t/Variation/RNAChange.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 31);
  11
  12         use_ok('Bio::Variation::Allele');
  13         use_ok('Bio::Variation::RNAChange');
  14         use_ok('Bio::Variation::AAChange');
  15 }
  16
  17 ok my $obj = Bio::Variation::RNAChange->new();
  18
  19 $obj->start(4);
  20 is $obj->start, 4;
  21
  22 $obj->end(4);
  23 is $obj->end, 4;
  24
  25 $obj->length(1);
  26
  27 is $obj->length, 1;
  28
  29 $obj->strand('1');
  30 is $obj->strand, '1';
  31
  32 is ($obj->primary_tag, 'Variation' );
  33
  34 $obj->source_tag('source');
  35 is ($obj->source_tag, 'source' );
  36
  37 $obj->frame(2);
  38 is ($obj->frame, 2 );
  39
  40 $obj->score(2);
  41 is ($obj->score, 2 );
  42
  43 #test gff string
  44 #$obj->dna_mut('dna_mut');
  45 #if ($obj->dna_mut eq 'dna_mut' ) {
  46 #    print "ok 11\n";
  47 #} else {
  48 #    print "not ok 11\n";
  49 #}
  50
  51 my $a1 = Bio::Variation::Allele->new(-seq => 'g');
  52 $obj->allele_ori($a1);
  53
  54 is( $obj->allele_ori->seq, 'g' );
  55
  56 my $a2 = Bio::Variation::Allele->new('-seq' => 'a');
  57 $obj->allele_mut($a2);
  58
  59 is($obj->allele_mut->seq, 'a' );
  60
  61 $obj->upStreamSeq('gaagattcagccaagctcaaggatg');
  62 is ($obj->upStreamSeq, 'gaagattcagccaagctcaaggatg' );
  63
  64 $obj->cds_end(1000);
  65 is ($obj->cds_end, 1000 );
  66
  67 $obj->dnStreamSeq('aagtgcagttagggctgggaagggt');
  68 is ($obj->dnStreamSeq, 'aagtgcagttagggctgggaagggt' );
  69
  70 $obj->codon_pos(1);
  71 is ($obj->codon_pos, 1 );
  72
  73 my $obj3 = Bio::Variation::AAChange->new();
  74 $obj3->start(2);
  75 $obj->AAChange($obj3);
  76 $obj3->allele_ori($a1);
  77 $obj3->allele_mut($a2);
  78
  79 is ($obj->label, 'missense' , "label is". $obj->label);
  80
  81
  82 $obj->status('proven');
  83 is ($obj->status, 'proven' );
  84
  85 $obj->proof('experimental');
  86 is ($obj->proof, 'experimental' );
  87 is ($obj->restriction_changes, '-BccI' );
  88
  89 $obj->region('coding');
  90 is ($obj->region, 'coding' );
  91 $obj->numbering('coding');
  92 is ($obj->numbering, 'coding' );
  93
  94 is ($obj->codon_ori, 'gaa', "Codon_ori is |". $obj->codon_ori. "|");
  95
  96 is($obj->codon_mut, 'aaa' , "Codon_mut is |". $obj->codon_mut. "|");
  97
  98
  99 $obj->codon_pos(1);
 100 is ($obj->codon_pos, 1 );
 101 is( $obj->codon_table, 1 );
 102
 103 $obj->codon_table(3);
 104 is ( $obj->codon_table, 3 );
 105
 106 $obj->mut_number(2);
 107 is ( $obj->mut_number, 2 );
 108
 109 $obj->verbose(2);
 110 is ( $obj->verbose, 2 );