t/SeqIO/locuslink.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 26,
  11                -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13         use_ok('Bio::SeqIO::locuslink');
  14         use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  15         use_ok('Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor');
  16 }
  17
  18 my $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('test.locuslink'),
  19                             -format => 'locuslink');
  20 ok $seqin;
  21 isa_ok($seqin, 'Bio::SeqIO');
  22 my $seqout = Bio::SeqIO->new(-file => ">".test_output_file(),
  23                              -format => 'embl');
  24
  25 # process and write to output
  26 my @seqs = ();
  27
  28 while(my $seq = $seqin->next_seq()) {
  29     push(@seqs, $seq);
  30
  31     # create an artificial feature to stick the annotation on
  32     my $fea = Bio::SeqFeature::Generic->new(-start => 1, -end => 9999,
  33                                             -strand => 1,
  34                                             -primary => 'annotation');
  35     my $ac = Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor->new(-feature => $fea);
  36     foreach my $k ($seq->annotation->get_all_annotation_keys()) {
  37         foreach my $ann ($seq->annotation->get_Annotations($k)) {
  38             next unless $ann->isa("Bio::Annotation::SimpleValue");
  39             $ac->add_Annotation($ann);
  40         }
  41     }
  42     $seq->add_SeqFeature($fea);
  43     $seqout->write_seq($seq);
  44 }
  45
  46 is (scalar(@seqs), 2);
  47
  48 is ($seqs[0]->desc,
  49     "amiloride binding protein 1 (amine oxidase (copper-containing))");
  50 is ($seqs[0]->accession, "26");
  51 is ($seqs[0]->display_id, "ABP1");
  52 is ($seqs[0]->species->binomial, "Homo sapiens");
  53
  54
  55 my @dblinks = $seqs[0]->annotation->get_Annotations('dblink');
  56 my %counts = map { ($_->database(),0) } @dblinks;
  57 foreach (@dblinks) { $counts{$_->database()}++; }
  58
  59 is ($counts{GenBank}, 11);
  60 is ($counts{RefSeq}, 4);
  61 is ($counts{UniGene}, 1);
  62 is ($counts{Pfam}, 1);
  63 is ($counts{STS}, 2);
  64 is ($counts{MIM}, 1);
  65 is ($counts{PUBMED}, 6);
  66 is (scalar(@dblinks), 27);
  67
  68 is ($seqs[1]->desc, "v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 (arg, Abelson-related gene)");
  69 is ($seqs[1]->display_id, "ABL2");
  70
  71 my $ac = $seqs[1]->annotation;
  72 my @keys = $ac->get_all_annotation_keys();
  73 is (scalar(@keys), 19);
  74
  75 my ($cmt) = $ac->get_Annotations('comment');
  76 is (length($cmt->text), 403);
  77
  78 my @isoforms = qw(a b);
  79 foreach ($ac->get_Annotations('PRODUCT')) {
  80     is ($_->value,
  81         "v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform ".
  82         shift(@isoforms));
  83 }
  84
  85 my @goann = ();
  86 foreach my $k (@keys) {
  87     foreach my $ann ($ac->get_Annotations($k)) {
  88         next unless $ann->isa("Bio::Ontology::TermI");
  89         push(@goann, $ann);
  90     }
  91 }
  92 is (scalar(@goann), 4);
  93 @goann = sort { $a->as_text() cmp $b->as_text() } @goann;
  94 is ($goann[2]->as_text, "cellular component|cytoplasm|");