t/Matrix/SiteMatrix.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8   use lib '.';
   9   use Bio::Root::Test;
  10
  11   test_begin(-tests => 14);
  12
  13   use_ok('Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix');
  14 }
  15
  16 my $score;
  17 my $A='a0501';
  18 my $C='014a0';
  19 my $G='01103';
  20 my $T='08006';
  21 my $eval=0.0001;
  22 my %param=(pA=>$A,pC=>$C,pG=>$G,pT=>$T,e_val=>$eval, correction =>0);
  23 ok my $matrix=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix->new(%param);
  24
  25 #Simple methods here
  26 is $matrix->IUPAC,'ABVCD';
  27
  28 is $matrix->consensus,'ATACT';
  29
  30 is $matrix->width,5;
  31
  32 is $matrix->curpos,0;
  33
  34 is $matrix->get_string('A'),$A;
  35
  36 my %x= (base=>'A',pA=>1,pC=>0,pG=>0,pT=>0,prob=>10,rel=>0,
  37         lA=>undef,lC=>undef,lG=>undef,lT=>undef);
  38 my %pos = $matrix->next_pos;
  39 my ($all) = 1;
  40 while(my ($k,$v) = each %x ) {
  41     my $r =$pos{$k};
  42     if( ! defined $v && ! defined $r) {
  43     } elsif($pos{$k} ne $v ) {
  44         $all = 0;
  45         last;
  46     }
  47 }
  48 ok($all);
  49
  50 is $matrix->curpos,1;
  51
  52 ok $matrix->e_val(0.0001);
  53
  54 is $matrix->e_val,0.0001;
  55
  56 #Now some PSM specific methods like regexp and matrix info
  57 is $matrix->regexp,'[Aa][CcGgTtBb][AaCcGgVv][Cc][AaGgTtDd]';
  58
  59 my @x=(1,0,0.5,0,0.1);
  60 is_deeply [$matrix->get_array('A')], \@x;
  61
  62 @x=qw([Aa] [CcGgTtBb] [AaCcGgVv] [Cc] [AaGgTtDd]);
  63 is_deeply [$matrix->regexp_array], \@x;