t/Tools/Hmmer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Hmmer.t 14989 2008-11-11 19:52:02Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 29);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::HMMER::Domain');
  13         use_ok('Bio::Tools::HMMER::Set');
  14         use_ok('Bio::Tools::HMMER::Results');
  15 }
  16
  17 my ($domain,$set,$homol,$rev,$res,$dom,@doms);
  18 $domain = Bio::Tools::HMMER::Domain->new(-verbose=>1);
  19
  20 is ref($domain), 'Bio::Tools::HMMER::Domain';
  21
  22 $domain->start(50);
  23 $domain->end(200);
  24 $domain->hstart(10);
  25 $domain->hend(100);
  26 $domain->seqbits(50);
  27 $domain->bits(20);
  28 $domain->evalue(0.0001);
  29 $domain->seq_id('silly');
  30
  31
  32 # test that we can get out forward and reverse homol_SeqFeatures
  33 $homol = $domain->feature2();
  34 is $homol->start(), 10;
  35
  36 $rev = $domain;
  37
  38 is $rev->start(), 50;
  39
  40 $set = Bio::Tools::HMMER::Set->new();
  41 $set->add_Domain($domain);
  42
  43 @doms = $set->each_Domain();
  44 $dom = shift @doms;
  45
  46 is $dom->start(), 50;
  47
  48 $set->bits(300);
  49 $set->evalue(0.0001);
  50 $set->name('sillyname');
  51 $set->desc('a desc');
  52 $set->accession('fakeaccesssion');
  53 is $set->bits(), 300;
  54 is $set->evalue(), 0.0001;
  55 is $set->name(), 'sillyname';
  56 is $set->desc, 'a desc';
  57 is $set->accession, 'fakeaccesssion';
  58
  59 $res = Bio::Tools::HMMER::Results->new( -file => test_input_file('hmmsearch.out') , -type => 'hmmsearch');
  60 my $seen =0;
  61 is $res->hmmfile, "HMM";
  62 is $res->seqfile, "HMM.dbtemp.29591";
  63
  64 my $first = 0;
  65 foreach $set ( $res->each_Set) {
  66     foreach $domain ( $set->each_Domain ) {
  67     #print STDERR "Got domain ",$domain->seq_id," start ",$domain->start," end ",$domain->end,"\n";
  68     # do nothing for the moment
  69       $seen = 1;
  70   }
  71 }
  72 is $seen, 1;
  73
  74 is $res->number, 1215;
  75
  76 $res = Bio::Tools::HMMER::Results->new( -file => test_input_file('hmmpfam.out') ,
  77                                         -type => 'hmmpfam');
  78
  79 is ($res->number, 2);
  80
  81 # parse HMM 2.2 files
  82
  83 $res = Bio::Tools::HMMER::Results->new( -file => test_input_file('L77119.hmmer'),
  84                                         -type => 'hmmpfam');
  85 $seen =0;
  86 is $res->hmmfile, 'Pfam';
  87 is $res->seqfile, 'L77119.faa';
  88 foreach $set ( $res->each_Set) {
  89     # only one set anyways
  90
  91     is($set->name, 'gi|1522636|gb|AAC37060.1|');
  92     is($set->desc, 'M. jannaschii predicted coding region MJECS02 [Methanococcus jannaschii]');
  93     is($set->accession, '[none]');
  94     foreach $domain ( $set->each_Domain ) {
  95         #print STDERR "Got domain ",$domain->seq_id," start ",$domain->start," end ",$domain->end,"\n";
  96     # do nothing for the moment
  97         is($domain->start, 280);
  98         is($domain->end, 481);
  99         is($domain->bits, -105.2);
 100         is($domain->evalue, 0.0022 );
 101     }
 102 }
 103 is ($res->number, 1);
 104
 105 # test for bugs #(1189,1034,1172)
 106 $res = Bio::Tools::HMMER::Results->new( -file => test_input_file('hmmsearch.out') ,
 107                                         -type => 'hmmsearch');
 108 my $res2 = $res->filter_on_cutoff(100,50);
 109 ok($res2);
 110 is($res2->number, 604);