get_seq_by_pos(1)->strand, '+';
  40