t/data/ecolitst.wublastp

   1 BLASTP 2.0MP-WashU [12-Feb-2001] [linux-i686 01:36:08 31-Jan-2001]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2000 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2000) http://blast.wustl.edu
   7
   8 Query=  gi|1786183|gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine
   9     dehydrogenase I [Escherichia coli]
  10         (820 letters)
  11
  12 Database:  ecoli.aa
  13            4289 sequences; 1,358,990 total letters.
  14 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  15
  16                                                                      Smallest
  17                                                                        Sum
  18                                                               High  Probability
  19 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N
  20
  21 gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine deh...  4141  0.0       1
  22 gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine...   844  3.1e-86   1
  23 gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensi...   483  2.8e-47   1
  24 gb|AAC73282.1| (AE000126) uridylate kinase [Escherichia c...    97  0.0010    1
  25
  26
  27
  28 >gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine dehydrogenase I
  29             [Escherichia coli]
  30         Length = 820
  31
  32  Score = 4141 (1462.8 bits), Expect = 0.0, P = 0.0
  33  Identities = 820/820 (100%), Positives = 820/820 (100%)
  34
  35 Query:     1 MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 60
  36              MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA
  37 Sbjct:     1 MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 60
  38
  39 Query:    61 LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 120
  40              LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA
  41 Sbjct:    61 LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 120
  42
  43 Query:   121 ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP 180
  44              ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP
  45 Sbjct:   121 ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP 180
  46
  47 Query:   181 ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
  48              ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV
  49 Sbjct:   181 ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
  50
  51 Query:   241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
  52              PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD
  53 Sbjct:   241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
  54
  55 Query:   301 EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF 360
  56              EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF
  57 Sbjct:   301 EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF 360
  58
  59 Query:   361 CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL 420
  60              CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL
  61 Sbjct:   361 CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL 420
  62
  63 Query:   421 ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQVIEVFVIGVGGVGGAL 480
  64              ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQVIEVFVIGVGGVGGAL
  65 Sbjct:   421 ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQVIEVFVIGVGGVGGAL 480
  66
  67 Query:   481 LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL 540
  68              LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL
  69 Sbjct:   481 LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL 540
  70
  71 Query:   541 VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR 600
  72              VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR
  73 Sbjct:   541 VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR 600
  74
  75 Query:   601 RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA 660
  76              RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA
  77 Sbjct:   601 RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA 660
  78
  79 Query:   661 REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA 720
  80              REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA
  81 Sbjct:   661 REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA 720
  82
  83 Query:   721 NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF 780
  84              NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF
  85 Sbjct:   721 NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF 780
  86
  87 Query:   781 YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV 820
  88              YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV
  89 Sbjct:   781 YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV 820
  90
  91
  92 >gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II
  93             [Escherichia coli]
  94         Length = 810
  95
  96  Score = 844 (302.2 bits), Expect = 3.1e-86, P = 3.1e-86
  97  Identities = 222/705 (31%), Positives = 356/705 (50%)
  98
  99 Query:   116 DSINAALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIA 175
 100              D++ A ++  GE  S  +M+ VL  +G     +D  E L A     +  VD   S   +
 101 Sbjct:   119 DAVYAEVVGHGEVWSARLMSAVLNQQGLPAAWLDAREFLRAE-RAAQPQVDEGLSYPLLQ 177
 102
 103 Query:   176 ASRI--PADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVY 233
 104                 +  P   +V+  GF + N  GE V+LGRNGSDYSA  + A        IW+DV GVY
 105 Sbjct:   178 QLLVQHPGKRLVV-TGFISRNNAGETVLLGRNGSDYSATQIGALAGVSRVTIWSDVAGVY 236
 106
 107 Query:   234 TCDPRQVPDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGT 293
 108              + DPR+V DA LL  +   EA EL+   A VLH RT+ P++  +I   ++ +  P    T
 109 Sbjct:   237 SADPRKVKDACLLPLLRLDEASELARLAAPVLHARTLQPVSGSEIDLQLRCSYTPDQGST 296
 110
 111 Query:   294 LIGASRDEDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSS 353
 112               I           + +++ +++ +     P  +        +   + RA++  + +   +
 113 Sbjct:   297 RIERVLASGT-GARIVTSHDDVCLIEFQVPASQDFKLAHKEIDQILKRAQVRPLAVGVHN 355
 114
 115 Query:   354 SEYSISFCVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGIS 413
 116                  + FC        A + + E        GL   L + + LA++++VG G+ T   +
 117 Sbjct:   356 DRQLLQFCYTSEVADSALKILDEA-------GLPGELRLRQGLALVAMVGAGV-TRNPLH 407
 118
 119 Query:   414 A-KFFAALARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQVIEVFVIG 472
 120                +F+  L    +      Q     S+  V+      + ++  HQ +F  ++ I + + G
 121 Sbjct:   408 CHRFWQQLKGQPVEFTW--QSDDGISLVAVLRTGPTESLIQGLHQSVFRAEKRIGLVLFG 465
 122
 123 Query:   473 VGGVGGALLEQLKRQQSWLKNKH-IDLRVCGVANSKALLTNVHGLN----LENWQEELAQ 527
 124               G +G   LE   R+QS L  +   +  + GV +S+  L +  GL+    L  + +E  +
 125 Sbjct:   466 KGNIGSRWLELFAREQSTLSARTGFEFVLAGVVDSRRSLLSYDGLDASRALAFFNDEAVE 525
 126
 127 Query:   528 AKEPFNLGRLIRLVKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMD 587
 128                E      L   ++ +   + V++D T+SQ +ADQY DF   GFHV++ NK A  S  +
 129 Sbjct:   526 QDEE----SLFLWMRAHPYDDLVVLDVTASQQLADQYLDFASHGFHVISANKLAGASDSN 581
 130
 131 Query:   588 YYHQLRYAAEKSRRKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKL 647
 132               Y Q+  A EK+ R +LY+  VGAGLP+   +++L+++GD ++  SGI SG+LS++F +
 133 Sbjct:   582 KYRQIHDAFEKTGRHWLYNATVGAGLPINHTVRDLIDSGDTILSISGIFSGTLSWLFLQF 641
 134
 135 Query:   648 DEGMSFSEATTLAREMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPA 707
 136              D  + F+E    A + G TEPDPRDDLSG DV RKL+ILARE G  +E   + +E ++PA
 137 Sbjct:   642 DGSVPFTELVDQAWQQGLTEPDPRDDLSGKDVMRKLVILAREAGYNIEPDQVRVESLVPA 701
 138
 139 Query:   708 EFNAEGDVAAFMANLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDP 767
 140                   G +  F  N  +L++    R+  AR+ G VLRYV   D +G  RV +  V  + P
 141 Sbjct:   702 HCEG-GSIDHFFENGDELNEQMVQRLEAAREMGLVLRYVARFDANGKARVGVEAVREDHP 760
 142
 143 Query:   768 LFKVKNGENALAFYSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLR 812
 144              L  +   +N  A  S +Y+  PLV+RG GAG DVTA  + +D+ R
 145 Sbjct:   761 LASLLPCDNVFAIESRWYRDNPLVIRGPGAGRDVTAGAIQSDINR 805
 146
 147  Score = 321 (118.1 bits), Expect = 3.6e-27, P = 3.6e-27
 148  Identities = 108/406 (26%), Positives = 191/406 (47%)
 149
 150 Query:     5 KFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNI 64
 151              KFGG+S+A+ + +LRVA I+   ++   +  V+SA    TN L+  ++ + + + +   +
 152 Sbjct:    16 KFGGSSLADVKCYLRVAGIMAEYSQPDDMM-VVSAAGSTTNQLINWLKLSQTDRLSAHQV 74
 153
 154 Query:    65 SDAERIF-AELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLH-GISLLGQCPDSINAAL 122
 155                  R +  +L++GL  A+    L  +  FV  +  ++  +L  GI+      D++ A +
 156 Sbjct:    75 QQTLRRYQCDLISGLLPAEEADSL--ISAFVS-DLERLAALLDSGIN------DAVYAEV 125
 157
 158 Query:   123 ICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRI--P 180
 159              +  GE  S  +M+ VL  +G     +D  E L A     +  VD   S   +    +  P
 160 Sbjct:   126 VGHGEVWSARLMSAVLNQQGLPAAWLDAREFLRAE-RAAQPQVDEGLSYPLLQQLLVQHP 184
 161
 162 Query:   181 ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
 163                 +V+  GF + N  GE V+LGRNGSDYSA  + A        IW+DV GVY+ DPR+V
 164 Sbjct:   185 GKRLVV-TGFISRNNAGETVLLGRNGSDYSATQIGALAGVSRVTIWSDVAGVYSADPRKV 243
 165
 166 Query:   241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
 167               DA LL  +   EA EL+   A VLH RT+ P++  +I   ++ +  P    T I
 168 Sbjct:   244 KDACLLPLLRLDEASELARLAAPVLHARTLQPVSGSEIDLQLRCSYTPDQGSTRIERVLA 303
 169
 170 Query:   301 EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF 360
 171                    + +++ +++ +     P  +        +   + RA++  + +   +    + F
 172 Sbjct:   304 SGT-GARIVTSHDDVCLIEFQVPASQDFKLAHKEIDQILKRAQVRPLAVGVHNDRQLLQF 362
 173
 174 Query:   361 CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGM 406
 175              C        A + + E        GL   L + + LA++++VG G+
 176 Sbjct:   363 CYTSEVADSALKILDEA-------GLPGELRLRQGLALVAMVGAGV 401
 177
 178
 179 >gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensitive [Escherichia
 180             coli]
 181         Length = 449
 182
 183  Score = 483 (175.1 bits), Expect = 2.8e-47, P = 2.8e-47
 184  Identities = 149/467 (31%), Positives = 233/467 (49%)
 185
 186 Query:     3 VLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQ---- 58
 187              V KFGGTSVA+ +   R ADI+ S+A    V  VLSA A ITN LVA+ E    G+
 188 Sbjct:     6 VSKFGGTSVADFDAMNRSADIVLSDANVRLV--VLSASAGITNLLVALAEGLEPGERFEK 63
 189
 190 Query:    59 -DALPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDS 117
 191               DA+ NI      FA +L  L      +P   ++  +++    I  VL   + L   P +
 192 Sbjct:    64 LDAIRNIQ-----FA-ILERLR-----YPNV-IREEIERLLENIT-VLAEAAALATSP-A 109
 193
 194 Query:   118 INAALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVG-HYLESTVDIAESTRRIAA 176
 195              +   L+  GE MS  +   +L  R       D V K++     +  +  DIA      A
 196 Sbjct:   110 LTDELVSHGELMSTLLFVEILRERDVQAQWFD-VRKVMRTNDRFGRAEPDIAALAELAAL 168
 197
 198 Query:   177 SRIPA--DHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYT 234
 199                +P   + +V+  GF     KG    LGR GSDY+AA+LA  L A   +IWTDV G+YT
 200 Sbjct:   169 QLLPRLNEGLVITQGFIGSENKGRTTTLGRGGSDYTAALLAEALHASRVDIWTDVPGIYT 228
 201
 202 Query:   235 CDPRQVPDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTL 294
 203               DPR V  A+ +  +++ EA E++ FGAKVLHP T+ P  +  IP  + ++ +P+A GTL
 204 Sbjct:   229 TDPRVVSAAKRIDEIAFAEAAEMATFGAKVLHPATLLPAVRSDIPVFVGSSKDPRAGGTL 288
 205
 206 Query:   295 IGASRDEDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSS 354
 207              +  ++ E+    + ++   N  + ++    M    G  A VF  ++R  ISV LIT  +S
 208 Sbjct:   289 V-CNKTENPPLFRALALRRNQTLLTLHSLNMLHSRGFLAEVFGILARHNISVDLIT--TS 345
 209
 210 Query:   355 EYSISFCVPQSDCVRA-ERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGIS 413
 211              E S++  +  +      +  + +   +EL    L  + V E LA+++++G+ +    G+
 212 Sbjct:   346 EVSVALTLDTTGSTSTGDTLLTQSLLMELSA--LCRVEVEEGLALVALIGNDLSKACGVG 403
 213
 214 Query:   414 AKFFAALARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLF 460
 215               + F  L   NI +  I  G+S  ++  +V  +DA   V+  H  LF
 216 Sbjct:   404 KEVFGVLEPFNIRM--ICYGASSHNLCFLVPGEDAEQVVQKLHSNLF 448
 217
 218
 219 >gb|AAC73282.1| (AE000126) uridylate kinase [Escherichia coli]
 220         Length = 241
 221
 222  Score = 97 (39.2 bits), Expect = 0.0010, P = 0.0010
 223  Identities = 30/98 (30%), Positives = 45/98 (45%)
 224
 225 Query:   199 LVVLGRN-GSDYSAAVLAACLR-----ADCCEIWTDVDGVYTCDPRQVPDARLLKSMSYQ 252
 226              +V+L    G+ +     AACLR     AD     T VDGV+T DP + P A + + ++Y
 227 Sbjct:   131 VVILSAGTGNPFFTTDSAACLRGIEIEADVVLKATKVDGVFTADPAKDPTATMYEQLTYS 190
 228
 229 Query:   253 EAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQA 290
 230              E +E      KV+     T     ++P  + N   P A
 231 Sbjct:   191 EVLEKEL---KVMDLAAFTLARDHKLPIRVFNMNKPGA 225
 232
 233
 234 Parameters:
 235   E=0.01
 236
 237   ctxfactor=1.00
 238
 239   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
 240   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
 241    +0      0   BLOSUM62        0.319   0.136   0.384    same    same    same
 242                Q=9,R=2         0.244   0.0300  0.180     n/a     n/a     n/a
 243
 244   Query
 245   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E    S W   T  X   E2     S2
 246    +0      0      820       820     0.010  93 3  11 22  0.19    34
 247                                                     37  0.22    37
 248
 249
 250 Statistics:
 251
 252   Database:  /home/jes12/db/ecoli.aa
 253    Title:  ecoli.aa
 254    Posted:  2:52:35 PM EST Nov 18, 2001
 255    Created:  9:46:47 AM EST Nov 18, 2001
 256    Format:  XDF-1
 257    # of letters in database:  1,358,990
 258    # of sequences in database:  4289
 259    # of database sequences satisfying E:  4
 260   No. of states in DFA:  573 (61 KB)
 261   Total size of DFA:  281 KB (1149 KB)
 262   Time to generate neighborhood:  0.00u 0.02s 0.02t  Elapsed: 00:00:00
 263   No. of threads or processors used:  1
 264   Search cpu time:  1.58u 0.00s 1.58t  Elapsed: 00:00:01
 265   Total cpu time:  1.59u 0.02s 1.61t  Elapsed: 00:00:01
 266   Start:  Thu Dec  6 11:09:14 2001   End:  Thu Dec  6 11:09:15 2001