BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.7 2006-11-16 10:51:50 sendu Exp $
   2
   3 Known Bugs
   4
   5 Bugs are tracked at this URL:
   6 http://bugzilla.bioperl.org/
   7
   8 Bioperl 1.6.0
   9 =============
  10
  11 Though a stable release, a few bugs and enhancements remain for this series
  12 that will be addressed in future point releases:
  13
  14 Bug     Summary (additional info)
  15
  16 2247    Have Bio::SearchIO::blast methods available for other BLAST parsers
  17         (enhancement request)
  18 2332    Software for analysis of redundant fragments of affys human mitochip v2
  19         (API hasn't stabilized, may appear in a 1.6 point release)
  20 2439    multiple results HTMLResultWriter.pm and non-redundant entries in SearchIO
  21         (partially implemented)
  22 2456    reroot function (Bio::Tree::TreeFunctionsI) shifts bootstrap values
  23         (fairly significant bug, method gives erroneous results)
  24 2463    bp_seqconvert.pl & Bio::SeqIO code cleanup and user friendly interface
  25         (enhancement request)
  26 2476    "Undefined sub-sequence" when processing tblastx output
  27         (related to HSP tiling)
  28 2482    paml4 mlc file fails to parse
  29         (may require refactoring Bio::Tools::Phylo::PAML)
  30 2492    Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics
  31         (awaiting comment from Jason)
  32 2513    creating a Bio::SeqFeature::Annotation object downloads the entire so.obo
  33         (should allow local copies)
  34 2594    Bio::Species memory leak
  35         (fix implemented, but additional leaks likely remain)
  36 2633    Incorrect identity calculation in Bio::SearchIO::fasta
  37         (fixed but requires more code evaluation)
  38 2673    original fields not inherited by seq objects in alignment slices
  39         (request for bequest/bequeath behavior for attribute carryover)
  40 2686    WU-BLAST XML support
  41         (partially implemented, but issues remain)
  42 2691    Bio::Microarray::Tools::ReseqChip depends on CPAN module Statistics::Frequency
  43         (related to bug 2332 above)
  44 2696    global verbosity does not propagate to new objects post-set
  45         (requires more specific implementation details)
  46 2700    Refactor Build.PL
  47         (some of the behind-the-scenes stuff is a little klunky)
  48 2702    Scripts recopied upon each call to './Build test'
  49         (minor bug)
  50 2703    Bio::Tools::GuessSeqFormat guesses SELEX as PHYLIP
  51         (minor bug which mistakes format)
  52 2713    Update core Infernal parsing to v1.0, add related tests to bioperl-run
  53         (enhancement request)
  54 2715    LocatableSeq symbols are globally set
  55         (bug related to sequence symbol issues; rarely surfaces but needs addressing)
  56
  57
  58 Bioperl 1.5.2
  59 =============
  60
  61 There are no known installation bugs in 1.5.2 per se, but issues with
  62 external programs may cause problems. See the following URL for details:
  63 http://www.bioperl.org/wiki/Release_1.5.2#Notes
  64
  65
  66 Bioperl 1.2
  67 ===========
  68
  69  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
  70    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
  71    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
  72
  73
  74 Bioperl 0.9.0
  75 =============
  76
  77  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  78    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  79    it that have not been fixed.
  80
  81  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  82    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  83    (jitterbug #966).
  84
  85  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  86    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  87
  88  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  89    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  90    these during a make test.
  91    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  92    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  93    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  94    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  95    tracked down.
  96
  97
  98 Bioperl 0.7.2
  99 =============
 100
 101  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
 102    online which as resulted in some of the DB methods from not working
 103    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
 104    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
 105    part of the later releases.
 106
 107    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
 108    the bioperl list archives for information about potential
 109    workarounds and ongoing development effort to address these.
 110
 111
 112 Bioperl 0.7.1
 113 =============
 114
 115  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
 116    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
 117
 118  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
 119    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
 120    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
 121    bioperl release.
 122
 123  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
 124    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
 125    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
 126    File::Temp when running 0.7 branch code.
 127
 128  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
 129    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
 130    jobs to a remote blast server like NCBI a module
 131    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
 132    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
 133    major bioperl release.
 134
 135
 136 Bioperl 0.7
 137 ===========
 138
 139  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
 140    code synopsis code as
 141      my $parser = new BPlite(\*FH);
 142    should be
 143      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
 144