t/AlignIO/clustalw.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: clustalw.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 6);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::clustalw');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # CLUSTAL
  20 my $io = Bio::AlignIO->new(
  21    -file => test_input_file("testaln.clustalw") );
  22 $aln = $io->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->consensus_string, "MNEGEHQIKLDELFEKLLRARKIFKNKDVLRHSWEPKDLPHRHEQIEA".
  25 "LAQILVPVLRGETMKIIFCGHHACELGEDRGTKGFVIDELKDVDEDRNGKVDVIEINCEHMDTHYRVLPNIAKLF".
  26 "DDCTGIGVPMHGGPTDEVTAKLKQVIDMKERFVIIVLDEIDKLVKKSGDEVLYSLTRINTELKRAKVSVIGISND".
  27 "LKFKEYLDPRVLSSLSEEEVVFPPYDANQLRDILTQRAEEAFYPGVLDEGVIPLCAALAAREHGDARKALDLLRV".
  28 "AGEIAEREGASKVTEKHVWKAQEKIEQDMMEEVIKTLPLQSKVLLYAIVLLDENGDLPANTGDVYAVYRELCEYI".
  29 "DLEPLTQRRISDLINELDMLGIINAKVVSKGRYGRTKEIRLMVTSYKIRNVLRYDYSIQPLLTISLKSEQRRLI",
  30 "clustalw consensus_string test";
  31
  32 my $outfile = test_output_file();
  33 $strout = Bio::AlignIO->new(
  34    '-file' => ">$outfile",
  35                               '-format' => 'clustalw');
  36 $status = $strout->write_aln($aln);
  37 is $status, 1, "clustalw output test";
  38 undef $strout;
  39 $str = Bio::AlignIO->new(
  40    '-file'=> $outfile,
  41                            '-format' => 'clustalw');
  42 $aln = $str->next_aln($aln);
  43 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  44 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'P84139/1-420', "clustalw input test";