t/SeqIO/nexml.t

   1 #-*-perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 use Bio::Root::Test;
   7 test_begin( -tests=>44,
   8             -requires_modules => [qw(Bio::Phylo)]);
   9 use_ok( 'Bio::PrimarySeq' );
  10 use_ok('Bio::SeqIO::nexml'); # checks that your module is there and loads ok
  11
  12
  13 #Read Data
  14  ok( my $SeqStream = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file("characters.nexml.xml"), -format => 'nexml'), 'stream ok');
  15
  16         #checking first sequence object
  17         ok( my $seq_obj = $SeqStream->next_seq(), 'seq obj' );
  18         isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq');
  19         is( $seq_obj->alphabet, 'dna', "alphabet" );
  20         is( $seq_obj->primary_id, 'DNA sequences.seq_1', "primary_id");
  21         is( $seq_obj->display_id, 'DNA sequences.seq_1', "display_id");
  22         is( $seq_obj->seq, 'ACGCTCGCATCGCATC', "sequence");
  23         #check taxa
  24         my %expected_taxa = ('Homo sapiens' => 1, 'Pan paniscus' => 1, 'Pan troglodytes' => 1, 'Gorilla gorilla' => 1, 'Pongo pygmaeus' => 1);
  25         my $feat = ($seq_obj->get_SeqFeatures())[0];
  26         is( ($feat->get_tag_values('taxa_id'))[0], 'taxa1', 'taxa id');
  27         is( ($feat->get_tag_values('taxa_label'))[0], 'Primary taxa block', 'taxa label');
  28         is( ($feat->get_tag_values('my_taxon'))[0], 'Homo sapiens', "taxon ok" );
  29         my @taxa = $feat->get_tag_values('taxon');
  30         is( @taxa, 5, 'number of taxa');
  31         foreach my $taxon (@taxa) {
  32                 ok( $expected_taxa{$taxon}, 'taxon ok')
  33         }
  34
  35         #checking second sequence object
  36         ok( $seq_obj = $SeqStream->next_seq() );
  37         is( $seq_obj->alphabet, 'dna', "alphabet" );
  38         is( $seq_obj->primary_id, 'DNA sequences.seq_2', "primary_id");
  39         is( $seq_obj->display_id, 'DNA sequences.seq_2', "display_id");
  40         is( $seq_obj->seq, 'ACGCTCGCATCGCATC', "sequence");
  41         $SeqStream->next_seq();
  42         $SeqStream->next_seq();
  43
  44         #checking fifth sequence object
  45         ok( $seq_obj = $SeqStream->next_seq() );
  46         is( $seq_obj->alphabet, 'rna', "alphabet" );
  47         is( $seq_obj->primary_id, 'RNA sequences.seq_2', "primary_id");
  48         is( $seq_obj->display_id, 'RNA sequences.seq_2', "display_id defaults to primary");
  49         is( $seq_obj->seq, 'ACGCUCGCAUCGCAUC', "sequence");
  50
  51
  52 #Write Data
  53 diag('Begin tests for writing seq files');
  54 my $outdata = test_output_file();
  55 ok( my $outSeqStream = Bio::SeqIO->new(-file => ">$outdata", -format => 'nexml'), 'out stream ok');
  56 ok( $outSeqStream->write_seq($seq_obj), 'write nexml seq');
  57 close($outdata);
  58
  59 #Read in the out file to test roundtrip
  60 my $inSeqStream = Bio::SeqIO->new(-file => $outdata, -format => 'nexml');
  61
  62         #checking fifth sequence object
  63         ok( my $seq_obj2 = $inSeqStream->next_seq() );
  64         is( $seq_obj2->alphabet, 'rna', "alphabet" );
  65         is( $seq_obj2->primary_id, 'RNA sequences.seq_2', "primary_id");
  66         is( $seq_obj2->display_id, 'RNA sequences.seq_2', "display_id defaults to primary");
  67         is( $seq_obj2->seq, 'ACGCUCGCAUCGCAUC', "sequence");
  68
  69         #check taxa
  70         my $feat1 = ($seq_obj2->get_SeqFeatures())[0];
  71         is( ($feat1->get_tag_values('taxa_id'))[0], 'taxa1', 'taxa id');
  72         is( ($feat1->get_tag_values('taxa_label'))[0], 'Primary taxa block', 'taxa label');
  73         is( ($feat1->get_tag_values('my_taxon'))[0], 'Pan paniscus', "taxon ok" );
  74         my @taxa2 = $feat1->get_tag_values('taxon');
  75         is( @taxa2, 5, 'number of taxa');
  76         foreach my $taxon (@taxa2) {
  77                 ok( $expected_taxa{$taxon}, 'taxon ok')
  78         }
  79
  80