t/Tools/FootPrinter.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 27);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::FootPrinter');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename= test_input_file('footprinter.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::FootPrinter->new(-file => $inputfilename);
  17 my @sub;
  18 my @species = qw(TETRAODON CHICKEN MOUSE HAMSTER HUMAN PIG);
  19 while (my $feat = $parser->next_feature){
  20     is($feat->seq_id, shift @species);
  21     foreach my $sub ($feat->sub_SeqFeature){
  22       push @sub,$sub;
  23     }
  24 }
  25
  26 is $sub[0]->seq_id, 'TETRAODON-motif1';
  27 is $sub[0]->start,352;
  28 is $sub[0]->end,362;
  29 is $sub[0]->seq->seq,'tacaggatgca';
  30 is $sub[1]->seq_id, 'TETRAODON-motif2';
  31 is $sub[1]->start,363;
  32 is $sub[1]->end,373;
  33 is $sub[1]->seq->seq,'ccatatttgga';
  34
  35 is $sub[2]->seq_id, 'CHICKEN-motif1';
  36 is $sub[2]->start,363;
  37 is $sub[2]->end,373;
  38 is $sub[2]->seq->seq,'cacaggatgta';
  39
  40 is $sub[3]->seq_id, 'CHICKEN-motif2';
  41 is $sub[3]->start,376;
  42 is $sub[3]->end,386;
  43 is $sub[3]->seq->seq,'ccatataagga';
  44
  45 is $sub[4]->seq_id, 'MOUSE-motif1';
  46 is $sub[4]->start,234;
  47 is $sub[4]->end,243;
  48 is $sub[4]->seq->seq,'cacaggatgt';