t/SeqIO/SeqIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 45);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my @formats = qw(gcg fasta raw pir tab ace );
  18 # The following files or formats are failing: swiss genbank interpro embl
  19
  20 foreach my $format (@formats) {
  21         print "======== $format ========\n" if $verbose;
  22         read_write($format);
  23 }
  24
  25 sub read_write {
  26         my $format = shift;
  27         my $seq;
  28         my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file("test.$format"),
  29                                                           -format => $format);
  30         ok $seq = $str->next_seq();
  31         print "Sequence 1 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, "\n\n" if  $verbose;
  32         unless ($format eq 'raw') {
  33                 is $seq->id, 'roa1_drome',"ID for format $format";
  34                 is $seq->length, 358;
  35         }
  36
  37         unless ($format eq 'gcg') { # GCG file can contain only one sequence
  38                 ok $seq = $str->next_seq();
  39                 print "Sequence 2 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, $seq->seq, "\n" if $verbose;
  40         }
  41
  42         my $outfile = test_output_file();
  43         my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$outfile",
  44                                                           -format => $format);
  45         ok $out->write_seq($seq);
  46         if ($format eq 'fasta') {
  47                 my $id_type;
  48                 ok($id_type = $out->preferred_id_type('accession.version'),
  49                         'accession.version');
  50         }
  51
  52         ok -s $outfile;
  53 }
  54
  55 # from testformats.pl
  56 SKIP: {
  57     test_skip(-tests => 6, -requires_modules => [qw(Algorithm::Diff
  58                                                     IO::ScalarArray
  59                                                     IO::String)]);
  60     use_ok('Algorithm::Diff');
  61     eval "use Algorithm::Diff qw(diff LCS);";
  62     use_ok('IO::ScalarArray');
  63     use_ok('IO::String');
  64
  65     my %files = (
  66              #'test.embl'      => 'embl',
  67              #'test.ace'       => 'ace',
  68               'test.fasta'     => 'fasta',
  69              #'test.game'      => 'game',
  70               'test.gcg'       => 'gcg',
  71              #'test.genbank'   => 'genbank',
  72               'test.raw'       => 'raw',
  73              #'test_badlf.gcg' => 'gcg'
  74               );
  75
  76     while( my ($file, $type) = each %files ) {
  77         my $filename = test_input_file($file);
  78         print "processing file $filename\n" if $verbose;
  79         open(FILE, "< $filename") or die("cannot open $filename");
  80         my @datain = <FILE>;
  81         my $in = new IO::String(join('', @datain));
  82         my $seqin = new Bio::SeqIO( -fh => $in,
  83                     -format => $type);
  84         my $out = new IO::String;
  85         my $seqout = new Bio::SeqIO( -fh => $out,
  86                      -format => $type);
  87         my $seq;
  88         while( defined($seq = $seqin->next_seq) ) {
  89         $seqout->write_seq($seq);
  90         }
  91         $seqout->close();
  92         $seqin->close();
  93         my $strref = $out->string_ref;
  94         my @dataout = map { $_."\n"} split(/\n/, $$strref );
  95         my @diffs = &diff( \@datain, \@dataout);
  96         is @diffs, 0;
  97
  98         if(@diffs && $verbose) {
  99             foreach my $d ( @diffs ) {
 100                 foreach my $diff ( @$d ) {
 101                     chomp($diff->[2]);
 102                     print $diff->[0], $diff->[1], "\n>", $diff->[2], "\n";
 103                 }
 104             }
 105             print "in is \n", join('', @datain), "\n";
 106             print "out is \n", join('',@dataout), "\n";
 107         }
 108     }
 109 }
 110
 111 # simple tests specific to Bio::SeqIO interface (applicable to all SeqIO
 112 # modules)
 113
 114 ############ EXCEPTION HANDLING ############
 115
 116 throws_ok {
 117     Bio::SeqIO->new();
 118 } qr/No file, fh, or string argument provided/, 'Must pass a file or file handle';
 119
 120 throws_ok {
 121     Bio::SeqIO->new(-fh => undef);
 122 } qr/fh argument provided, but with an undefined value/,
 123     'Must pass a file or file handle';
 124
 125 throws_ok {
 126     Bio::SeqIO->new(-file => undef);
 127 } qr/file argument provided, but with an undefined value/,
 128     'Must pass a file or file handle';
 129
 130 throws_ok {
 131     Bio::SeqIO->new(-file => 'foo.bar');
 132 } qr/Can not open 'foo.bar' for reading: No such file or directory/,
 133     'Must pass a real file';
 134