t/data/dnaEbsub_ecoli.wutblastn

   1 TBLASTN 2.0MP-WashU [12-Feb-2001] [linux-i686 01:36:08 31-Jan-2001]
   2
   3 Copyright (C) 1996-2000 Washington University, Saint Louis, Missouri USA.
   4 All Rights Reserved.
   5
   6 Reference:  Gish, W. (1996-2000) http://blast.wustl.edu
   7
   8 Notice:  statistical significance is estimated under the assumption that the
   9 equivalent of one entire reading frame of the database codes for protein and
  10 that significant alignments will involve only coding reading frames.
  11
  12 Query=  gi|142865|gb|AAA22406.1| DNA primase
  13         (603 letters)
  14
  15 Database:  ecoli.nt
  16            400 sequences; 4,662,239 total letters.
  17 Searching....10....20....30....40....50....60....70....80....90....100% done
  18
  19                                                                      Smallest
  20                                                                        Sum
  21                                                      Reading  High  Probability
  22 Sequences producing High-scoring Segment Pairs:        Frame Score  P(N)      N
  23
  24 gi|1789441|gb|AE000388.1|AE000388 Escherichia coli K-1... +2   671  1.4e-73   1
  25
  26
  27
  28 >gi|1789441|gb|AE000388.1|AE000388 Escherichia coli K-12 MG1655 section 278 of
  29             400 of the complete genome
  30         Length = 10,334
  31
  32   Plus Strand HSPs:
  33
  34  Score = 671 (265.8 bits), Expect = 1.4e-73, P = 1.4e-73
  35  Identities = 151/421 (35%), Positives = 223/421 (52%), Frame = +2
  36
  37 Query:     1 MGNRIPDEIVDQVQKSADIVEVIGDYVQLKKQGRNYFGLCPFHGESTPSFSVSPDKQIFH 60
  38              M  RIP   ++ +    DIV++I   V+LKKQG+N+   CPFH E TPSF+V+ +KQ +H
  39 Sbjct:  4778 MAGRIPRVFINDLLARTDIVDLIDARVKLKKQGKNFHACCPFHNEKTPSFTVNGEKQFYH 4957
  40
  41 Query:    61 CFGCGAGGNVFSFLRQMEGYSFAESVSHLADKYQIDFPDDITVHSGARP---ESSGEQKM 117
  42              CFGCGA GN   FL   +   F E+V  LA  + ++ P +    +G+ P   E    Q +
  43 Sbjct:  4958 CFGCGAHGNAIDFLMNYDKLEFVETVEELAAMHNLEVPFE----AGSGPSQIERHQRQTL 5125
  44
  45 Query:   118 AEAHELLKKFYHHLLINTKEGQEALDYLLSRGFTKELINEFQIGYALDSWDFITKFLVKR 177
  46               +  + L  FY   L        A  YL  RG + E+I  F IG+A   WD + K
  47 Sbjct:  5126 YQLMDGLNTFYQQSL-QQPVATSARQYLEKRGLSHEVIARFAIGFAPPGWDNVLKRFGGN 5302
  48
  49 Query:   178 GFSEAQMEKAGLLIRREDGSGYFDRFRNRVMFPIHDHHGAVVAFSGRALGSQQPKYMNSP 237
  50                +   +  AG+L+  + G  Y DRFR RVMFPI D  G V+ F GR LG+  PKY+NSP
  51 Sbjct:  5303 PENRQSLIDAGMLVTNDQGRSY-DRFRERVMFPIRDKRGRVIGFGGRVLGNDTPKYLNSP 5479
  52
  53 Query:   238 ETPLFHKSKLLYNFYKARLHIRKQERAVLFEGFADVYTAVSSDVKESIATMGTSLTDDHV 297
  54              ET +FHK + LY  Y+A+    +  R ++ EG+ DV       +  ++A++GTS T DH+
  55 Sbjct:  5480 ETDIFHKGRQLYGLYEAQQDNAEPNRLLVVEGYMDVVALAQYGINYAVASLGTSTTADHI 5659
  56
  57 Query:   298 KILRRNVEEIILCYDSDKAGYEATLKASELL---QKKGCKVRVAMIPDGLDPDDYIKKFG 354
  58              ++L R    +I CYD D+AG +A  +A E        G ++R   +PDG DPD  ++K G
  59 Sbjct:  5660 QLLFRATNNVICCYDGDRAGRDAAWRALETALPYMTDGRQLRFMFLPDGEDPDTLVRKEG 5839
  60
  61 Query:   355 GEKFKNDIIDASVTVMAFKMQYFRKGKNLSDEGDRLAYIKDVLKEISTLSGSLEQEVYVK 414
  62               E F+  + + ++ + AF         +LS    R       L  IS + G   + +Y++
  63 Sbjct:  5840 KEAFEARM-EQAMPLSAFLFNSLMPQVDLSTPDGRARLSTLALPLISQVPGETLR-IYLR 6013
  64
  65 Query:   415 Q 415
  66              Q
  67 Sbjct:  6014 Q 6016
  68
  69
  70 Parameters:
  71   novalidctxok
  72   nonnegok
  73   gapall
  74   Q=12
  75   R=1
  76   cpus=1
  77   filter=seg
  78   matrix=blosum62
  79   W=3
  80   S2=41
  81   gapS2=68
  82   X=16
  83   gapX=38
  84   hitdist=40
  85   gi
  86   gapL=0.27
  87   gapK=0.047
  88   gapH=0.23
  89
  90   ctxfactor=6.00
  91   E=10
  92
  93   Query                        -----  As Used  -----    -----  Computed  ----
  94   Frame  MatID Matrix name     Lambda    K       H      Lambda    K       H
  95    +0      0   blosum62        0.320   0.136   0.387    same    same    same
  96                Q=12,R=1        0.270   0.0470  0.230     n/a     n/a     n/a
  97
  98   Query
  99   Frame  MatID  Length  Eff.Length     E    S W   T  X   E2     S2
 100    +0      0      603       603       10.  59 3  13 16  0.020   41
 101                                                     38  0.0     59
 102
 103
 104 Statistics:
 105
 106   Database:  /home/jes12/db/ecoli.nt
 107    Title:  ecoli.nt
 108    Posted:  3:16:20 PM EST Nov 18, 2001
 109    Created:  10:10:31 AM EST Nov 18, 2001
 110    Format:  XDF-1
 111    # of letters in database:  4,662,239
 112    # of sequences in database:  400
 113    # of database sequences satisfying E:  1
 114   No. of states in DFA:  538 (57 KB)
 115   Total size of DFA:  76 KB (1061 KB)
 116   Time to generate neighborhood:  0.00u 0.01s 0.01t  Elapsed: 00:00:00
 117   No. of threads or processors used:  1
 118   Search cpu time:  0.46u 0.01s 0.47t  Elapsed: 00:00:01
 119   Total cpu time:  0.46u 0.03s 0.49t  Elapsed: 00:00:03
 120   Start:  Sat Apr 20 18:21:51 2002   End:  Sat Apr 20 18:21:54 2002