Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.924
  21
  22     [Significant changes]
  23
  24     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
  25           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
  26     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
  27       which should make easier for Windows users to install BioPerl
  28       if they don't need that module.
  29
  30     [New features]
  31
  32     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
  33         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
  34           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
  35         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
  36           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
  37     * Bio::SearchIO::hmmer2
  38         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  39           directly from the homology line [fjossandon]
  40         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
  41           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  42         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  43     * Bio::SearchIO::hmmer3
  44         - The number of identical and conserved residues are now calculated
  45           directly from the homology line [fjossandon]
  46         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
  47           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
  48         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
  49         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
  50         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
  51     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
  52         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
  53           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
  54           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
  55           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
  56           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
  57           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
  58           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
  59     * Bio::SeqIO::MultiFile
  60         - Autodetection of file format [fangly]
  61     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
  62         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
  63
  64     [Bug fixes]
  65
  66     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
  67       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
  68     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
  69       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
  70       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
  71       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
  72     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
  73       to several tests files that were failing because those modules were
  74       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
  75     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
  76       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
  77     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
  78       an infinite loop [yschensandiego]
  79     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
  80       the Scores table. In those cases, the more complete description from
  81       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
  82     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
  83       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
  84     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
  85       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
  86       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
  87       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
  88     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
  89       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
  90       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
  91     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
  92     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
  93     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
  94     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
  95     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
  96     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
  97     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
  98     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
  99       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
 100     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
 101     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
 102     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
 103     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
 104     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
 105
 106 1.6.923
 107
 108     * Major Windows support updates! [fjossandon]
 109     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
 110     * Better support for circular sequences [fjossandon]
 111     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
 112     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
 113     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
 114     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
 115
 116 1.6.922
 117
 118     * Address CPAN test failures [cjfields]
 119     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
 120     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
 121
 122 1.6.921
 123
 124     * Minor update to address CPAN test failures
 125
 126 1.6.920
 127
 128     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
 129       - this cause version clashes with an independently-released
 130         version of Bio::Biblio
 131
 132 1.6.910
 133
 134     [New features]
 135
 136     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
 137       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
 138         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
 139         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
 140         1.7.x release series [cjfields]
 141
 142     [New features]
 143
 144     * Bio::Seq::SimulatedRead
 145         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
 146     * Bio::Root::Root
 147         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
 148     * Bio::Root::IO
 149         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
 150           Bio::Root::IO [fangly]
 151         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
 152     * Bio::Tools::IUPAC
 153         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
 154           [fangly]
 155     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
 156         - Code refresh [fangly]
 157     * Bio::DB::Taxonomy
 158         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
 159     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 160         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
 161         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
 162           number is exceeded in add_trait() [fangly]
 163         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
 164         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
 165     * Bio::DB::Taxonomy::list
 166         - Misc optimizations [fangly]
 167         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
 168     * Bio::DB::Taxonomy::*
 169         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
 170     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
 171         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
 172         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
 173         - new option to remove index file at the end [fangly]
 174     * Bio::DB::Fasta
 175         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
 176     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
 177         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
 178     * Bio::PrimaryQual
 179         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
 180     * Bio::SeqIO::fasta
 181         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
 182           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
 183         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
 184           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
 185     * Bio::FeatureIO::*
 186         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 187     * Bio::SeqFeature::Annotated
 188         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 189     * Bio::Cluster::SequenceFamily
 190         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
 191           criteria
 192     * Bio::SearchIO::hmmer3
 193         - now supports nhmmer [bosborne]
 194
 195     [Bug fixes]
 196
 197     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 198       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 199     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 200       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 201     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 202       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 203     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 204       total gaps [Paul Cantalupo]
 205     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 206     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 207       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 208     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 209       cjfields]
 210     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 211       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 212     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 213       types [fangly]
 214     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 215     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 216       cjfields]
 217     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 218     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 219       breaks parsing [cjfields]
 220     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 221       be reverse-complemented [fangly]
 222     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 223     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 224       when unsure that values will be numerical [fangly]
 225     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 226     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 227     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 228     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 229       Sallou]
 230     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 231       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 232     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 233       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 234     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 235       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 236     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 237       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 238     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 239       without also passing a lineage to store [fangly]
 240     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 241       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 242       [fangly]
 243     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 244     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 245     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 246       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 247
 248
 249 1.6.901 May 18, 2011
 250
 251     [Notes]
 252
 253     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 254       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 255     * Minor bug fix release
 256     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 257     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 258     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 259     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 260     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 261       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 262       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 263
 264     [Bug fixes]
 265
 266     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 267       docs [genehack, cjfields]
 268     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 269       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 270       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 271
 272
 273 1.6.900 April 14, 201
 274
 275     [Notes]
 276
 277     * This will probably be the last release to add significant features to
 278       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 279       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 280       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 281     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 282       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 283       This code essentially is what is on the github master branch.
 284
 285     [New features]
 286
 287     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 288     * Bio::Tree refactor
 289         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 290         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 291           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 292     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 293           many others]
 294     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 295           [Warren Kretzschmar]
 296     * Bio::SeqIO::gbxml
 297         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 298     * Bio::Assembly::IO
 299         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 300         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 301         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 302         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 303         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 304           at a time [Joshua Udall, fangly]
 305     * Bio::OntologyIO
 306         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 307             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 308         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 309     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 310
 311     [Bug fixes]
 312
 313     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 314     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 315     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 316     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 317                [cjfields]
 318     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 319     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 320     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 321     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 322     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 323                hyphaltip]
 324     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 325     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 326     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 327                cjfields]
 328     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 329     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 330     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 331     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 332     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 333     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 334                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 335     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 336                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 337     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 338                jhannah]
 339     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 340     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 341                cjfields]
 342     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 343     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 344     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 345     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 346     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 347     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 348     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 349                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 350     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 351     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 352     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 353     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 354     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 355     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 356     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 357     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 358                DaveMessina]
 359     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 360     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 361     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 362     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 363     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 364     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 365     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 366     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 367                PAML 4.4d [DaveMessina]
 368     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 369                DaveMessina]
 370     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 371     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 372     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 373     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 374     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 375     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 376     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 377     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 378                cjfields]
 379     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 380     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 381     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 382     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 383     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 384     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 385     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 386     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 387     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 388     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 389     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 390     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 391     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 392     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 393                cjfields]
 394     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 395     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 396     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 397     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 398     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 399     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 400     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 401     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 402     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 403     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 404     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 405     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 406     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 407     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 408     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 409     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 410     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 411     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 412     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 413                cjfields]
 414     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 415
 416     [Deprecated]
 417
 418     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 419       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 420       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 421       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 422
 423     [Other]
 424
 425     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 426       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 427     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 428     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 429       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 430       [cjfields]
 431
 432 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 433     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 434
 435 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 436     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 437
 438 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 439     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 440     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 441       [cjfields]
 442     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 443
 444 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 445     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 446     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 447       [cjfields]
 448     * Minor doc fixes [cjfields]
 449
 450 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 451     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 452     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 453
 454 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 455     * Bio::Root::Build
 456         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 457
 458 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 459     * Bio::Align::DNAStatistics
 460         - fix divide by zero problem [jason]
 461     * Bio::AlignIO::*
 462         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 463     * Bio::AlignIO::stockholm
 464         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 465     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 466         - function to score contig spectrum [fangly]
 467     * Bio::DB::EUtilities
 468         - small updates [cjfields]
 469     * Bio::DB::Fasta
 470         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 471           [lstein]
 472     * Bio::DB::HIV
 473         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 474           database interface [maj]
 475     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 476         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 477         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 478         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 479     * Bio::DB::SwissProt
 480         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 481     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 482         - mailing list bug fix [cjfields]
 483     * Bio::LocatableSeq
 484         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 485     * Bio::Matrix::IO::phylip
 486         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 487     * Bio::Nexml
 488         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 489           file format [maj, chmille4]
 490     * Bio::PopGen
 491         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 492         - simplify LD code [jason]
 493     * Bio::RangeI
 494         - deal with empty intersection [jason]
 495     * Bio::Restriction
 496         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 497           external and non-palindromic cutters. [maj]
 498     * Bio::Root::Build
 499         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 500     * Bio::Root::IO
 501         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 502         - catch unintentional undef values [cjfields]
 503         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 504     * Bio::Root::Root/RootI
 505         - small debugging and core fixes [cjfields]
 506     * Bio::Root::Test
 507         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 508     * Bio::Root::Utilities
 509         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 510     * Bio::Search
 511         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 512           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 513           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 514           release
 515         - small fixes [cjfields]
 516     * Bio::SearchIO
 517         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 518         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 519         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 520         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 521         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 522         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 523         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 524     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 525         - delete tempdirs [cjfields]
 526         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 527     * Bio::Seq::Quality
 528         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 529         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 530     * Bio::SeqFeature::Lite
 531         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 532     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 533         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 534     * Bio::SeqIO::chadoxml
 535         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 536     * Bio::SeqIO::embl
 537         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 538     * Bio::SeqIO::fastq
 539         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 540           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 541           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 542           [cjfields]
 543     * Bio::SeqIO::genbank
 544         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 545         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 546     * Bio::SeqIO::largefasta
 547         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 548     * Bio::SeqIO::raw
 549         - add option for 'single' and 'multiple'
 550     * Bio::SeqIO::scf
 551         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 552     * Bio::SeqUtils
 553         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 554           Jackson]
 555     * Bio::SimpleAlign
 556         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 557         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 558         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 559           [Tristan Lefebure, maj]
 560         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 561         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 562     * Bio::Tools::dpAlign
 563         - add support for LocatableSeq [ymc]
 564         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 565     * Bio::Tools::EUtilities
 566         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 567         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 568           [cjfields]
 569     * Bio::Tools::HMM
 570         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 571         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 572     * Bio::Tools::Primer3
 573         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 574     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 575         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 576     * Bio::Tools::SeqPattern
 577         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 578     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 579         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 580     * Bio::Tree::*
 581         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 582     * Bio::Tree::Statistics
 583         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 584           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 585     * Bio::Tree::Tree
 586         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 587           prematurely garbage-collected [cjfields]
 588         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 589           [maj]
 590     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 591         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 592           Lefebure, maj]
 593     * Bio::TreeIO::newick
 594         - fix small semicolon issue [cjfields]
 595     * scripts
 596         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 597         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 598         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 599         - gccalc - total stats [jason]
 600     * General Stuff
 601         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 602         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 603         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 604           in favor of num_* [cjfields]
 605         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 606         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 607
 608 1.6.0 Winter 2009
 609     * Feature/Annotation rollback
 610         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 611           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 612           overloading and interface methods.
 613         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 614           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 615           speedup.
 616     * Bio::Graphics
 617         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 618           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 619         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 620           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 621     * Bio::Root::Test
 622         - Common test bed for all BioPerl modules
 623     * Bio::Root::Build
 624         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 625     * Bio::DB::EUtilities
 626         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 627           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 628           and user agent request posting and retrieval
 629     * Test implementation and reorganization
 630         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 631           cases.
 632         - Automated test coverage is now online:
 633           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 634         - After this release, untested modules will be moved into a
 635           separate developer distribution until tests can be derived.
 636           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 637           and adequate test coverage.
 638
 639 1.5.2 Developer release
 640
 641     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 642     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 643     The following represents a brief overview of the most important changes.
 644
 645     o Bio::Map
 646       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 647         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 648         backward compatible.
 649
 650     o Bio::Taxonomy
 651       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 652         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 653
 654     o Bio::DB::Taxonomy
 655
 656       - Taxonomy.pm
 657         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 658
 659         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 660
 661         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 662           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 663
 664       - flatfile.pm
 665         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 666
 667         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 668           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 669
 670       - entrez.pm
 671         * get_node() has new option -full
 672
 673         * Caches data retrieved from website
 674
 675     o Bio::Species
 676       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 677         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 678         backward compatability in species() method.
 679
 680     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 681       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 682         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 683         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 684         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 685
 686
 687 1.5.1 Developer release
 688
 689     o Major problem with how Annotations were written out with
 690       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 691       Bio::Annotation objects.
 692
 693     o Bio::SeqIO
 694
 695      - genbank.pm
 696        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 697          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 698          indicate line wrapping.
 699
 700        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 701          both common_name() and classification()
 702
 703        * parse swissprot fields in genpept file
 704
 705        * parse WGS genbank records
 706
 707      - embl.pm
 708         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 709           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 710           colon expression following the captured \S+. This means the
 711           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 712           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 713           repbase
 714
 715         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 716           it. Like: "genomic DNA"
 717
 718      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 719
 720      - entrezgene.pm
 721         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 722           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 723
 724     o Bio::AlignIO
 725
 726      -  maf.pm coordinate problem fixed
 727
 728     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 729
 730      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 731        can be done via Web without downloading all the sequence.
 732
 733     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 734       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 735       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 736       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 737       fully expects to change things in the future.
 738
 739     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 740
 741       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 742
 743       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 744         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 745         to bootstraps.
 746          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 747             $node->bootstrap($node->id);
 748             $node->id('');
 749          }
 750       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 751         LF.
 752
 753       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 754
 755       - Node height and depth now properly calculated
 756
 757       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 758
 759     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 760       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 761       these.
 762
 763     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 764       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 765
 766     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 767       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 768       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 769
 770     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 771
 772     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 773       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 774       branch specific parametes are now supported.
 775
 776     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 777       (joins of joins)
 778
 779     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 780       for getter/setter functions
 781
 782     o Bio::SearchIO
 783
 784       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 785         and possible e+ values
 786
 787       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 788         a full database pathname,
 789
 790       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 791         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 792
 793       - psl off-by-one error fixed
 794
 795       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 796         and HSPs can be constructed from them.
 797
 798       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 799         always available via $hit->description and
 800         $result->query_description
 801
 802       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 803
 804       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 805
 806     o Bio::Tools::Hmmpfam
 807       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 808       allow parse of multiple records
 809
 810
 811 1.5 Developer release
 812
 813     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 814       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 815       respectively.
 816
 817     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 818       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 819       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 820       particularly large multiple sequence alignments.
 821
 822     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 823       be treated similarly as an assembled contig.
 824
 825     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 826       methods for identifying particular codons that encode a given
 827       amino acid.
 828
 829     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 830       a Bio::Coordinate pair directly from a
 831       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 832
 833     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 834       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 835       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 836       results as XML.
 837
 838     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 839
 840     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 841       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 842       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 843       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 844       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 845       Sequence Ontology.
 846
 847     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 848       analysis of protein interaction graphs.
 849
 850     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 851
 852     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 853       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 854
 855     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 856       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 857       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 858       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 859       import.
 860
 861     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 862       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 863
 864     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 865       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 866       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 867       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 868       ontology files are hard-coded into
 869       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 870
 871     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 872       population genetics analyses.
 873
 874     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 875       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 876       overlapping ranges are merged into a single range with the
 877       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 878
 879     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 880       The new -url argument allows one to specify the network address
 881       of a file for input.  -url currently only works for GET
 882       requests, and thus is read-only.
 883
 884     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 885       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 886       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 887       involved in the alignments was the same, but this only worked
 888       when the repeated domain occured without interruption by any
 889       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 890       objects.
 891
 892     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 893       implement the "get_statistics" method to access
 894       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 895       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 896       lambda for BLAST/FASTA).
 897
 898     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 899       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 900
 901     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 902       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 903       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 904       dealing with untyped annotation tags.  All
 905       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 906       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 907
 908     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 909       melting point predictions.
 910
 911     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 912       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 913
 914     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 915       Bio::Species interoperability.
 916
 917     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 918       make_iupac_string() methods.
 919
 920     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 921
 922     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 923
 924     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 925       parsers.
 926
 927     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 928       for designing small inhibitory RNA.
 929
 930     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 931       methods based on a distance matrix.
 932
 933     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 934       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 935       based on provided bootstrap tree topologies.
 936
 937     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 938
 939 1.4 branch
 940
 941 1.4.1
 942
 943   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 944
 945   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 946
 947   o Bio::SearchIO
 948    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 949      (RF lines alone)
 950    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 951    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 952
 953   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 954     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 955     supporting more complex queries
 956
 957
 958 1.4. Stable major release
 959
 960 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 961
 962    o installable scripts
 963
 964    o global module version from Bio::Root:Version
 965
 966    o Bio::Graphics
 967       - major improvements; SVG support
 968
 969    o Bio::Popgen
 970      - population genetics
 971      - support several population genetics types of questions.
 972      - Tests for statistical neutrality of mutations
 973        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 974        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 975        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 976        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 977        well.
 978      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 979        and csv (comma delimited formatted) data.
 980
 981      - a directory for implementing population simulations has
 982        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
 983        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
 984        simulation have been provided.  This replaces the code in
 985        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
 986        methods for generating random phylogenetic trees are
 987        implemented.
 988
 989    o Bio::Restriction
 990       - new restrion analysis modules
 991
 992    o Bio::Tools::Analysis
 993       - web based DNA and Protein analysis framework and several
 994         implementations
 995
 996    o Bio::Seq::Meta
 997      - per residue annotable sequences
 998
 999    o Bio::Matrix
1000       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1001       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1002         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1003         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1004         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1005         implementation for general use was added in
1006         Bio::Matrix::Generic.
1007
1008    o Bio::Ontology
1009      - major changes
1010
1011    o Bio:Tree
1012
1013    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1014      - small inhibitory RNA
1015
1016    o Bio::SeqFeature::Tools
1017      - seqFeature mapping tools
1018      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1019        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1020           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1021
1022    o Bio::Tools::dpAlign
1023      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1024      - needs Bioperl-ext
1025
1026    o new Bio::SearchIO formats
1027      - axt and psl:  UCSC formats.
1028      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1029
1030    o new Bio::SeqIO formats
1031      - chado, tab, kegg, tigr, game
1032      - important fixes for old modules
1033
1034    o Bio::AlignIO: maf
1035
1036    o improved Bio::Tools::Genewise
1037
1038    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1039      stream
1040
1041    o new parsers in Bio::Tools:
1042       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1043
1044    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1045      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1046      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1047        used by the OBDA system
1048
1049    o several new HOWTOs
1050      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1051        Databases
1052
1053    o hundreds of new and improved files
1054
1055
1056    o
1057    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1058      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1059
1060
1061 1.2 Branch
1062
1063 1.2.3 Stable release update
1064     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1065                   handling.
1066     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1067     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1068       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1069     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1070       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1071       keywords returns a string and the array is accessible via
1072       get_keywords).
1073     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1074       Added a new initialization option -nodelete which
1075       won't try and cleanup the containing nodes if this
1076       is true.
1077      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1078        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1079        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1080          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1081          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1082          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1083          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1084          tests for this module as well.
1085     o Bio::SearchIO
1086       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1087         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1088         the extra unexpeted column).
1089       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1090         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1091         although doesn't try to correct it - will get the negative
1092         number for you.  Added a test for this as well.
1093       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1094         has no top-level family classification scores but does have scores and
1095         alignments for individual domains.
1096       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1097         regular expression to match the line was missing the possibility of
1098         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1099         catch it before.
1100       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1101         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1102       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1103         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1104         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1105      o Bio::DB::GFF
1106       - Update for GFF3 compatibility.
1107       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1108       - Added a 1.2003 version number.
1109      o Bio::Graphics
1110       - Updated tutorial.
1111       - Added a 1.2003 version number.
1112      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1113        properly writing keywords out.
1114      o Bio::SeqIO::genbank
1115       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1116         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1117         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1118         string so it is properly formatted.
1119       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1120         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1121         parse in the ORIGIN text.
1122      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1123        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1124        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1125        documentation for more information.
1126      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1127
1128 1.2.2 Stable release update
1129
1130     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1131       - auto-discover ontology name
1132       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1133       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1134       - various smaller issues
1135
1136     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1137       of Bio::Ontology::TermI
1138
1139     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1140
1141     o Bio::DB::GenBank
1142       - eutils URL change
1143       - accession number retrieval fixed
1144
1145     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1146
1147     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1148       #1459 which now properly report alignment start/end info
1149       for translated BLAST/FASTA searches.
1150
1151     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1152
1153     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1154       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1155       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1156       support for bl2seq in the SearchIO system.
1157
1158     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1159       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1160       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1161       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1162
1163     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1164
1165     o Bio::SeqIO::genbank
1166       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1167       - write moltype correctly for genpept
1168
1169 1.2.1 Stable release update
1170
1171     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1172
1173     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1174       BioSQL releases against 1.2.1
1175
1176     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1177
1178     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1179       the primary accession number
1180
1181     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1182
1183     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1184
1185 1.2  Stable major release
1186
1187     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1188
1189     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1190       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1191
1192     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1193       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1194       Hmmpfam parser.
1195
1196     o New ontology parsing Bio::Ontology
1197
1198     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1199       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1200
1201     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1202
1203     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1204
1205     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1206       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1207
1208     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1209       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1210       features into different coordinate systems.
1211
1212     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1213       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1214       NCBI eutils interface.
1215
1216     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1217       object for extracting subsets of features : currently only
1218       supports extraction by location.
1219
1220 1.1.1 Developer release
1221
1222     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1223
1224     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1225       a domain of Bioperl.
1226
1227     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1228       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1229
1230     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1231       have been addressed.
1232
1233     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1234
1235     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1236
1237     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1238       A global _load_module method was implemented to simplify the
1239       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1240       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1241       etc).
1242
1243     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1244       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1245
1246     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1247       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1248       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1249       before 1.2 release.
1250
1251     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1252
1253 1.1 Developer release
1254
1255     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1256       this separation removes some of the complexity in our test suite
1257       and separates the core modules in bioperl from those that need
1258       external programs to run.
1259
1260     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1261       not run into trouble running the makefile
1262
1263     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1264       read,create,and write locations for grouped/split locations
1265       (like mRNA features on genomic sequence).
1266
1267     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1268       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1269
1270     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1271       paraphyly, least common ancestor, etc.
1272
1273     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1274
1275     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1276       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1277
1278     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1279       a pseudo-blast textfile format
1280
1281
1282 1.0.2 Bug fix release
1283
1284     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1285       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1286       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1287       on our main development branch and the functionality will be
1288       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1289       Fall 2002.
1290
1291     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1292       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1293       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1294       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1295
1296     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1297       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1298       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1299       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1300       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1301       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1302       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1303       implementation in BlastHSP).
1304
1305     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1306       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1307
1308     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1309
1310     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1311       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1312       unbalanced trees.
1313
1314     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1315       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1316       -seqid becamse -seq_id.
1317
1318     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1319       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1320       the alignment when the best alignment starts internally in the
1321       sequence.
1322
1323 1.0.1 Bug fix release
1324
1325     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1326
1327     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1328       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1329
1330     o Small API change to add methods for completeness across
1331       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1332       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1333       as the BlastXX objects.
1334         * Bio::Search::Result::ResultI
1335          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1336            iterator method)
1337
1338         * Bio::Search::Hit::HitI
1339          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1340            iterator method)
1341
1342     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1343        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1344        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1345        has to be done here to make it work properly and will nee major
1346        API changes.
1347
1348     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1349        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1350        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1351
1352     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1353       tests added.
1354
1355     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1356
1357     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1358
1359     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1360       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1361       the newline.
1362
1363 1.0.0 Major Stable Release
1364
1365   This represents a major release of bioperl with significant
1366   improvements over the 0.7.x series of releases.
1367
1368     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1369       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1370
1371     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1372       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1373
1374     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1375       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1376       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1377       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1378       documentation in Bio::Biblio for more information.
1379
1380     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1381       Open Bioinformatics Database Access.  See
1382       http://obda.open-bio.org for more information.
1383
1384     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1385       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1386       local database.
1387
1388     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1389       been added by Lincoln Stein.
1390
1391     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1392
1393     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1394       a starting point for frequent questions and issues.
1395
1396 0.9.3 Developer's release
1397
1398     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1399       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1400       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1401       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1402
1403     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1404       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1405       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1406       modules.
1407
1408     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1409       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1410
1411     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1412       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1413       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1414       Bio::DB::GFF databases.
1415
1416 0.9.2 Developer's release
1417
1418     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1419       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1420       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1421
1422     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1423       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1424       statistics module for evaluating.
1425
1426     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1427       server for DAS servers.
1428
1429     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1430       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1431       for the data stream.
1432
1433     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1434       functionality.
1435
1436     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1437
1438     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1439       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1440
1441     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1442       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1443
1444     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1445       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1446       remote servers.
1447
1448     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1449       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1450       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1451       previous system.
1452
1453     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1454
1455     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1456       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1457
1458     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1459       strictly enforced.
1460
1461     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1462       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1463
1464     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1465       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1466
1467 0.9.0 Developer's release
1468
1469     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1470
1471     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1472       blast jobs at NCBI.
1473
1474     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1475
1476     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1477       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1478       Promotor, PolyA and Transcript.
1479
1480     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1481
1482     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1483       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1484
1485     o Various fixes to Variation toolkit
1486
1487     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1488       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1489       and dbs in a single interface.
1490
1491     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1492
1493     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1494       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1495
1496     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1497
1498 0.7.2 Bug fix release
1499
1500     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1501       to be runnable in many (but not all modules)
1502
1503     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1504
1505     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1506       split locations
1507
1508     o Bio::SeqIO::genbank
1509         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1510         * moltype and molecule separation
1511
1512     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1513
1514     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1515       sequence calculation
1516
1517     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1518
1519     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1520       major changes are not on the 0.7 branch.
1521
1522     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1523       with File::Spec
1524
1525     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1526         in several types of mutations:
1527         1.) AA level: deletion, complex
1528         2.) AA level: complex, inframe
1529         3.) RNA level: silent
1530
1531     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1532        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1533        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1534        way to test if report was empty is to see if
1535        $report->query->seqname is undefined.
1536
1537 0.7.1 Bug fix release
1538
1539     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1540       related to Feature table parsing and locations on remote
1541       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1542
1543     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1544       which include a number of header lines.
1545
1546     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1547       spaces where appropriate).
1548
1549     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1550       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1551
1552     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1553       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1554       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1555
1556     o A moderate number of documentation improvements were made as
1557       well to provide a better code synopsis in each module.
1558
1559
1560 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1561      Object system, new parsers, new functionality and
1562      all round better system. Highlights are:
1563
1564
1565      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1566        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1567
1568      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1569        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1570        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1571
1572      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1573        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1574        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1575        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1576        feature tables for complex locations.
1577
1578      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1579        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1580        a temporary file as a backend.
1581
1582      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1583        CDS retrieval and exon shuffling.
1584
1585      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1586
1587      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1588        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1589
1590      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1591        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1592
1593      o New Alignment IO framework
1594
1595      o New Index modules (Swissprot)
1596
1597      o New modules for running Blast within perl
1598        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1599        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1600        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1601
1602      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1603        documentation across the package.
1604
1605      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1606        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1607        setup (see PLATFORMS).
1608
1609      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1610        maintainability benefit a lot.
1611
1612      o A total of 957 automatic tests
1613
1614
1615 0.6.2
1616
1617    There are very few functionality changes but a large
1618    number of software improvements/bug fixes across the package.
1619
1620    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1621
1622    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1623      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1624      wait for 0.7 release
1625
1626    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1627
1628    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1629      fixed.
1630
1631    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1632
1633    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1634      set have been removed
1635
1636    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1637      have improved compliance with interface specs and documentation
1638
1639    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1640
1641    o Most minor bug fixes have happened.
1642
1643    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1644      rather than the deprecated syntax
1645
1646
1647 0.6.1  Sun April 2 2000
1648
1649    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1650         - The sequence features can be read from or written to
1651           EMBL and GenBank style flat files
1652
1653    o Objects for Annotation, including References (but not
1654      full medline abstracts), Database links and Comments are
1655      provided
1656
1657    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1658      is provided
1659
1660    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1661
1662    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1663      support and better overall behaviour.
1664
1665    o Flat file indexed databases provide both random access
1666      and sequential access to their component sequences.
1667
1668    o A CodonTable object has been written with all known
1669      CodonTables accessible.
1670
1671    o A number of new lightweight analysis tools have been
1672      added, such as molecular weight determination.
1673
1674     The 0.6 release also has improved software engineering
1675
1676    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1677      maintainable and easier to implement objects. These
1678      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1679
1680    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1681      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1682      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1683
1684      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1685      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1686      bioperl.
1687
1688    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1689      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1690      over arguments.
1691
1692    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1693      tests are now run before release).
1694
1695
1696
1697 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1698         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1699           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1700           and SimpleAlign.
1701         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1702           including better exception handling and PSI-Blast
1703           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1704         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1705           Follow the instructions in README for how to install
1706           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1707         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1708           objects are returned and where strings are returned.
1709         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1710           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1711         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1712
1713 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1714         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1715           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1716           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1717         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1718           sequence reformatting code out of the sequence object
1719         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1720           generic index capabilities and specifically works for
1721           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1722           databases
1723         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1724           databases, both via flat file + index (see above) and
1725           via http to NCBI
1726         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1727           are put has been started.
1728         - Many changes - a better distribution all round.
1729
1730 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1731         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1732           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1733         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1734         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1735         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1736         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1737           get_newline() since it could return more than one char.
1738         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1739         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1740         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1741         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1742         - Beefed up SimpleAlign.t test
1743
1744 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1745         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1746           script is run as a CGI and suppress output that is only
1747           appropriate when running interactively.
1748         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1749         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1750           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1751         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1752           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1753         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1754           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1755         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1756           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1757           -debug argument.
1758         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1759           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1760           creation and autodetect newline characters in files/streams
1761           (see bug report #19).
1762         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1763           Utilities::create_filehandle().
1764         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1765           of hardwiring in "\n".
1766         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1767
1768 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1769         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1770           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1771         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1772           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1773         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1774           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1775           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1776         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1777           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1778           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1779
1780 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1781         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1782           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1783         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1784           with make clean.
1785
1786 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1787         - Lots of new modules added including:
1788            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1789              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1790              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1791            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1792            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1793         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1794         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1795         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1796           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1797           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1798
1799 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1800         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18