t/Tools/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 28);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::RepeatMasker');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename = test_input_file('repeatmasker.fa.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::RepeatMasker->new(-file => $inputfilename);
  17
  18 {
  19     my $rpt = $parser->next_result;
  20     is ($rpt->feature1->seq_id, "contig11600");
  21     is ($rpt->feature1->start, 1337);
  22     is ($rpt->feature1->end, 1407);
  23     is ($rpt->feature1->strand, 1);
  24     is ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  25     is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  26     is (scalar $rpt->feature1->get_tag_values('Target'), 3);
  27     is ($rpt->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  28     is ($rpt->feature2->start, 2);
  29     is ($rpt->feature2->end, 76);
  30     is ($rpt->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  31     is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  32     is (scalar $rpt->feature2->get_tag_values('Target'), 3);
  33 }
  34
  35 $parser->next_result for 1,2,3;
  36
  37 {
  38     my $rpt = $parser->next_result;
  39     is ($rpt->feature1->seq_id, "SL2.30ch10");
  40     is ($rpt->feature1->start, 38849);
  41     is ($rpt->feature1->end, 38940);
  42     is ($rpt->feature1->strand, -1);
  43     is ($rpt->feature1->primary_tag, "LTR");
  44     is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  45     is_deeply ( [ $rpt->feature1->get_tag_values('Target') ], ['LTR_PGSC0003DMS000000301_448',10681,10775] );
  46     is ($rpt->feature2->seq_id, "LTR_PGSC0003DMS000000301_448");
  47     is ($rpt->feature2->start, 10681);
  48     is ($rpt->feature2->end, 10775);
  49     is ($rpt->feature2->strand, -1);
  50     is ($rpt->feature1->primary_tag, "LTR");
  51     is ($rpt->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  52     is_deeply ([$rpt->feature2->get_tag_values('Target')],['SL2.30ch10',38849,38940]);
  53 }
  54