t/SeqIO/game.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 24,
  11                    -requires_modules => [qw(XML::Parser::PerlSAX XML::Writer)]);
  12     use_ok('Bio::SeqIO::game');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug() || -1;
  16 my $str = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.game'),
  17                           '-format' => 'game',
  18                           '-verbose' => $verbose);
  19 isa_ok ($str, 'Bio::SeqIO');
  20 my $seq = $str->next_seq();
  21 isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeq');
  22
  23 # exercise game parsing
  24 $str = Bio::SeqIO->new(
  25     -format =>'game',
  26     -file => test_input_file('test.game')
  27                       );
  28 $seq = $str->next_seq;
  29 ok(defined $seq);
  30 ok(defined $seq->seq);
  31 is($seq->alphabet, 'dna');
  32 is($seq->display_id, 'L16622');
  33 is($seq->length, 28735);
  34 is($seq->species->binomial, 'Caenorhabditis elegans');
  35 my @feats = $seq->get_SeqFeatures;
  36 is(scalar(@feats), 7);
  37 my $source = grep { $_->primary_tag eq 'source' } @feats;
  38 ok($source);
  39 my @genes = grep { $_->primary_tag eq 'gene' } @feats;
  40 is(scalar(@genes), 3);
  41 ok($genes[0]->has_tag('gene'));
  42 my $gname;
  43 if ( $genes[0]->has_tag('gene') ) {
  44     ($gname) = $genes[0]->get_tag_values('gene');
  45 }
  46 is($gname, 'C02D5.3');
  47 is($genes[0]->strand, 1);
  48 my $cds   = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } @feats;
  49 is($cds, 3);
  50
  51 # make sure we can read what we write
  52 # test XML-writing
  53 my $testfile = test_output_file();
  54 # map argument is require to write a <map_position> element
  55 my $out = Bio::SeqIO->new(-format => 'game', -file => ">$testfile", -map => 1);
  56 $out->write_seq($seq);
  57 $out->close();
  58
  59 $str = Bio::SeqIO->new(-format =>'game', -file => $testfile);
  60 $seq = $str->next_seq;
  61 ok(defined $seq);
  62 ok(defined $seq->seq);
  63 is($seq->alphabet, 'dna');
  64 is($seq->display_id, 'L16622');
  65 is($seq->length, 28735);
  66 is($seq->species->binomial, 'Caenorhabditis elegans');
  67
  68 my $genes = grep { $_->primary_tag eq 'gene' } @feats;
  69 $cds   = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } @feats;
  70 is($genes, 3);
  71 is($cds, 3);