BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.4 2002-12-31 13:09:05 birney Exp $
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   3 Known Bugs
   4
   5 Bioperl 1.2
   6 ===========
   7
   8  * The searchio.t test is failing on cygwin installations (and
   9    nowhere else). We need a developer who works with cygwin to
  10    help us out here. We suspect something to do with temporary file
  11    opening.
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  13
  14 Bioperl 0.9.0
  15 =============
  16  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  17    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  18    it that have not been fixed.
  19
  20  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  21    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  22    (jitterbug #966).
  23
  24  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  25    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  26
  27  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  28    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  29    these during a make test.
  30    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  31    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  32    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  33    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  34    tracked down.
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  36 Bioperl 0.7.2
  37 =============
  38
  39  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
  40    online which as resulted in some of the DB methods from not working
  41    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
  42    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
  43    part of the later releases.
  44
  45    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
  46    the bioperl list archives for information about potential
  47    workarounds and ongoing development effort to address these.
  48
  49 Bioperl 0.7.1
  50 =============
  51  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
  52    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
  53
  54  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
  55    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
  56    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
  57    bioperl release.
  58
  59  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
  60    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
  61    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
  62    File::Temp when running 0.7 branch code.
  63
  64  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
  65    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
  66    jobs to a remote blast server like NCBI a module
  67    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
  68    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
  69    major bioperl release.
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  71 Bioperl 0.7
  72 ===========
  73  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
  74    code synopsis code as
  75      my $parser = new BPlite(\*FH);
  76    should be
  77      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
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