t/Tools/Seg.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 15);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Seg');
  13 }
  14
  15 my ($infile, $parser) ;
  16
  17 $infile = test_input_file('seg.out');
  18 ok ($parser = Bio::Tools::Seg->new(-file=>$infile), 'parser defined') ;
  19
  20 my @feat;
  21 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  22         push @feat, $feat;
  23 }
  24
  25 is scalar(@feat), 3;
  26
  27 # seq 0
  28 #>LBL_0012(32-46) complexity=2.47 (12/2.20/2.50)
  29 #gdggwtfegwggppe
  30
  31 # seq 1
  32 #>LBL_0012(66-80) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  33 #kfssrasakavakks
  34
  35 # seq 2
  36 #>LBL_0012(123-138) complexity=2.31 (12/2.20/2.50)
  37 #svivsqsqgvvkgvgv
  38
  39 my $raa_testdata = [
  40         [ 'LBL_0012', 32, 46, 2.47   ],
  41         [ 'LBL_0012', 66, 80, 2.31   ],
  42         [ 'LBL_0012', 123, 138, 2.31 ],
  43 ] ;
  44
  45 for (0..( scalar(@feat)-1 )) {
  46         is ( $feat[$_]->seq_id, $raa_testdata->[$_]->[0], "seq id for seq $_ identified" ) ;
  47         is ( $feat[$_]->start,  $raa_testdata->[$_]->[1], "start for seq $_ identified"  ) ;
  48         is ( $feat[$_]->end,    $raa_testdata->[$_]->[2], "end for seq $_ identified"    ) ;
  49         is ( $feat[$_]->score,  $raa_testdata->[$_]->[3], "score for seq $_ identified"  ) ;
  50 }