t/Tools/Geneid.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 26);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Geneid');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename = test_input_file('geneid_1.0.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::Geneid->new(-file => $inputfilename);
  17 my @genes;
  18
  19 while (my $gene= $parser->next_prediction)
  20 {
  21     push(@genes, $gene);
  22 }
  23
  24 my @transcripts = $genes[0]->transcripts;
  25 my @exons = $transcripts[0]->exons;
  26
  27 is($transcripts[0]->seq_id, '10');
  28 is($exons[0]->seq_id, '10');
  29 is($transcripts[0]->source_tag, 'geneid');
  30 is($exons[0]->source_tag, 'geneid');
  31 is($transcripts[0]->primary_tag, 'transcript');
  32 is($exons[0]->primary_tag, 'Initial');
  33
  34 is(scalar($transcripts[0]->exons), 2);
  35 is($transcripts[0]->start, 6090);
  36 is($transcripts[0]->end, 7276);
  37 is($transcripts[0]->score, 36.87);
  38 is($transcripts[0]->strand, 1);
  39 is($exons[0]->start, 6090);
  40 is($exons[0]->end, 6155);
  41 is($exons[0]->score, '1.40');
  42 is($exons[0]->strand, 1);
  43
  44 my ($type) = $exons[0]->get_tag_values('Type');
  45 is($type, 'Initial');
  46
  47 my ($phase) = $exons[0]->get_tag_values('phase');
  48 is($phase, 0);
  49
  50 my ($end_phase) = $exons[0]->get_tag_values('end_phase');
  51 is($end_phase, 0);
  52
  53 my ($start_signal_score) = $exons[0]->get_tag_values('start_signal_score');
  54 is($start_signal_score, 2.15);
  55
  56 my ($end_signal_score) = $exons[0]->get_tag_values('end_signal_score');
  57 is($end_signal_score, 3.63);
  58
  59 my ($coding_potential_score) = $exons[0]->get_tag_values('coding_potential_score');
  60 is($coding_potential_score, 12.34);
  61
  62 my ($homology_score) = $exons[0]->get_tag_values('homology_score');
  63 is($homology_score, '0.00');
  64
  65 is(scalar(@genes), 3);
  66
  67 @transcripts = $genes[1]->transcripts;
  68 is(scalar($transcripts[0]->exons), 5);
  69
  70 @transcripts = $genes[2]->transcripts;
  71 is(scalar($transcripts[0]->exons), 1);