t/Tools/QRNA.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 30);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::QRNA');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename= test_input_file('ecoli-trna-qrna.out');
  16 ok my $parser = Bio::Tools::QRNA->new(-file => $inputfilename);
  17
  18 my $rnacount = 0;
  19 while( my $f = $parser->next_feature ) {
  20     if( $f->primary_tag eq 'RNA' ) { # winning model is primary tag
  21         if( ! $rnacount ) { # 1st time through let's test
  22             is($f->feature1->start,4);
  23             is($f->feature1->end,  70);
  24             is($f->score, 22.147);
  25             is($f->feature1->seq_id,'DA0780-1-');
  26
  27             is($f->feature2->start, 4);
  28             is($f->feature2->end,  70);
  29             is($f->feature2->seq_id, 'ECOLI-3979754-');
  30             is(($f->get_tag_values('alignment_len'))[0], 70);
  31             is(($f->get_tag_values('alignment_pid'))[0], '72.86');
  32             is(($f->get_tag_values('COD_score'))[0], '16.954');
  33             is(($f->get_tag_values('COD_logoddspost'))[0], '-4.365');
  34             is(($f->get_tag_values('OTH_score'))[0], '21.319');
  35             is(($f->get_tag_values('OTH_logoddspost'))[0], '0.000');
  36         }
  37         $rnacount++;
  38     }
  39 }
  40 is($rnacount, 21);
  41 $inputfilename= test_input_file('qrna-relloc.out');
  42 $parser = Bio::Tools::QRNA->new(-file => $inputfilename);
  43
  44 my $qrna = $parser->next_feature;
  45 is($qrna->primary_tag, 'COD');
  46 is($qrna->source_tag, 'qrna');
  47 is($qrna->feature1->seq_id, 'Contig1');
  48 is($qrna->feature2->seq_id, 'chr5.pseudo');
  49 is($qrna->feature1->start, 24732);
  50 is($qrna->feature1->end, 24881);
  51
  52 is($qrna->feature2->start, 527251);
  53 is($qrna->feature2->end, 527400);
  54
  55 is($parser->seq_file,'tst.out');
  56 is($parser->RNA_model, '/mix_tied_linux.cfg');
  57 is($parser->PAM_model, 'BLOSUM62 scaled by 1.000');
  58 is($parser->program_name, 'qrna');
  59 is($parser->program_version, '1.2b');
  60 is($parser->program_date, 'Tue Dec 18 15:04:38 CST 2001');