t/SeqIO/alf.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests               => 8,
  11                            -requires_module     => 'Bio::SeqIO::staden::read');
  12
  13         use_ok('Bio::SeqIO::alf');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 TODO: {
  19         my $format = 'alf';
  20         todo_skip "No tests for $format format -- no sample file to test against", 7, if 1;
  21
  22         my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => test_input_file("test.$format"),
  23                                                                 -format => $format);
  24
  25         isa_ok($seqio_obj, 'Bio::SeqIO');
  26
  27         my @methods = qw(next_seq write_seq);
  28         foreach my $method (@methods) {
  29                 can_ok($seqio_obj, $method) ||
  30                         diag "$method method not implemented for $format";
  31         }
  32
  33         # checking the first sequence object
  34         my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq();
  35         isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq::Quality');
  36         my %expected = ('seq'         => '' .
  37                                         'length'      => '',
  38                                         'primary_id'  => '',
  39                                         'description' => qr(),
  40                                    );
  41         is   ($seq_obj->seq(),         $expected{'seq'},         'sequence');
  42         is   ($seq_obj->length(),      $expected{'length'},      'length');
  43         is   ($seq_obj->primary_id(),  $expected{'primary_id'},  'primary_id');
  44         like ($seq_obj->description(), $expected{'description'}, 'description');
  45 }