Allow falling back to any strigified Bio::AnnotationI for 'gene_name'
[bioperl-live.git] / t / Tools / Promoterwise.t
blob6fe3f9c19fd9decee2f2c271ec0c8d8d7469788d
1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2 # $Id$
4 use strict;
6 BEGIN {
7     use lib '.';
8     use Bio::Root::Test;
9     
10     test_begin(-tests => 7);
11         
12     use_ok('Bio::Tools::Promoterwise');
15 my $file = test_input_file('promoterwise.out');
16 my $parser = Bio::Tools::Promoterwise->new(-file=>$file);
17 isa_ok $parser,'Bio::Tools::Promoterwise';
18 my @fp;
19 while (my $fp = $parser->next_result){
20   push @fp,$fp;
22 my $first = $fp[0]->feature1;
23 my $second = $fp[0]->feature2;
25 my @sub = $first->sub_SeqFeature;
26 my @sub2 = $second->sub_SeqFeature;
28 is $sub[0]->start,4;
29 is $sub2[0]->start,29;
30 is $sub[0]->end,18;
31 is $sub2[0]->end,43;
32 is $sub[0]->score,1596.49