Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for Bioperl core modules
   3
   4 1.1 Developer release
   5
   6     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
   7       this separation removes some of the complexity in our test suite
   8       and separates the core modules in bioperl from those that need
   9       external programs to run.
  10
  11     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
  12       not run into trouble running the makefile
  13
  14     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
  15       read,create,and write locations for grouped/split locations
  16       (like mRNA features on genomic sequence).
  17
  18     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
  19       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
  20
  21     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
  22       paraphyly, least common ancestor, etc.
  23
  24     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
  25
  26     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
  27       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
  28
  29     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
  30       a pseudo-blast textfile format
  31
  32
  33 1.0.2 Bug fix release
  34
  35     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
  36       in this release will not work after December 2002 when NCBI
  37       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
  38       on our main development branch and the functionality will be
  39       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
  40       Fall 2002.
  41
  42     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
  43       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
  44       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
  45       context sequence that is provided with a FastA alignment.
  46
  47     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
  48       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
  49       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
  50       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
  51       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
  52       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
  53       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
  54       implementation in BlastHSP).
  55
  56     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
  57       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
  58
  59     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
  60
  61     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
  62       to Howard Ross notice performance problem when writing out
  63       unbalanced trees.
  64
  65     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
  66       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
  67       -seqid becamse -seq_id.
  68
  69     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
  70       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
  71       the alignment when the best alignment starts internally in the
  72       sequence.
  73
  74 1.0.1 Bug fix release
  75
  76     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
  77
  78     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
  79       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
  80
  81     o Small API change to add methods for completeness across
  82       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
  83       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
  84       as the BlastXX objects.
  85         * Bio::Search::Result::ResultI
  86          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
  87            iterator method)
  88
  89         * Bio::Search::Hit::HitI
  90          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
  91            iterator method)
  92
  93     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
  94        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
  95        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
  96        has to be done here to make it work properly and will nee major
  97        API changes.
  98
  99     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
 100        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
 101        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
 102
 103     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
 104       tests added.
 105
 106     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
 107
 108     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
 109
 110     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
 111       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
 112       the newline.
 113
 114 1.0.0 Major Stable Release
 115
 116   This represents a major release of bioperl with significant
 117   improvements over the 0.7.x series of releases.
 118
 119     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
 120       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
 121
 122     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
 123       Bio::LocationI objects as well as start/end.
 124
 125     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
 126       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
 127       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
 128       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
 129       documentation in Bio::Biblio for more information.
 130
 131     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
 132       Open Bioinformatics Database Access.  See
 133       http://obda.open-bio.org for more information.
 134
 135     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
 136       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
 137       local database.
 138
 139     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
 140       been added by Lincoln Stein.
 141
 142     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
 143
 144     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
 145       a starting point for frequent questions and issues.
 146
 147 0.9.3 Developer's release
 148
 149     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
 150       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
 151       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
 152       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
 153
 154     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
 155       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
 156       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
 157       modules.
 158
 159     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
 160       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
 161
 162     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
 163       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
 164       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
 165       Bio::DB::GFF databases.
 166
 167 0.9.2 Developer's release
 168
 169     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
 170       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
 171       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
 172
 173     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
 174       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
 175       statistics module for evaluating.
 176
 177     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
 178       server for DAS servers.
 179
 180     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
 181       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
 182       for the data stream.
 183
 184     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
 185       functionality.
 186
 187     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
 188
 189     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
 190       cgi-bin entry point which should be more reliable.
 191
 192     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
 193       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
 194
 195     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
 196       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
 197       remote servers.
 198
 199     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
 200       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
 201       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
 202       previous system.
 203
 204     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
 205
 206     o Scripts from the bioperl script submission project and new
 207       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
 208
 209     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
 210       strictly enforced.
 211
 212     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
 213       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
 214
 215     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
 216       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
 217
 218 0.9.0 Developer's release
 219
 220     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
 221
 222     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
 223       blast jobs at NCBI.
 224
 225     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
 226
 227     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
 228       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
 229       Promotor, PolyA and Transcript.
 230
 231     o Speedup of translate method in PrimarySeq
 232
 233     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
 234       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
 235
 236     o Various fixes to Variation toolkit
 237
 238     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
 239       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
 240       and dbs in a single interface.
 241
 242     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
 243
 244     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
 245       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
 246
 247     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
 248
 249 0.7.2 Bug fix release
 250
 251     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
 252       to be runnable in many (but not all modules)
 253
 254     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
 255
 256     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
 257       split locations
 258
 259     o Bio::SeqIO::genbank
 260         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
 261         * moltype and molecule separation
 262
 263     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
 264
 265     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
 266       sequence calculation
 267
 268     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
 269
 270     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
 271       major changes are not on the 0.7 branch.
 272
 273     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
 274       with File::Spec
 275
 276     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
 277         in several types of mutations:
 278         1.) AA level: deletion, complex
 279         2.) AA level: complex, inframe
 280         3.) RNA level: silent
 281
 282     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
 283        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
 284        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
 285        way to test if report was empty is to see if
 286        $report->query->seqname is undefined.
 287
 288 0.7.1 Bug fix release
 289
 290     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
 291       related to Feature table parsing and locations on remote
 292       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
 293
 294     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
 295       which include a number of header lines.
 296
 297     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
 298       spaces where appropriate).
 299
 300     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
 301       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
 302
 303     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
 304       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
 305       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
 306
 307     o A moderate number of documentation improvements were made as
 308       well to provide a better code synopsis in each module.
 309
 310
 311 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
 312      Object system, new parsers, new functionality and
 313      all round better system. Highlights are:
 314
 315
 316      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
 317        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
 318
 319      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
 320        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
 321        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
 322
 323      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
 324        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
 325        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
 326        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
 327        feature tables for complex locations.
 328
 329      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
 330        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
 331        a temporary file as a backend.
 332
 333      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
 334        CDS retrieval and exon shuffling.
 335
 336      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
 337
 338      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
 339        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
 340
 341      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
 342        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
 343
 344      o New Alignment IO framework
 345
 346      o New Index modules (Swissprot)
 347
 348      o New modules for running Blast within perl
 349        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
 350        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
 351        (Bio::Tools::Run::Alignment).
 352
 353      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
 354        documentation across the package.
 355
 356      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
 357        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
 358        setup (see PLATFORMS).
 359
 360      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
 361        maintainability benefit a lot.
 362
 363      o A total of 957 automatic tests
 364
 365
 366 0.6.2
 367
 368    There are very few functionality changes but a large
 369    number of software improvements/bug fixes across the package.
 370
 371    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
 372
 373    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
 374      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
 375      wait for 0.7 release
 376
 377    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
 378
 379    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
 380      fixed.
 381
 382    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
 383
 384    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
 385      set have been removed
 386
 387    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
 388      have improved compliance with interface specs and documentation
 389
 390    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
 391
 392    o Most minor bug fixes have happened.
 393
 394    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
 395      rather than the deprecated syntax
 396
 397
 398 0.6.1  Sun April 2 2000
 399
 400    o Sequences can have Sequence Features attached to them
 401         - The sequence features can be read from or written to
 402           EMBL and GenBank style flat files
 403
 404    o Objects for Annotation, including References (but not
 405      full medline abstracts), Database links and Comments are
 406      provided
 407
 408    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
 409      is provided
 410
 411    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
 412
 413    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
 414      support and better overall behaviour.
 415
 416    o Flat file indexed databases provide both random access
 417      and sequential access to their component sequences.
 418
 419    o A CodonTable object has been written with all known
 420      CodonTables accessible.
 421
 422    o A number of new lightweight analysis tools have been
 423      added, such as molecular weight determination.
 424
 425     The 0.6 release also has improved software engineering
 426
 427    o The sequence objects have been rewritten, providing more
 428      maintainable and easier to implement objects. These
 429      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
 430
 431    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
 432      a Perl implementation has been provided. The interfaces
 433      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
 434
 435      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
 436      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
 437      bioperl.
 438
 439    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
 440      processing and perl-like automatic interpretation of <>
 441      over arguments.
 442
 443    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
 444      tests are now run before release).
 445
 446
 447
 448 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
 449         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
 450           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
 451           and SimpleAlign.
 452         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
 453           including better exception handling and PSI-Blast
 454           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
 455         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
 456           Follow the instructions in README for how to install
 457           it (basically, you have to edit Parse.pm).
 458         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
 459           objects are returned and where strings are returned.
 460         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
 461           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
 462         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
 463
 464 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
 465         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
 466           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
 467           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
 468         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
 469           sequence reformatting code out of the sequence object
 470         - The Bio::Index:: system has been started, providing
 471           generic index capabilities and specifically works for
 472           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
 473           databases
 474         - The Bio::DB:: system started, providing access to
 475           databases, both via flat file + index (see above) and
 476           via http to NCBI
 477         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
 478           are put has been started.
 479         - Many changes - a better distribution all round.
 480
 481 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
 482         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
 483           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 484         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
 485         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
 486         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
 487         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
 488           get_newline() since it could return more than one char.
 489         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
 490         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
 491         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
 492         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
 493         - Beefed up SimpleAlign.t test
 494
 495 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
 496         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
 497           script is run as a CGI and suppress output that is only
 498           appropriate when running interactively.
 499         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
 500         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
 501           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
 502         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
 503           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
 504         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
 505           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 506         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
 507           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
 508           -debug argument.
 509         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
 510           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
 511           creation and autodetect newline characters in files/streams
 512           (see bug report #19).
 513         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
 514           Utilities::create_filehandle().
 515         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
 516           of hardwiring in "\n".
 517         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
 518
 519 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
 520         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
 521           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 522         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
 523           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
 524         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
 525           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
 526           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
 527         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
 528           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
 529           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
 530
 531 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
 532         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
 533           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 534         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
 535           with make clean.
 536
 537 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
 538         - Lots of new modules added including:
 539            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
 540              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
 541              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
 542            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
 543            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
 544         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
 545         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
 546         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
 547           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
 548           file in the Bio/Tools/Blast directory.
 549
 550 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
 551         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18
 552