t/AlignIO/phylip.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6         use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 20);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::phylip');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # PHYLIP sequential/non-interleaved
  19 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => test_input_file('noninterleaved.phy'), '-interleaved' => 0,
  20                             '-format' => 'phylip');
  21 $aln = $strout->next_aln($aln);
  22 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  23 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAA'.
  24    'AGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATT'.
  25    'TGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGA'.
  26    'TACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTG'.
  27    'GAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
  28
  29 # PHYLIP interleaved with long Ids
  30 $str = Bio::AlignIO->new(
  31     '-file' => test_input_file("protpars_longid.phy"),
  32     '-format' => 'phylip',
  33     'longid' => 1);
  34
  35 $aln = $str->next_aln();
  36 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  37 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  38 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'S I N F R U  P 0 0 1 /1-84';
  39 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  40
  41 # PHYLIP interleaved, multiple segments
  42 $str = Bio::AlignIO->new(
  43     '-file' => test_input_file("protpars.phy"),
  44     '-format' => 'phylip');
  45
  46 $aln = $str->next_aln();
  47 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  48 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  49 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'SINFRUP001/1-4940';
  50 # is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  51
  52 # PHYLIP interleaved
  53 $str = Bio::AlignIO->new(
  54     '-file' => test_input_file("testaln.phylip"),
  55     '-format' => 'phylip');
  56 $aln = $str->next_aln();
  57 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  58 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  59 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
  60
  61 $strout = Bio::AlignIO->new(
  62     '-file'  => ">".test_output_file(),
  63     '-format' => 'phylip');
  64 $status = $strout->write_aln($aln);
  65 is $status, 1, "phylip output test";
  66
  67 # check the LocatableSeq start/end/strand etc
  68 my $ls = $aln->get_seq_by_pos(2);
  69 is($ls->display_id, 'Pan_panisc');
  70 is($ls->start, 1);
  71 is($ls->end,47);
  72 is($ls->length,50);
  73
  74 # bug 2984
  75 TODO: {
  76     local $TODO = 'problems with default strand';
  77     # shouldn't this be 0?
  78     is($ls->strand,0);
  79 }
  80
  81 # check to see that newlines between header and sequences are parsed correctly
  82 $str = Bio::AlignIO->new('-file' => test_input_file("codeml45b.mlc"), -format => 'phylip', '-longid' => 1);
  83 $aln = $str->next_aln();
  84 $ls = $aln->get_seq_by_pos(9);
  85 ok($ls->display_id eq "Pop_trich_ch", "newline between header and sequences is parsed correctly");
  86
  87 # bug 123 "Problem with newer versions of AlignIO to write alignment data #123"
  88 my $io = Bio::AlignIO->new(
  89     -file => test_input_file("ORTHOMCL2345.cluster.aa.fa.aln.aa.phy.txt"),
  90     -format => 'phylip');
  91 $aln = $io->next_aln();
  92 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
  93
  94 # Alignment file where an id has spaces in it
  95 $io = Bio::AlignIO->new(
  96     -file => test_input_file("ids-with-spaces.phy"),
  97     -format => 'phylip');
  98 $aln = $io->next_aln();
  99 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
 100 is($aln->get_seq_by_pos(1)->display_id, 'A_BAD_ID');
 101
 102
 103
 104