lib/Bio/LiveSeq/IO/README

   1 # $Id$
   2
   3 README for Bio::LiveSeq::IO
   4
   5 LiveSeq objects representing known gene structures and their sequences
   6 have to be created from nucleotide sequence files. The current IO
   7 files do it by reading in EMBL entries and parsing out sequences as
   8 well as CDS, exon and primary_transcript features from the feature
   9 table.
  10
  11 Bio::LiveSeq::IO::Loader
  12
  13         is a superclass holding methods common to other methods.
  14
  15 Bio::LiveSeq::IO::BioPerl
  16
  17         is the preferred method which uses Bio::DB::EMBL to retrieve
  18         sequences over the Web by accession number.
  19
  20 Bio::LiveSeq::IO::SRS
  21
  22         outdated, removed from distribution 13 Jan 2006
  23
  24         retrieves sequences from a local installation of SRS. It needs
  25         srsperl.pm which is part of SRS. SRS is short for Sequence
  26         Retrieval System, a comprehensive program suite for indexing
  27         and serving biological databases. SRS is a product of Lion
  28         BioSciences (http://www.lionbio.co.uk/). The license for
  29         academic users is free.