t/Tools/Primer3.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 14,
  12                -requires_module => 'Clone');
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::Primer3');
  15 }
  16
  17 my ($p3, $num, $primer);
  18
  19 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file => test_input_file('primer3_output.txt'));
  20 ok $num = $p3->number_of_results;
  21 is $num, 5 or diag "Got $num";
  22 ok $num = $p3->all_results;
  23 is defined $num, 1 or diag "Can't get all results";
  24 ok $num = $p3->primer_results(1);
  25 is defined $num, 1 or diag "Can't get results for 1";
  26 ok $primer = $p3->next_primer;
  27 isa_ok $primer, "Bio::Seq::PrimedSeq" or diag
  28   "reference for primer stream is not right";
  29
  30 # get the left primer
  31 my $left_primer = $primer->get_primer('left');
  32
  33 # get the sequence for that primer. This is a test to verify behavior
  34 # on the bioperl list in or about 050315
  35 my $seqobj = $left_primer->seq();
  36
  37 my $seq = $seqobj->seq();
  38
  39 my $other_left_primer = $primer->get_primer();
  40
  41 # a different way to access the primers in the stream
  42 my $alt = $p3->primer_results(0,'PRIMER_LEFT_INPUT');
  43
  44 # next one
  45 ok $primer = $p3->next_primer;
  46 # get the left primer
  47 my $left_primer_seq = $primer->get_primer('left')->seq;
  48 is $left_primer_seq->seq, "GAGGGTAACACGCTGGTCAT";
  49
  50 # bug 2862
  51 ok $p3 = Bio::Tools::Primer3->new(-file=>test_input_file('bug2862.pmr'));
  52 $num=0;
  53 while ($p3->next_primer) { $num++ };
  54 is $p3->number_of_results, $num, 'bug 2862';