t/GDB.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11
  12 BEGIN {
  13     # to handle systems with no installed Test module
  14     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  15     # as a fallback
  16     $NUMTESTS = 12;
  17         $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  18
  19         eval {require Test::More;};
  20         if ($@) {
  21                 use lib 't/lib';
  22         }
  23         use Test::More;
  24
  25         eval {
  26                 require LWP::UserAgent;
  27         require HTML::Parser;
  28         require HTTP::Request::Common;
  29         };
  30         if ($@) {
  31                 plan skip_all => 'HTML::Parser or LWP::UserAgent or HTTP::Request not installed. This means Bio::DB::GDB modules is not usable. Skipping tests';
  32         }
  33     elsif (!$DEBUG) {
  34                 plan skip_all => 'Skipping all tests since they require network access, set BIOPERLDEBUG=1 to test';
  35         }
  36         else {
  37                 plan tests => $NUMTESTS;
  38         }
  39     use_ok('Bio::DB::GDB');
  40 }
  41
  42 my $verbose = -1;
  43
  44 my ($gdb, $marker, $info);
  45 # get a single seq
  46
  47 SKIP: {
  48     $marker = 'D1S234';
  49
  50     $gdb = new Bio::DB::GDB(-verbose=>$verbose);
  51
  52     eval {
  53         $info = $gdb->get_info(-type=>'marker',
  54                       -id  => $marker);
  55     };
  56
  57     if( $@ || ! defined $info) {
  58         skip("Warning: Couldn't connect to GDB website!  Skipping all other tests",11);
  59     }
  60
  61     ok $gdb;
  62     ok $info;
  63     is $info->{gdbid}, 'GDB:188296', 'info was ' . $info->{gdbid};
  64     is $info->{primers}->[0], 'GCCCAGGAGGTTGAGG', 'info was ' . $info->{primers}->[0];
  65     is $info->{primers}->[1], 'AAGGCAGGCTTGAATTACAG', 'info was ' . $info->{primers}->[1];
  66     is $info->{'length'}, 226, 'info was '. $info->{'length'};
  67
  68     $marker = 'UT497';
  69     $info = undef;
  70     eval {
  71         $info = $gdb->get_info(-type=>'marker',
  72                          -id  => $marker);
  73     };
  74     if( $@ || ! defined $info) {
  75         skip("Warning: Couldn't connect to GDB website! Skipping all other tests",5);
  76     }
  77     ok $info;
  78     is $info->{gdbid}, 'GDB:198271', 'info was ' . $info->{gdbid};
  79     is $info->{primers}->[0], 'GGGTGACAGAACAAGACCT', 'info was ' . $info->{primers}->[0];
  80     is $info->{primers}->[1], 'ACCCATTAGCCTTGAACTGA', 'info was ' . $info->{primers}->[1];
  81     is $info->{'length'}, 155, 'info was '. $info->{'length'};
  82 }
  83