t/SeqIO/SeqBuilder.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 101);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbosity = test_debug();
  16
  17 my ($seqio, $seq); # predeclare variables for strict
  18
  19 # default mode
  20 ok $seqio = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.genbank'),
  21                          '-format' => 'GenBank');
  22 $seqio->verbose($verbosity);
  23
  24 my $numseqs = 0;
  25 my @loci = qw(U63596 U63595 M37762 NT_010368 L26462);
  26 my @numfeas = (3,1,6,3,26);
  27
  28 while($seq = $seqio->next_seq()) {
  29     is ($seq->accession_number, $loci[$numseqs++]);
  30     ok ($seq->annotation->get_Annotations());
  31     is (scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1]);
  32     ok ($seq->species->binomial);
  33     ok ($seq->seq);
  34 }
  35 is ($numseqs, 5);
  36
  37 # minimalistic mode
  38 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.genbank'),
  39                          '-format' => 'GenBank');
  40 ok $seqio;
  41 $seqio->verbose($verbosity);
  42 ok my $seqbuilder = $seqio->sequence_builder();
  43 isa_ok $seqbuilder, "Bio::Factory::ObjectBuilderI";
  44 $seqbuilder->want_none();
  45 $seqbuilder->add_wanted_slot('display_id','accession_number','desc');
  46
  47 $numseqs = 0;
  48
  49 while($seq = $seqio->next_seq()) {
  50     is ($seq->accession_number, $loci[$numseqs++]);
  51     is (scalar(grep { ! ($_->tagname eq "keyword" ||
  52                          $_->tagname eq "date_changed" ||
  53                          $_->tagname eq "secondary_accession"); }
  54                $seq->annotation->get_Annotations()), 0);
  55     if($numseqs <= 3) {
  56                 is (scalar($seq->top_SeqFeatures), 0);
  57     }
  58         else {
  59                 is (scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1]);
  60     }
  61     is ($seq->species, undef);
  62     is ($seq->seq, undef);
  63     # switch on features for the last 2 seqs
  64     $seqbuilder->add_wanted_slot('features') if $numseqs == 3;
  65 }
  66 is ($numseqs, 5);
  67
  68 # everything but no sequence, and no features
  69 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.genbank'),
  70                          '-format' => 'GenBank');
  71 ok $seqio;
  72 $seqio->verbose($verbosity);
  73 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder();
  74 # want-all is default
  75 $seqbuilder->add_unwanted_slot('seq','features');
  76
  77 $numseqs = 0;
  78
  79 while($seq = $seqio->next_seq()) {
  80     is ($seq->accession_number, $loci[$numseqs++]);
  81     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations());
  82     if($numseqs <= 3) {
  83                 is (scalar($seq->top_SeqFeatures), 0);
  84     }
  85         else {
  86                 is (scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1]);
  87     }
  88     ok $seq->species->binomial;
  89     is ($seq->seq, undef);
  90     # switch on features for the last 2 seqs
  91     if($numseqs == 3) {
  92         $seqbuilder->add_unwanted_slot(
  93              grep { $_ ne 'features'; } $seqbuilder->remove_unwanted_slots());
  94     }
  95 }
  96 is ($numseqs, 5);
  97
  98 # skip sequences less than 100bp or accession like 'NT_*'
  99 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.genbank'),
 100                          '-format' => 'GenBank');
 101 ok $seqio;
 102 $seqio->verbose($verbosity);
 103 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder();
 104 # we could have as well combined the two conditions into one, but we want to
 105 # test the implicit AND here
 106 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 107     my $h = shift;
 108     return 0 if($h->{'-length'} < 100);
 109     return 1;
 110 });
 111 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 112     my $h = shift;
 113     return 0 if($h->{'-display_id'} =~ /^NT_/);
 114     return 1;
 115 });
 116
 117 $numseqs = 0;
 118 my $i = 0;
 119
 120 while($seq = $seqio->next_seq()) {
 121     $numseqs++;
 122     is ($seq->accession_number, $loci[$i]);
 123     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations());
 124     is (scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$i]);
 125     ok $seq->species->binomial;
 126     ok $seq->seq;
 127     $i += 2;
 128 }
 129 is ($numseqs, 3);