t/data/testdata.crossmatch

   1 cross_match 34_1_5_MSX1DF.seq msx1_ens2.fasta -alignments
   2 cross_match version 0.990329
   3
   4 Run date:time  080103:101214
   5 Query file(s):  34_1_5_MSX1DF.seq
   6 Subject file(s):   msx1_ens2.fasta
   7 Presumed sequence type: DNA
   8
   9 Pairwise comparison algorithm: banded Smith-Waterman
  10
  11 Score matrix (set by value of penalty: -2)
  12     A   C   G   T   N   X
  13 A   1  -2  -2  -2   0  -3
  14 C  -2   1  -2  -2   0  -3
  15 G  -2  -2   1  -2   0  -3
  16 T  -2  -2  -2   1   0  -3
  17 N   0   0   0   0   0   0
  18 X  -3  -3  -3  -3   0  -3
  19
  20 Gap penalties: gap_init: -4, gap_ext: -3, ins_gap_ext: -3, del_gap_ext: -3,
  21 Using complexity-adjusted scores. Assumed background frequencies:
  22  A: 0.250  C: 0.250  G: 0.250  T: 0.250  N: 0.000  X: 0.000
  23
  24 minmatch: 14, maxmatch: 14, max_group_size: 20, minscore: 30, bandwidth: 14, indexwordsize: 10
  25 vector_bound: 0
  26 word_raw: 0
  27 masklevel: 80
  28
  29 Sequence file: 34_1_5_MSX1DF.seq    1 entries
  30 Residue counts:
  31   A      123
  32   C      148
  33   G      170
  34   N        1
  35   T      161
  36 Total    603
  37
  38 NO QUALITY FILE 34_1_5_MSX1DF.seq.qual WAS FOUND. REMAINING INPUT QUALITIES SET TO 15.
  39 Maximal single base matches (low complexity regions):
  40
  41  538  1.37 0.51 0.34  C:\Program       19   603 (0)    msx1_ens2     2824  3409 (3856)
  42
  43   C:\Program          19 TCCCAA-CGTCTAAGACTGAGCCATTAA-GTGGACTCCAGGTGCCCAAGG 66
  44                                -      i              -
  45   msx1_ens2         2824 TCCCAAACGTCTAGGACTGAGCCATTAAAGTGGACTCCAGGTGCCCAAGG 2873
  46
  47   C:\Program          67 CGGTTCGCTCCAAGGCCTCACGGCCCCCTGGCTGCTCTACTCAGAGAACA 116
  48
  49   msx1_ens2         2874 CGGTTCGCTCCAAGGCCTCACGGCCCCCTGGCTGCTCTACTCAGAGAACA 2923
  50
  51   C:\Program         117 CGCTCGGAGATATTTCAGGAGCACGGGAAATTCCCAAGTTTTCCTCGTTT 166
  52
  53   msx1_ens2         2924 CGCTCGGAGATATTTCAGGAGCACGGGAAATTCCCAAGTTTTCCTCGTTT 2973
  54
  55   C:\Program         167 CCTCCGATTATTTTGCTCGGCATAATAGCAGCCAGATTTCAATGGCGTGA 216
  56
  57   msx1_ens2         2974 CCTCCGATTATTTTGCTCGGCATAATAGCAGCCAGATTTCAATGGCGTGA 3023
  58
  59   C:\Program         217 TGCTGAGGAATGATTTTTATCTGGGGATTAAACGTCTTTGAAAGGCCAGT 266
  60
  61   msx1_ens2         3024 TGCTGAGGAATGATTTTTATCTGGGGATTAAACGTCTTTGAAAGGCCAGT 3073
  62
  63   C:\Program         267 CCCTCCCTAAGCCTAATGGCCGGAGAAGGTGGCCCCGCTCTGGGTTGTCG 316
  64
  65   msx1_ens2         3074 CCCTCCCTAAGCCTAATGGCCGGAGAAGGTGGCCCCGCTCTGGGTTGTCG 3123
  66
  67   C:\Program         317 CCGCTGAAGGGAGTGACGTTTCTCTCGGCGCCCGCCCCTCGGGCGGCCCG 366
  68
  69   msx1_ens2         3124 CCGCTGAAGGGAGTGACGTTTCTCTCGGCGCCCGCCCCTCGGGCGGCCCG 3173
  70
  71   C:\Program         367 GCGGAAAGCTAGTTGGGGGCCAAGCGCTTCCCGGACTCCCGGTGGCCTCC 416
  72
  73   msx1_ens2         3174 GCGGAAAGCTAGTTGGGGGCCAAGCGCTTCCCGGACTCCCGGTGGCCTCC 3223
  74
  75   C:\Program         417 AGCAGGGAAGAAGCGGGGTGTTAACACGAGATTTCGTTTTGACTCACATC 466
  76                                                                 -
  77   msx1_ens2         3224 AGCAGGGAAGAAGCGGGGTGTTAACACGAGATTTCGTTT-GACTCACATC 3272
  78
  79   C:\Program         467 CTGGTGGTCTGAAAGTCCAAAGGATCGTTGTGTTTTCTTTGTTTAGTCAT 516
  80                                                                      v  iv
  81   msx1_ens2         3273 CTGGTGGTCTGAAAGTCCAAAGGATCGTTGTGTTTTCTTTGTTTTGTTTT 3322
  82
  83   C:\Program         517 GTTTNTTCTGTTTGTTTGTGGTTGTTTTTTAGAGAGGTGTGAAAAAATGC 566
  84                              ?
  85   msx1_ens2         3323 GTTTTTTCTGTTTGTTTGTGGTTGTTTTTTAGAGAGGTGTGAAAAAATGC 3372
  86
  87   C:\Program         567 ATACTTAGGGCAAAACCGCGGTGGTGAA-CATCTTCGA 603
  88                                   -       vvv        -
  89   msx1_ens2         3373 ATACTTAGG-CAAAACCCGCGTGGTGAAACATCTTCGA 3409
  90
  91 Transitions / transversions = 0.40 (2 / 5)
  92 Gap_init rate = 0.01 (5 / 586), avg. gap size = 1.00 (5 / 5)
  93
  94
  95 1 matching entries (first file).
  96
  97 Discrepancy summary:
  98 Qual algn  cum    rcum    (%)    unalgn X    N  sub del ins  total (%)   cum  rcum (%)