t/data/genemark.out

   1 GeneMark.hmm (Version 2.2a)
   2 Sequence name: Hvrn.contig8
   3 Sequence length: 50124 bp
   4 G+C content: 44.82%
   5 Matrices file: /home/software/analysis/gene-prediction/genemark/matdir/osativa.mtx (Oryza sativa)
   6 Thu Mar 22 10:25:00 2001
   7
   8 Predicted genes/exons
   9
  10 Gene Exon Strand Exon           Exon Range     Exon      Start/End
  11   #    #         Type                         Length       Frame
  12   1     1   -  Initial       1805      2176     372          3 1
  13
  14   2     5   -  Terminal      3108      3229     122          3 2
  15   2     4   -  Internal      3869      4501     633          1 2
  16   2     3   -  Internal      4820      4888      69          1 2
  17   2     2   -  Internal      4981      5061      81          1 2
  18   2     1   -  Initial       5296      5656     361          1 1
  19
  20   3     2   -  Terminal      7171      7288     118          3 3
  21   3     1   -  Initial       7540      7787     248          2 1
  22
  23   4     1   +  Single       15431     15757     327          1 3
  24
  25   5     1   +  Initial      17526     17696     171          1 3
  26   5     2   +  Internal     17772     17887     116          1 2
  27   5     3   +  Internal     18005     18074      70          3 3
  28   5     4   +  Internal     18456     18539      84          1 3
  29   5     5   +  Internal     18628     18714      87          1 3
  30   5     6   +  Internal     18807     18870      64          1 1
  31   5     7   +  Internal     19944     20038      95          2 3
  32   5     8   +  Internal     20139     20293     155          1 2
  33   5     9   +  Terminal     20779     20788      10          3 3
  34
  35   6     5   -  Terminal     23000     23061      62          3 2
  36   6     4   -  Internal     23397     24101     705          1 2
  37   6     3   -  Internal     24708     24821     114          1 2
  38   6     2   -  Internal     25079     25356     278          1 3
  39   6     1   -  Initial      26970     26977       8          2 1
  40
  41   7     3   -  Terminal     34218     34310      93          3 1
  42   7     2   -  Internal     35900     36301     402          3 1
  43   7     1   -  Initial      36392     36448      57          3 1
  44
  45   8     1   +  Initial      36531     37064     534          1 3
  46   8     2   +  Terminal     37153     37161       9          1 3
  47
  48   9     3   -  Terminal     37880     37917      38          3 2
  49   9     2   -  Internal     38938     39006      69          1 2
  50   9     1   -  Initial      39080     40214    1135          1 1
  51
  52  10     2   -  Terminal     41091     41554     464          3 2
  53  10     1   -  Initial      41635     41713      79          1 1
  54  11     1   -  Single       41744     42061     318          3 1
  55
  56  12     1   +  Initial      42171     42212      42          1 3
  57  12     2   +  Terminal     42432     42824     393          1 3
  58
  59  13     7   -  Terminal     43798     43932     135          3 1
  60  13     6   -  Internal     44220     44297      78          3 1
  61  13     5   -  Internal     47595     47685      91          3 3
  62  13     4   -  Internal     48393     48526     134          2 1
  63  13     3   -  Internal     48643     49024     382          3 3
  64  13     2   -  Internal     49118     49149      32          2 1
  65  13     1   -  Initial      49457     49507      51          3 1
  66
  67 Predicted gene sequence(s):
  68
  69 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 1|124_aa
  70 MEVAVKGYADASFDTDPDDSKSQTGYVFILNGGAVSWCSSKQSVVADSRCEAEYMAALEA
  71 AKEGVWMKQFMTDLGVVSSALDPLTLLCDNTRAIALAKEPRFHNKTRHIKRRFNLIRDYV
  72 EGED
  73
  74 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 2|421_aa
  75 MAHAKVTLNFNTFLEKAKLKDDGSNFVDWARNLKLLLQAGKKDYVLNVALGDEPPAAADQ
  76 DAKNAWLACKEDYSVVQCAVLYGLEPGLQRCFERHGAYEMFQELKFIFQKNARIERYETS
  77 ESELRKEHQVLMVNKATSFKRSGKGKKGYGSLEAQLSKYLAGKKAAKEKSENNGCSISMS
  78 NIFYGHAPNVRGLFILNLDSDNTHIHNIETKRVRVNNDSAMFLWHCRLGHIGVKRMKKLH
  79 TDGLLESLDFDSLDTCEPCLMGKMTKTPFSGTMERASDLLEIIHTDVCGPMSAEARGGYR
  80 YFLTFIDDLSRYGYVYLMKHKSETFEKFKQFQSEVENHRNKKIKFLRSDHGGEYLSFEFG
  81 AHLRQCGIVSQLTPLGTPQRNEAMVGPDSNKWLEAMKSEIGSMYGNKVWTLEVLPEGRKA
  82 I
  83
  84 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 3|121_aa
  85 MVRRQRLIYRMTSFDYRKVFGHYRECTESDEWVPNVHREGPTHPGKPIGPRGGAPALGGL
  86 VGQPKRALCAKDRKSKRKKKRKRSRYFTTTGAPSRCRRTHLLIRLACWIKKAEIIIELYV
  87 C
  88
  89 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 4|108_aa
  90 MFTTPKAGGGMYLCLSVGWGIVGRRRVMSGCGQGSEMGLVGLRTRRHWAKTGRGGAAGGA
  91 ASIGDGPRRAADKATLGEDGPGRGVGRGGVGRRRVASGGGDREEDEWS
  92
  93 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 5|283_aa
  94 MDAAVQEAKLLRQVNALIVAHLRDQNLTQAAAAVAAATMTPKADASLPNHLLRLVAKGLA
  95 AEREEAARGGGAPPAFDSAGGGGLARPLGTSAVDFSVQNVRGPSKTFPKHETRHISDHKN
  96 VARCAKFSPDGKHFATGSGDTSIKFFEVSKIKQTMLGDSKEGPGRPVVRTFYDHVQLLTQ
  97 LLVHSTDKVSSFVTNIPGTDHPVAHLYDVNTFTCFLSANPQDSSAAINQVRYSGTGSMYV
  98 TASKDGSLRIWDGVSAECVRPIIGAHGSVEATSAIFTKDESGF
  99
 100 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 6|388_aa
 101 MGSVVFLEGSEGNLQALKDTLQAYQVASAQKVNLQKSSILDGKGCRDEDKGTLKQTIGID
 102 SEALSERYSGLPTVVGRLKDGSFEYVRERSKGKVSGSVGKASVALQFPSSLCARVLKARY
 103 FKECTIMNTTCPNAMFWKVLSSEKWVPVAIPPVSEGPHGELASWLLRWFAEVGDPERELM
 104 VHAVYGLWLARNEARDGKRIVDPRVVEENVYQHIIEWNAIHMKKPRSTTPTLAVRWSPPE
 105 QGWLKANSDGALAKLRDRGGGGVVLRDHDGAYRGGACYVFRDVSDPEVVEILACRKAVHL
 106 AVQTGATRVHVEVDSKGMAAMLNDQAKNLSAAGPIVEEIKLLGRTLQGFIVSRVRRSGNH
 107 GAHLLAREVRSVYTHVILKQPLFDTCRL
 108
 109 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 7|183_aa
 110 MVLTEKEAKGFVFSGPVEEAWGLHHDAQFRDLGNNLFLVHFGGEGDWKHSRNNGPWQFDF
 111 MILKGYDGKTRPSEMVFDSVEAWVRVEDLPLDRRTREFGEALGNWLGEVVKVDVERDGFA
 112 KGKYLRVRAKIFVYEPVVRYFNLKESVDDEVETAEGQAGPLEAEAEARRGASVSAHSFGR
 113 WGK
 114
 115 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 8|180_aa
 116 MASTVSPWSETPQDILGLVIDRLHSSPDHEEPRLSAAWSRFLLAVPVAAANRRGFQRARR
 117 TRHSAAADRARFRAVCRSWHLAMRQHVSTPRVLPWIILSDGYFFTPSDNGCRAPRRLPSL
 118 PKNARCIGSTDGWLALDCTDARNVHTYLLHNPFSDTTVPLPELDPIIANVSEFFAVRKAA
 119
 120
 121 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 9|413_aa
 122 MPLKFWDETFSTAVYLINRVPSRVIHNQTPLERLFGLTPNYTFLRIFGCAVWPNLRPFNK
 123 HKLEYRSKQCVFIGYNYLHKGYKCLDVSTGRVYVSQDVIFDEHIFPFASLHPNAGAQLRA
 124 ELVLLPPTLLNLSSPLTPSAAPNDPMAISTIYAPTSANSVQDSAGISHDFMQPNVSTDLV
 125 ATENPGLHASESATAAPGAGDPPLQASGSAAAAPGSSPGFVHQPAASVGRSPASTSDPAR
 126 QPDASAARPPVSDPVRPTTVATALFPASDLVRSPQEIRLQRRAPPTAPWIGRGLPRVVGP
 127 PCLLPWTREISLDVVTRYRLLRLRPMQRRRCPMQRPPRLLFLLVCHLIRYLLTLRCPVVS
 128 STICNPCNQHLHPLGLILGEPENLKEAIADPKWKAAMDEEFDWAGCPDDRRST
 129
 130 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 10|180_aa
 131 MAAAGKPLDDDELVSYILQGLDSDYNPEARIDAQNGSNTNSFSINLASKGGSRNNNDTRP
 132 SGPGGGNPAAYRGAGGGFFPNTLVAPPPSGGRDETCQICKRQGHATWHCFKRYDKNFNPP
 133 PKRQGGGGGNNSGGGGNSSGGNTKSANTVPAAYDVDTNWYLDTGAMDHVTGELEKLAMHD
 134
 135
 136 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 11|105_aa
 137 MGYLDGTMAEPPAVLTTETDVAGKKEISSTPNPAHVLWYTQDQQVLTFLLASLSRDVLLQ
 138 VHSLASATGVWTAIQQMFASHSRARHIQLRGQLGNTKKGDSPVAI
 139
 140 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 12|144_aa
 141 MVELEEEDDMSMEEVALMTNNSNYLIILIRPGKGVWLPKPDTAPFNLFIDIVFLQGKLYG
 142 ITQAEDLASVSIDFDDCGMPTVTTVERLIKHPPLESCEFDVWSDAGEKLEADGDMGDEDQ
 143 VENGGEDHDEALNEVDARIQKENR
 144
 145 >Hvrn.contig8|GeneMark.hmm|gene 13|300_aa
 146 MSTATSLWDKAALMMREELAVAAVVAGCLDMTKLYVVGAGMFSCVTVALYPVSVIKTRMQ
 147 VASGEAMRRNALATFKNILKVDGVPGLYRGFGTVITGAIPARIIFLTALEKTKATSLKLV
 148 EPLQLSESMEAALANGLGGLTASLCSQAVFVPIDVVSQKLMVQGYSGHVRYKGGIDVVQK
 149 IMKADGPRGLYRGFGLSVMTALGRLDDKEDTPSQLKIVGVQATGGMVAGATSLEDNPLSD
 150 NVPQFAETSSAGSPLEKERVRQRASATISVTRDCQCSRRPTIGGVRQLGRSLPMRRDGAT
 151