t/Primer.t

   1 ## $Id$
   2
   3 # test for Bio::SeqFeature::Primer
   4 # written by Rob Edwards
   5
   6 use strict;
   7 use constant NUMTESTS => 18;
   8
   9 BEGIN {
  10     eval { require Test::More; };
  11     if( $@ ) {
  12         use lib 't/lib';
  13     }
  14     use Test::More;
  15
  16     plan tests => NUMTESTS;
  17     use_ok('Bio::SeqFeature::Primer');
  18 }
  19
  20 my ($primer, $location, $start, $end, $strand, $id, $tm, $tme);
  21
  22 ok $primer=Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq=>'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  23 is $primer->seq->seq, "CTTTTCATTCTGACTGCAACG";
  24 is $primer->primary_tag, "Primer";
  25 ok $location=$primer->location(500);
  26 is $location,500;
  27 ok $start=$primer->start(2);
  28 is $start, 2;
  29 ok $end=$primer->end(19);
  30 is $end, 19;
  31 ok $strand=$primer->strand(-1);
  32 is $strand, -1;
  33 ok $id=$primer->display_id('test');
  34 is $id, "test";
  35 ok $tm = $primer->Tm;
  36 ok $tme = $primer->Tm_estimate;
  37 is int($tm), 52;
  38 is int($tme), 58;