t/SeqIO/pir.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 9);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO::pir');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $str = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('seqfile.pir'),
  18                                                                   -verbose => $verbose,
  19                                                                   -format => 'pir');
  20
  21 ok ( defined $str, 'new instance is defined ');
  22 isa_ok ($str, 'Bio::SeqIO');
  23
  24 my $out = Bio::SeqIO->new(-format => 'pir',
  25                                                                  -fh => \*STDOUT);
  26
  27 while (my $seq = $str->next_seq()) {
  28         ok( $seq->length > 1, 'checked length');
  29         $out->write_seq($seq) if $verbose > 0;
  30 }