t/Tools/Match.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Match.t,v 1.15 2007/06/27 10:16:38 sendu Exp $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 38,
  11                            -requires_module => 'URI::Escape');
  12
  13     use_ok('Bio::Tools::Match');
  14 }
  15
  16 ok my $parser = Bio::Tools::Match->new(-file => test_input_file('match.output'));
  17
  18 my $count = 0;
  19 my @expected = ([qw(4338 4349 1.000 0.945 V$MYOD_01)],
  20                 [qw(7390 7401 1.000 0.932 V$MYOD_01)],
  21                 [qw(8503 8514 1.000 0.941 V$MYOD_01)],
  22                 [qw(8767 8778 1.000 0.937 V$MYOD_01)],
  23                 [qw(33 47 0.693 0.779 V$E47_01)]);
  24 while (my $feat = $parser->next_result) {
  25     $count++;
  26     my @exp = @{shift(@expected)};
  27
  28     isa_ok $feat, 'Bio::SeqFeature::Annotated';
  29     is $feat->source->value, 'transfac_match', 'correct source';
  30     is $feat->start, shift(@exp), 'feature start correct';
  31     is $feat->end, shift(@exp), 'feature end correct';
  32
  33     my $core_score = $feat->score;
  34     my $matrix_score = ($feat->annotation->get_Annotations('matrix_score'))[0]->value;
  35     my $matrix_id = ($feat->annotation->get_Annotations('matrix_id'))[0]->value;
  36
  37     is $core_score, shift(@exp), 'feature core score correct';
  38     is $matrix_score, shift(@exp), 'feature matrix score correct';
  39     is $matrix_id, shift(@exp), 'feature matrix id correct';
  40
  41     last if $count == 5;
  42 }
  43
  44 is $count, 5, "correct number of results managed to get tested";