t/data/phi.out

   1 BLASTP 2.0.14 [Jun-29-2000]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= CYS1_DICDI
  10          (351 letters)
  11
  12 Database: /home/peter/blast/data/swissprot
  13            88,780 sequences; 31,984,247 total letters
  14
  15 Searching......................................................................................................................................................
  16 3 occurrence(s) of pattern in query
  17   CYS1_DICDI; PATTERN.\r
  18  pattern P-E-E-Q at position 23 of query sequence
  19 effective database length=3.2e+07
  20  pattern probability=8.9e-06
  21 lengthXprobability=2.8e+02
  22
  23 Number of occurrences of pattern in the database is 349
  24   CYS1_DICDI; PATTERN.\r
  25  pattern P-E-E-Q at position 120 of query sequence
  26 effective database length=3.2e+07
  27  pattern probability=8.9e-06
  28 lengthXprobability=2.8e+02
  29
  30 Number of occurrences of pattern in the database is 349
  31   CYS1_DICDI; PATTERN.\r
  32  pattern P-E-E-Q at position 237 of query sequence
  33 effective database length=3.2e+07
  34  pattern probability=8.9e-06
  35 lengthXprobability=2.8e+02
  36
  37 Number of occurrences of pattern in the database is 349
  38 done
  39
  40
  41                                                                    Score     E
  42                                                                    (bits)  Value
  43
  44 Significant matches for pattern occurrence 1 at position 23
  45
  46
  47 sp|P04988|CYS1_DICDI CYSTEINE PROTEINASE 1 PRECURSOR                  688  0.0
  48 sp|P30957|RYNC_RABIT RYANODINE RECEPTOR, CARDIAC MUSCLE                 8  4.8
  49 sp|Q08862|GTC_RABIT GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YC (ALPHA II) (GST...     7  6.0
  50 sp|O95801|TTC4_HUMAN TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 4                 7  7.6
  51 sp|P36114|YKZ8_YEAST HYPOTHETICAL 81.8 KDA PROTEIN IN YPT52-DBP7...     7  9.6
  52
  53
  54 Significant matches for pattern occurrence 2 at position 120
  55
  56
  57 sp|P11559|MCRA_METVO METHYL-COENZYME M REDUCTASE ALPHA SUBUNIT         13  0.13
  58 sp|Q49605|MCRA_METKA METHYL-COENZYME M REDUCTASE I ALPHA SUBUNIT...    11  0.43
  59 sp|P81901|FER_PYRIS FERREDOXIN (SEVEN-IRON FERREDOXIN)                 11  0.55
  60 sp|Q58256|MCRX_METJA METHYL-COENZYME M REDUCTASE II ALPHA SUBUNI...    10  1.1
  61 sp|P53203|YG14_YEAST HYPOTHETICAL 52.9 KD PROTEIN IN ERP6-TFG2 I...     8  3.0
  62 sp|P55002|MGP1_MOUSE MICROFIBRIL-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN PRECURS...     7  6.0
  63 sp|Q06234|ASH1_XENLA ACHAETE-SCUTE HOMOLOG 1                            7  7.6
  64 sp|P20918|PLMN_MOUSE PLASMINOGEN PRECURSOR [CONTAINS: ANGIOSTATIN]      7  7.6
  65
  66
  67 Significant matches for pattern occurrence 3 at position 237
  68
  69
  70 sp|P49362|GCSB_FLAPR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING] B, ...     9  1.4
  71 sp|P49361|GCSA_FLAPR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING] A, ...     9  1.4
  72 sp|O49852|GCSP_FLATR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING], MI...     8  4.8
  73 sp|P32767|PDR6_YEAST PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE REGULATORY PROT...     7  6.0
  74 sp|O49850|GCSP_FLAAN GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING], MI...     7  9.6
  75
  76
  77 Significant alignments for pattern occurrence 1 at position 23
  78
  79 >sp|P04988|CYS1_DICDI CYSTEINE PROTEINASE 1 PRECURSOR
  80           Length = 343
  81
  82  Score =  688 bits (1789), Expect = 0.0
  83  Identities = 343/351 (97%), Positives = 343/351 (97%), Gaps = 8/351 (2%)
  84
  85 Query:  1   MKVILLFVLAVFTVFVSSRGIPPEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIE 60
  86 pattern 23                        ****
  87             MKVILLFVLAVFTVFVSSRGIPPEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIE
  88 Sbjct:  1   MKVILLFVLAVFTVFVSSRGIPPEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIE 60
  89
  90 Query:  61  ELNLIAINHKADTKFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIPP 120
  91 pattern 120                                                            *
  92             ELNLIAINHKADTKFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIP
  93 Sbjct:  61  ELNLIAINHKADTKFGVNKFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINSIP- 119
  94
  95 Query:  121 EEQTAFDWRTRGAVTPVKNQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHE 180
  96 pattern 121 ***
  97                TAFDWRTRGAVTPVKNQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHE
  98 Sbjct:  120 ---TAFDWRTRGAVTPVKNQGQCGSCWSFSTTGNVEGQHFISQNKLVSLSEQNLVDCDHE 176
  99
 100 Query:  181 CMEYEGEEACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIGPEEQ 240
 101 pattern 237                                                         ****
 102             CMEYEGEEACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIG
 103 Sbjct:  177 CMEYEGEEACDEGCNGGLQPNAYNYIIKNGGIQTESSYPYTAETGTQCNFNSANIG---- 232
 104
 105 Query:  241 AKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPNSLDHGILIVG 300
 106             AKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPNSLDHGILIVG
 107 Sbjct:  233 AKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPNSLDHGILIVG 292
 108
 109 Query:  301 YSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRRGKNTCGVSNFVSTSII 351
 110             YSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRRGKNTCGVSNFVSTSII
 111 Sbjct:  293 YSAKNTIFRKNMPYWIVKNSWGADWGEQGYIYLRRGKNTCGVSNFVSTSII 343
 112
 113
 114 >sp|P30957|RYNC_RABIT RYANODINE RECEPTOR, CARDIAC MUSCLE
 115           Length = 4969
 116
 117  Score =  7.8 bits (25), Expect = 4.8
 118  Identities = 14/39 (35%), Positives = 19/39 (47%)
 119
 120 Query:  23   PEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIEE 61
 121 pattern 23   ****
 122              PEEQ +F E + K  +K   EE     E  +   G+ EE
 123 Sbjct:  4414 PEEQEKFQEQKTKEEEKEEKEETKSEPEKAEGEDGEKEE 4452
 124
 125
 126 >sp|Q08862|GTC_RABIT GLUTATHIONE S-TRANSFERASE YC (ALPHA II) (GST CLASS-ALPHA)
 127           Length = 221
 128
 129  Score =  7.4 bits (24), Expect = 6.0
 130  Identities = 19/67 (28%), Positives = 35/67 (51%), Gaps = 12/67 (17%)
 131
 132 Query:  21  IPPEEQ-SQFLEFQDKFNKKY---------SH-EEYLERFEIFKSNLGKIEEL-NLIAIN 68
 133 pattern 23    ****
 134             +PPEEQ ++  + +DK   +Y         SH ++YL   ++ K+++  +E L N+  +N
 135 Sbjct:  112 LPPEEQEAKLAQIKDKAKNRYFPAFEKVLKSHGQDYLVGNKLSKADILLVELLYNVEELN 171
 136
 137 Query:  69  HKADTKF 75
 138               A   F
 139 Sbjct:  172 PGATASF 178
 140
 141
 142 >sp|O95801|TTC4_HUMAN TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 4
 143           Length = 356
 144
 145  Score =  7.1 bits (23), Expect = 7.6
 146  Identities = 14/67 (20%), Positives = 32/67 (46%), Gaps = 5/67 (7%)
 147
 148 Query:  23  PEEQSQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGK---IEELNLIAINHKADTKFGVNK 79
 149 pattern 23  ****
 150             PEEQ++   ++D+ N  +  ++Y +    +   L K     +LN +   ++A  ++ +
 151 Sbjct:  75  PEEQAK--TYKDEGNDYFKEKDYKKAVISYTEGLKKKCADPDLNAVLYTNRAAAQYYLGN 132
 152
 153 Query:  80  FADLSSD 86
 154             F    +D
 155 Sbjct:  133 FRSALND 139
 156
 157
 158 >sp|P36114|YKZ8_YEAST HYPOTHETICAL 81.8 KDA PROTEIN IN YPT52-DBP7 INTERGENIC REGION
 159           Length = 725
 160
 161  Score =  6.8 bits (22), Expect = 9.6
 162  Identities = 21/99 (21%), Positives = 43/99 (43%), Gaps = 21/99 (21%)
 163
 164 Query:  21  IPPEEQ--SQFLEFQDKFNKKYSHEEYLERFEIFKSNLGKIEELNLIAINHKADTKFGVN 78
 165 pattern 23    ****
 166             + PEEQ     L+F ++      H    ER  +  +++G    +N      +   + G+
 167 Sbjct:  213 LTPEEQKDKDLLQFAEQI-----HSMRTER--LSGAHIGNSPAIN------RLRGELGLQ 259
 168
 169 Query:  79  KFADLSSDEFKNYYLNNKEAIFTDDLPVADYLDDEFINS 117
 170                DL  +E  ++       + +DD+ ++    DEF++S
 171 Sbjct:  260 AMEDLPEEEITDH------KVLSDDIDLSQATIDEFVHS 292
 172
 173
 174
 175 Significant alignments for pattern occurrence 2 at position 120
 176
 177 >sp|P11559|MCRA_METVO METHYL-COENZYME M REDUCTASE ALPHA SUBUNIT
 178           Length = 555
 179
 180  Score = 13.0 bits (40), Expect = 0.13
 181  Identities = 16/28 (57%), Positives = 18/28 (64%), Gaps = 3/28 (10%)
 182
 183 Query:  99  IFTDDLPVADYLDDEF---INSIPPEEQ 123
 184 pattern 120                         ****
 185             IFT D  +AD LDD F   IN + PEEQ
 186 Sbjct:  170 IFTGDDELADELDDRFVIDINKLFPEEQ 197
 187
 188
 189 >sp|Q49605|MCRA_METKA METHYL-COENZYME M REDUCTASE I ALPHA SUBUNIT (MCR I ALPHA)
 190           Length = 553
 191
 192  Score = 11.2 bits (35), Expect = 0.43
 193  Identities = 14/28 (50%), Positives = 18/28 (64%), Gaps = 3/28 (10%)
 194
 195 Query:  99  IFTDDLPVADYLDDEFINSIP---PEEQ 123
 196 pattern 120                         ****
 197             I T DL +AD +DD+F+  I    PEEQ
 198 Sbjct:  168 IITGDLELADEIDDKFLIDIEKLFPEEQ 195
 199
 200
 201 >sp|P81901|FER_PYRIS FERREDOXIN (SEVEN-IRON FERREDOXIN)
 202           Length = 101
 203
 204  Score = 10.9 bits (34), Expect = 0.55
 205  Identities = 12/23 (52%), Positives = 16/23 (69%), Gaps = 1/23 (4%)
 206
 207 Query:  114 FINSIPPEEQTAF-DWRTRGAVT 135
 208 pattern 120       ****
 209             F  S+ PEEQ AF +W+TR  +T
 210 Sbjct:  78  FGKSLTPEEQRAFEEWKTRYGIT 100
 211
 212
 213 >sp|Q58256|MCRX_METJA METHYL-COENZYME M REDUCTASE II ALPHA SUBUNIT (MCR II ALPHA)
 214           Length = 553
 215
 216  Score =  9.8 bits (31), Expect = 1.1
 217  Identities = 14/28 (50%), Positives = 17/28 (60%), Gaps = 3/28 (10%)
 218
 219 Query:  99  IFTDDLPVADYLDDEF---INSIPPEEQ 123
 220 pattern 120                         ****
 221             IFT D  +AD +D  F   IN + PEEQ
 222 Sbjct:  168 IFTGDDELADEIDKRFLIDINKLFPEEQ 195
 223
 224
 225 >sp|P53203|YG14_YEAST HYPOTHETICAL 52.9 KD PROTEIN IN ERP6-TFG2 INTERGENIC REGION
 226           Length = 462
 227
 228  Score =  8.5 bits (27), Expect = 3.0
 229  Identities = 13/39 (33%), Positives = 21/39 (53%), Gaps = 9/39 (23%)
 230
 231 Query:  112 DEFINSIP-------PEEQT--AFDWRTRGAVTPVKNQG 141
 232 pattern 120                ****
 233             DEF+N+ P       PEEQ+  A++W  +  +  + N G
 234 Sbjct:  308 DEFLNTSPSPEVFTLPEEQSGMAWEWHDKDWMLDLTNDG 346
 235
 236
 237 >sp|P55002|MGP1_MOUSE MICROFIBRIL-ASSOCIATED GLYCOPROTEIN PRECURSOR (MAGP) (MAGP-1)
 238           Length = 183
 239
 240  Score =  7.4 bits (24), Expect = 6.0
 241  Identities = 11/37 (29%), Positives = 18/37 (47%)
 242
 243 Query:  100 FTDDLPVADYLDDEFINSIPPEEQTAFDWRTRGAVTP 136
 244 pattern 120                     ****
 245             + D +  ADY D + ++   PEEQ     + +  V P
 246 Sbjct:  37  YGDQIDNADYYDYQEVSPRTPEEQFQSQQQVQQEVIP 73
 247
 248
 249 >sp|Q06234|ASH1_XENLA ACHAETE-SCUTE HOMOLOG 1
 250           Length = 199
 251
 252  Score =  7.1 bits (23), Expect = 7.6
 253  Identities = 11/27 (40%), Positives = 15/27 (54%), Gaps = 1/27 (3%)
 254
 255 Query:  105 PVADYLDDE-FINSIPPEEQTAFDWRT 130
 256 pattern 120                 ****
 257             PV+ Y  DE   + + PEEQ   D+ T
 258 Sbjct:  171 PVSSYSSDEGSYDPLSPEEQELLDFTT 197
 259
 260
 261 >sp|P20918|PLMN_MOUSE PLASMINOGEN PRECURSOR [CONTAINS: ANGIOSTATIN]
 262           Length = 812
 263
 264  Score =  7.1 bits (23), Expect = 7.6
 265  Identities = 8/13 (61%), Positives = 11/13 (84%)
 266
 267 Query:  112 DEFINSIPPEEQT 124
 268 pattern 120         ****
 269             D+  +S+PPEEQT
 270 Sbjct:  359 DQSDSSVPPEEQT 371
 271
 272
 273
 274 Significant alignments for pattern occurrence 3 at position 237
 275
 276 >sp|P49362|GCSB_FLAPR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING] B, MITOCHONDRIAL PRECURSOR
 277             (GLYCINE DECARBOXYLASE B) (GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM
 278             P-PROTEIN B)
 279           Length = 1034
 280
 281  Score =  9.5 bits (30), Expect = 1.4
 282  Identities = 21/79 (26%), Positives = 39/79 (48%), Gaps = 13/79 (16%)
 283
 284 Query:  231 NSANIGPEEQAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPN 290
 285 pattern 237       ****
 286             NSA   PEEQ K++ F   P  +++    I +T P +I  D++++  +  G+ +     +
 287 Sbjct:  80  NSAT--PEEQTKMAEFVGFPNLDSL----IDATVPKSIRLDSMKYSKFDEGLTESQMIAH 133
 288
 289 Query:  291 SLDHGILIVGYSAKNTIFR 309
 290               D        ++KN IF+
 291 Sbjct:  134 MQD-------LASKNKIFK 145
 292
 293
 294 >sp|P49361|GCSA_FLAPR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING] A, MITOCHONDRIAL PRECURSOR
 295             (GLYCINE DECARBOXYLASE A) (GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM
 296             P-PROTEIN A)
 297           Length = 1037
 298
 299  Score =  9.5 bits (30), Expect = 1.4
 300  Identities = 21/79 (26%), Positives = 39/79 (48%), Gaps = 13/79 (16%)
 301
 302 Query:  231 NSANIGPEEQAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPN 290
 303 pattern 237       ****
 304             NSA   PEEQ K++ F   P  +++    I +T P +I  D++++  +  G+ +     +
 305 Sbjct:  83  NSAT--PEEQTKMAEFVGFPNLDSL----IDATVPKSIRLDSMKYSKFDEGLTESQMIAH 136
 306
 307 Query:  291 SLDHGILIVGYSAKNTIFR 309
 308               D        ++KN IF+
 309 Sbjct:  137 MQD-------LASKNKIFK 148
 310
 311
 312 >sp|O49852|GCSP_FLATR GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING], MITOCHONDRIAL PRECURSOR
 313             (GLYCINE DECARBOXYLASE) (GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM
 314             P-PROTEIN)
 315           Length = 1034
 316
 317  Score =  7.8 bits (25), Expect = 4.8
 318  Identities = 21/79 (26%), Positives = 38/79 (47%), Gaps = 13/79 (16%)
 319
 320 Query:  231 NSANIGPEEQAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPN 290
 321 pattern 237       ****
 322             NSA   PEEQ K++ F      +++    I +T P AI  D++++  +  G+ +     +
 323 Sbjct:  80  NSAT--PEEQTKMAEFVGFSNLDSL----IDATVPKAIRLDSMKYSKFDEGLTESQMIAH 133
 324
 325 Query:  291 SLDHGILIVGYSAKNTIFR 309
 326               D        ++KN IF+
 327 Sbjct:  134 MQD-------LASKNKIFK 145
 328
 329
 330 >sp|P32767|PDR6_YEAST PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE REGULATORY PROTEIN 6
 331           Length = 1081
 332
 333  Score =  7.4 bits (24), Expect = 6.0
 334  Identities = 25/93 (26%), Positives = 37/93 (38%), Gaps = 17/93 (18%)
 335
 336 Query:  159 HFISQNKLVSLSEQNLVDCDHECMEYEGEEACDEGCNGGLQPNAYNYI-IKNGGIQTESS 217
 337             +F S+N+   +S   L     E M  +      E C   L P   ++I   N  I  +S+
 338 Sbjct:  642 NFTSKNEQEKISNDKL-----EVMVIKTVSTLCETCREELTPYLMHFISFLNTVIMPDSN 696
 339
 340 Query:  218 YPYTAETG--------TQCNFNSANIGPEEQAK 242
 341 pattern 237                            ****
 342               +   T          QC  ++   GPEEQAK
 343 Sbjct:  697 VSHFTRTKLVRSIGYVVQCQVSN---GPEEQAK 726
 344
 345
 346 >sp|O49850|GCSP_FLAAN GLYCINE DEHYDROGENASE [DECARBOXYLATING], MITOCHONDRIAL PRECURSOR
 347             (GLYCINE DECARBOXYLASE) (GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM
 348             P-PROTEIN)
 349           Length = 1034
 350
 351  Score =  6.8 bits (22), Expect = 9.6
 352  Identities = 20/79 (25%), Positives = 38/79 (47%), Gaps = 13/79 (16%)
 353
 354 Query:  231 NSANIGPEEQAKISNFTMIPKNETVMAGYIVSTGPLAIAADAVEWQFYIGGVFDIPCNPN 290
 355 pattern 237       ****
 356             NSA   PEEQ K++ F      +++    I +T P +I  D++++  +  G+ +     +
 357 Sbjct:  80  NSAT--PEEQTKMAEFVGFSNLDSL----IDATVPKSIRLDSMKYSKFDEGLTESQMIAH 133
 358
 359 Query:  291 SLDHGILIVGYSAKNTIFR 309
 360               D        ++KN IF+
 361 Sbjct:  134 MQD-------LASKNKIFK 145
 362
 363
 364   Database: /home/peter/blast/data/swissprot
 365     Posted date:  Oct 10, 2000 10:43 AM
 366   Number of letters in database: 31,984,247
 367   Number of sequences in database:  88,780
 368
 369 Lambda     K      H      C
 370    0.270   0.0470    0.230    0.500
 371
 372
 373 Matrix: BLOSUM62
 374 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 375 Number of Hits to DB: 1047
 376 Number of Sequences: 88780
 377 Number of extensions: 1047
 378 Number of successful extensions: 36
 379 Number of sequences better than 10.0: 36
 380 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 0
 381 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
 382 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
 383 Number of HSP's gapped (non-prelim): 0
 384 length of query: 351
 385 length of database: 31,984,247
 386 effective HSP length: 50
 387 effective length of query: 301
 388 effective length of database: 27,545,247
 389 effective search space: 8291119347
 390 effective search space used: 8291119347
 391 T: 11
 392 A: 40
 393 X1: 16 ( 7.3 bits)
 394 X2: 38 (14.8 bits)
 395 X3: 64 (24.9 bits)
 396 S1: 41 (21.6 bits)
 397 S2: 65 (29.7 bits)