t/Ontology/OntologyEngine.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 my $ERROR_CLASS;
   7
   8 BEGIN {
   9     use lib '.';
  10     use Bio::Root::Test;
  11
  12     test_begin(
  13         -tests           => 31,
  14         -requires_module => 'Graph::Directed'
  15     );
  16
  17     $ERROR_CLASS = eval "require Error; 1" ? 1 : 0;
  18
  19     use_ok('Bio::Ontology::Term');
  20     use_ok('Bio::Ontology::Relationship');
  21     use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  22     use_ok('Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine');
  23     use_ok('Bio::Ontology::Ontology');
  24 }
  25
  26 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new( -name => "My Ontology" );
  27
  28 my $eng = Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine->new();
  29 $ont->engine($eng);
  30 isa_ok( $eng, "Bio::Ontology::OntologyEngineI" );
  31 is( $ont->engine, $eng );
  32
  33 my @terms = (
  34     [
  35         -identifier => "IPR000001",
  36         -name       => "Kringle",
  37         -definition => "Kringles are autonomous structural domains ...",
  38         -ontology   => $ont
  39     ],
  40     [
  41         -identifier => "IPR000002",
  42         -name       => "Cdc20/Fizzy",
  43         -definition => "The Cdc20/Fizzy region is almost always ...",
  44         -ontology   => $ont
  45     ],
  46     [
  47         -identifier => "IPR000003",
  48         -name       => "Retinoid X receptor",
  49         -definition => "Steroid or nuclear hormone receptors ...",
  50         -ontology   => $ont
  51     ],
  52     [
  53         -identifier => "IPR000004",
  54         -name       => "Test4",
  55         -definition => "Test4 definition ...",
  56         -ontology   => $ont
  57     ],
  58 );
  59
  60 for ( my $i = 0 ; $i < @terms ; $i++ ) {
  61     $terms[$i] = Bio::Ontology::Term->new( @{ $terms[$i] } );
  62     $ont->add_term( $terms[$i] );
  63 }
  64
  65 my $rel_type  = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A",    $ont );
  66 my $rel_type1 = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF", $ont );
  67
  68 my @rels = (
  69     [
  70         -object_term    => $terms[0],
  71         -subject_term   => $terms[1],
  72         -predicate_term => $rel_type,
  73         -ontology       => $ont,
  74     ],
  75     [
  76         -object_term    => $terms[1],
  77         -subject_term   => $terms[2],
  78         -predicate_term => $rel_type,
  79         -ontology       => $ont,
  80     ],
  81     [
  82         -object_term    => $terms[0],
  83         -subject_term   => $terms[3],
  84         -predicate_term => $rel_type,
  85         -ontology       => $ont,
  86     ],
  87     [
  88         -object_term    => $terms[3],
  89         -subject_term   => $terms[2],
  90         -predicate_term => $rel_type,
  91         -ontology       => $ont,
  92     ],
  93 );
  94 my @bad_rels = (
  95     [
  96         -object_term    => undef,
  97         -subject_term   => $terms[2],
  98         -predicate_term => $rel_type,
  99         -ontology       => $ont,
 100     ],
 101     [
 102         -object_term    => $terms[1],
 103         -subject_term   => undef,
 104         -predicate_term => $rel_type,
 105         -ontology       => $ont,
 106     ],
 107     [
 108         -object_term    => $terms[1],
 109         -subject_term   => $terms[2],
 110         -predicate_term => $rel_type,
 111         -ontology       => $ont,
 112     ],
 113 );
 114
 115 $bad_rels[0] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $bad_rels[0] } );
 116 if ($ERROR_CLASS) {
 117     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) },
 118     'Bio::Root::Exception',
 119     'adding a relationship with an undef object term fails');
 120 } else {
 121     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) }, qr/Exception/,
 122               'adding a relationship with an undef object term fails');
 123 }
 124 throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[0] ) }, qr/MSG: cannot add relationship, relationship has no object_term/, 'adding a relationship with an undef object term fails');
 125
 126 $bad_rels[1] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $bad_rels[1] } );
 127 if ($ERROR_CLASS) {
 128     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) },
 129     'Bio::Root::Exception',
 130     'adding a relationship with an undef subject term fails');
 131 } else {
 132     throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) },
 133     qr/Exception/,
 134     'adding a relationship with an undef subject term fails');
 135 }
 136 throws_ok( sub { $ont->add_relationship( $bad_rels[1] ) }, qr/MSG: cannot add relationship, relationship has no subject_term/, 'adding a relationship with an undef subject term fails');
 137
 138 for ( my $i = 0 ; $i < @rels ; $i++ ) {
 139     $rels[$i] = Bio::Ontology::Relationship->new( @{ $rels[$i] } );
 140     $ont->add_relationship( $rels[$i] );
 141 }
 142
 143 my @child_terms =
 144     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_child_terms( $terms[0] );
 145 is( scalar(@child_terms), 2 );
 146 is( $child_terms[0],      $terms[1] );
 147 my @child_terms1 =
 148     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_child_terms( $terms[0], $rel_type );
 149 is( scalar(@child_terms), 2 );
 150 is( $child_terms1[0],     $terms[1] );
 151 is( scalar( $ont->get_child_terms( $terms[0], $rel_type1 ) ), 0 );
 152
 153 my @descendant_terms =
 154     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_descendant_terms( $terms[0] );
 155 is( scalar(@descendant_terms), 3 );
 156 is( $descendant_terms[1],      $terms[2] );
 157
 158 my @descendant_terms1 =
 159     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); }
 160     $ont->get_descendant_terms( $terms[0], $rel_type );
 161 is( $descendant_terms1[1],      $terms[2] );
 162 is( scalar(@descendant_terms1), 3 );
 163 is( scalar( $ont->get_descendant_terms( $terms[0], $rel_type1 ) ), 0 );
 164
 165 my @parent_terms =
 166     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_parent_terms( $terms[1] );
 167 is( scalar(@parent_terms), 1 );
 168 is( $parent_terms[0],      $terms[0] );
 169
 170 my @ancestor_terms =
 171     sort { $a->identifier() cmp $b->identifier(); } $ont->get_ancestor_terms( $terms[2] );
 172 is( $ancestor_terms[0],      $terms[0] );
 173 is( scalar(@ancestor_terms), 3 );
 174 is( scalar( $ont->get_ancestor_terms( $terms[2], $rel_type ) ),  3 );
 175 is( scalar( $ont->get_ancestor_terms( $terms[2], $rel_type1 ) ), 0 );
 176
 177 my @leaf_terms = $ont->get_leaf_terms();
 178
 179 # print scalar(@leaf_terms)."\n";
 180 is( scalar(@leaf_terms), 1 );
 181 is( $leaf_terms[0],      $terms[2] );
 182
 183 my @root_terms = $ont->get_root_terms();
 184
 185 # print scalar(@root_terms)."\n";
 186 is( scalar(@root_terms), 1 );
 187 is( $root_terms[0],      $terms[0] );
 188
 189 #print $ont->engine->to_string();