t/Tools/tRNAscanSE.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 14);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::tRNAscanSE');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $parser = Bio::Tools::tRNAscanSE->new(-verbose => $verbose,
  18                                          -file => test_input_file('yeast.tRNAscanSE'));
  19
  20 isa_ok($parser, 'Bio::Tools::tRNAscanSE') ;
  21
  22 my @genes;
  23 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  24     push @genes, $gene;
  25 }
  26
  27 is (scalar(@genes), 287);
  28 is($genes[2]->seq_id, 'I', 'seq_id');
  29 my ($codon) = $genes[2]->get_tag_values('Codon');
  30 is($codon, 'TTG', 'codon');
  31 is($genes[2]->start, 181135, 'start');
  32 is($genes[2]->end, 181248, 'end');
  33 is($genes[2]->strand, 1, 'strand');
  34
  35 my @exons = $genes[2]->get_SeqFeatures ;
  36 is ( scalar(@exons), 2, 'exons' );
  37 is($exons[0]->end,181172, 'end' );
  38 is($exons[0]->start,$genes[2]->start, 'start');
  39 is($exons[1]->start,181205, 'start');
  40 is($exons[1]->end,$genes[2]->end, 'end');
  41 is($exons[0]->seq_id, $genes[2]->seq_id, 'seq_id');