t/Seq/PrimedSeq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 65);
  12
  13     use_ok('Bio::SeqIO');
  14     use_ok('Bio::Seq::PrimedSeq');
  15 }
  16
  17 my ($seqio, $seq, $left, $right, $primed_seq, $left_test, $right_test, $annseq, $amplicon, $returnedseq);
  18
  19 $seqio = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('primedseq.fa'));
  20 $seq   = $seqio->next_seq;
  21
  22 my $expected_amplicon_seq = 'cttttcattctgactgcaacgGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAA'.
  23 'AAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAA'.
  24 'TACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAacgcattagca'.
  25 'ccacc';
  26
  27 my $expected_amplicon_seq2 = 'cttttcattctgactgcaacgTGTCTCTGTGTGGATTAAAAA'.
  28 'AAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAA'.
  29 'TACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAacgcattagca'.
  30 'ccacc';
  31
  32 # Prime with Bio::PrimarySeqI objects and have the primer positions calculated
  33 $left  = Bio::PrimarySeq->new(-id => 123, -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  34 $right = Bio::Seq->new(-seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT');
  35 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
  36     -seq          => $seq,
  37     -left_primer  => $left,
  38     -right_primer => $right,
  39 ), 'Priming the target with sequence objects';
  40
  41 is $primed_seq->isa('Bio::SeqFeature::Generic'), 1;
  42
  43 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence; # should I check that this is what I think it is, or just be happy?
  44
  45 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
  46 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq;
  47 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
  48 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
  49 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
  50 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('-left_primer');
  51 isa_ok $left_test, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  52 is $left_test->seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  53 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('-r');
  54 isa_ok $right_test, 'Bio::SeqFeature::Primer';
  55 is $right_test->seq->seq, 'GGTGGTGCTAATGCGT';
  56 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer() );
  57 is $left_test->seq->seq, 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG';
  58 is $right_test->seq->seq, 'GGTGGTGCTAATGCGT';
  59 is $left_test->strand, 1;
  60 is $left_test->start, 3;
  61 is $left_test->end, 23;
  62 is $right_test->strand, -1;
  63 is $right_test->start, 195;
  64 is $right_test->end, 210;
  65
  66
  67 # Prime the sequence with Bio::SeqFeature::Primer objects
  68 $left  = Bio::SeqFeature::Primer->new(-id => 123, -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG');
  69 $right = Bio::SeqFeature::Primer->new(-seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT');
  70 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
  71     -seq          => $seq,
  72     -left_primer  => $left,
  73     -right_primer => $right,
  74 ), 'Priming the target with primer objects';
  75 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence;
  76 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
  77 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq;
  78 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
  79 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
  80 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
  81 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('left');
  82 is_deeply $left_test, $left;
  83 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('r');
  84 is_deeply $right_test, $right;
  85 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer('-both') );
  86 is_deeply $left_test, $left;
  87 is_deeply $right_test, $right;
  88 is $left_test->strand, 1;
  89 is $left_test->start, 3;
  90 is $left_test->end, 23;
  91 is $right_test->strand, -1;
  92 is $right_test->start, 195;
  93 is $right_test->end, 210;
  94
  95
  96 # Prime the sequence with Bio::SeqFeature::Primer objects
  97 $left  = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  98     -id => 123,
  99     -seq => 'CTTTTCATTCTGACTGCAACG',
 100     -start => 10,
 101     -end => 30,
 102     -strand => 1,
 103 );
 104 $right = Bio::SeqFeature::Primer->new(
 105     -seq => 'GGTGGTGCTAATGCGT',
 106     -start => 195,
 107     -end => 210,
 108     -strand => -1,
 109 );
 110 ok $primed_seq = Bio::Seq::PrimedSeq->new(
 111     -seq          => $seq,
 112     -left_primer  => $left,
 113     -right_primer => $right,
 114 ), 'Priming the target with located primer objects';
 115 ok $annseq = $primed_seq->annotated_sequence;
 116 ok $amplicon = $primed_seq->amplicon;
 117 is $amplicon->seq, $expected_amplicon_seq2;
 118 is $amplicon->id, 'Amplicon_from_Test1';
 119 ok $returnedseq = $primed_seq->seq;
 120 is $returnedseq->seq, $seq->seq;
 121 ok $left_test = $primed_seq->get_primer('left');
 122 is_deeply $left_test, $left;
 123 ok $right_test = $primed_seq->get_primer('r');
 124 is_deeply $right_test, $right;
 125 ok( ($left_test, $right_test) = $primed_seq->get_primer('-both') );
 126 is_deeply $left_test, $left;
 127 is_deeply $right_test, $right;
 128 is $left_test->strand, 1;
 129 is $left_test->start, 10;
 130 is $left_test->end, 30;
 131 is $right_test->strand, -1;
 132 is $right_test->start, 195;
 133 is $right_test->end, 210;