t/data/hmmscan_sec_struct.out

   1 # hmmscan :: search sequence(s) against a profile database
   2 # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/
   3 # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Institute.
   4 # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
   5 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   6 # query sequence file:             BA000019.orf8.fasta
   7 # target HMM database:             Pfam-A.hmm
   8 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
   9
  10 Query:       BA000019.orf8  [L=348]
  11 Scores for complete sequence (score includes all domains):
  12    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
  13     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Model      Description
  14     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------   -----------
  15     6.7e-11   41.3   0.0    1.5e-09   37.0   0.0    2.5  2  HTH_AraC   Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, Ara
  16     3.8e-12   38.2  11.9    5.9e-08   25.0   2.5    2.9  2  PKSI-KS_m3
  17       0.023   13.9   0.0       0.54    9.5   0.0    2.3  2  DUF746     Domain of Unknown Function (DUF746)
  18
  19 Domain annotation for each model (and alignments):
  20 >> HTH_AraC  Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family
  21    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  22  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
  23    1 ?    1.5   0.0     0.038   2.3e+02      10      36 ..     251     277 ..     242     278 .. 0.80
  24    2 !   37.0   0.0   2.6e-13   1.5e-09       8      41 ..     298     332 ..     295     333 .. 0.94
  25
  26   Alignments for each domain:
  27   == domain 1    score: 1.5 bits;  conditional E-value: 0.038
  28                     -HHHHHHHHTS-HHHHHHHHHHH---- CS
  29        HTH_AraC  10 siadiAeevgfSpsyfsrlFkkytGvt 36
  30                     s+ +++++vg++  +++r F+ ++  t
  31   BA000019.orf8 251 SLMELSRQVGLNDCTLKRGFRLVFDTT 277
  32                     66689999999999*******999877 PP
  33
  34   == domain 2    score: 37.0 bits;  conditional E-value: 2.6e-13
  35                     .--HHHHHHHHTS.-HHHHHHHHHHH----HHHHH CS
  36        HTH_AraC   8 nwsiadiAeevgf.SpsyfsrlFkkytGvtPsqyr 41
  37                     +++i++ A++vgf S+syf+++F+k++G++P++++
  38   BA000019.orf8 298 EINISQAARRVGFsSRSYFATAFRKKFGINPKEFL 332
  39                     5789*****************************97 PP
  40
  41 >> PKSI-KS_m3
  42    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  43  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
  44    1 !   25.0   2.5   3.6e-09   5.9e-08       1      16 []     538     553 ..     538     553 .. 0.99
  45    2 !   17.4   0.9     9e-07   1.5e-05       1      15 [.    1672    1686 ..    1672    1687 .. 0.96
  46
  47   Alignments for each domain:
  48   == domain 1    score: 25.0 bits;  conditional E-value: 3.6e-09
  49       PKSI-KS_m3   1 GPSvtVDTACSSSLvA 16
  50                      GPSvtVDT CSSSLvA
  51   AM746336.orf22 538 GPSVTVDTLCSSSLVA 553
  52                      9**************9 PP
  53
  54   == domain 2    score: 17.4 bits;  conditional E-value: 9e-07
  55       PKSI-KS_m3    1 GPSvtVDTACSSSLv 15
  56                       GP +++D ACSS Lv
  57   AM746336.orf22 1672 GPNLVIDSACSSALV 1686
  58                       9*************9 PP
  59
  60 >> DUF746  Domain of Unknown Function (DUF746)
  61    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  62  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
  63    1 ?    9.5   0.0   9.1e-05      0.54       4      32 ..     240     268 ..     237     275 .. 0.85
  64    2 ?    1.8   0.0     0.022   1.3e+02      13      28 ..     298     313 ..     293     319 .. 0.87
  65
  66   Alignments for each domain:
  67   == domain 1    score: 9.5 bits;  conditional E-value: 9.1e-05
  68          DUF746   4 rllIrlLsqplslaeaadqlgtdegiiak 32
  69                     + lIr L  p sl+e+++q+g+   + ++
  70   BA000019.orf8 240 EILIRNLENPPSLMELSRQVGLNDCTLKR 268
  71                     579******************98766655 PP
  72
  73   == domain 2    score: 1.8 bits;  conditional E-value: 0.022
  74          DUF746  13 plslaeaadqlgtdeg 28
  75                     ++ + +aa+++g +++
  76   BA000019.orf8 298 EINISQAARRVGFSSR 313
  77                     6899********9876 PP
  78
  79
  80
  81 Internal pipeline statistics summary:
  82 -------------------------------------
  83 Query sequence(s):                         1  (348 residues)
  84 Target model(s):                       11912  (2158902 nodes)
  85 Passed MSV filter:                       248  (0.0208193); expected 238.2 (0.02)
  86 Passed bias filter:                      220  (0.0184688); expected 238.2 (0.02)
  87 Passed Vit filter:                        19  (0.00159503); expected 11.9 (0.001)
  88 Passed Fwd filter:                         2  (0.000167898); expected 0.1 (1e-05)
  89 Initial search space (Z):              11912  [actual number of targets]
  90 Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]
  91 # CPU time: 0.24u 0.15s 00:00:00.39 Elapsed: 00:00:00.27
  92 # Mc/sec: 2782.58
  93 //
  94 Query:       lcl|aorf_00010|P1  [L=132]
  95 Description: IS481.original transposase
  96 Scores for complete sequence (score includes all domains):
  97    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
  98     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Model               Description
  99     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------            -----------
 100     3.4e-40  130.0   0.4    3.8e-40  129.9   0.3    1.0  1  IS481.original.hmm
 101
 102
 103 Domain annotation for each model (and alignments):
 104 >> IS481.original.hmm
 105    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
 106  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
 107    1 !  129.9   0.3   6.6e-42   3.8e-40     127     281 ..       7     130 ..       2     132 .] 0.97
 108
 109   Alignments for each domain:
 110   == domain 1    score: 129.9 bits;  conditional E-value: 6.6e-42
 111   IS481.original.hmm 127 kRYErdhPgeLvhmDvkklgripdgGgvkighRwrgrtrgrgkrtnqsrnrglgkayvitaiDDhSRfayaeilsd 202
 112                          +++E++hP +L+++D++++g+i + G+                            +y++t++D++S+   ++++++
 113    lcl|aorf_00010|P1   7 GEIETAHPSYLGSQDTFYVGNITGAGR----------------------------IYQQTFVDTYSKWDSTKLYTT 54
 114                          579*******************88888............................********************* PP
 115
 116   IS481.original.hmm 203 ettttaadfllraaayfygkigeeiitrvlTDnGaayrskkrsakhdFqealaelGIkhilTrprsPqTNGKiERF 278
 117                          +t++taad l++ ++ f+   ++++i r lTD+ ++y+sk   ++ d+  +la ++I+h++T++++PqTN ++ RF
 118    lcl|aorf_00010|P1  55 KTPITAADLLNDRVLSFFA-EQGMGIIRLLTDRSTEYCSKA--ETQDYELCLALNDIEHTKTKVYHPQTNDICRRF 127
 119                          *******************.********************8..********************************* PP
 120
 121   IS481.original.hmm 279 hrT 281
 122                          h+
 123    lcl|aorf_00010|P1 128 HKA 130
 124                          *95 PP
 125
 126
 127
 128 Internal pipeline statistics summary:
 129 -------------------------------------
 130 Query sequence(s):                         1  (132 residues)
 131 Target model(s):                         116  (57162 nodes)
 132 Passed MSV filter:                         4  (0.0344828); expected 2.3 (0.02)
 133 Passed bias filter:                        4  (0.0344828); expected 2.3 (0.02)
 134 Passed Vit filter:                         3  (0.0258621); expected 0.1 (0.001)
 135 Passed Fwd filter:                         1  (0.0172414); expected 0.0 (1e-05)
 136 Initial search space (Z):                116  [actual number of targets]
 137 Domain search space  (domZ):               1  [number of targets reported over threshold]
 138 # CPU time: 0.06u 0.00s 00:00:00.06 Elapsed: 00:00:00.06
 139 # Mc/sec: 117.90
 140 //