t/Species.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4 my $WEAKEN;
   5 BEGIN {
   6         use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8     eval {require Test::Weaken; 1;};
   9     $WEAKEN = $@ ? 0 : 1;
  10     test_begin(-tests => 23);
  11
  12         use_ok('Bio::Species');
  13         use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
  14 }
  15
  16 ok my $sps = Bio::Species->new();
  17 $sps->classification(qw( sapiens Homo Hominidae
  18                          Catarrhini Primates Eutheria Mammalia Vertebrata
  19                          Chordata Metazoa Eukaryota));
  20
  21 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  22
  23 ok $sps->sub_species('sapiensis');
  24 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  25 is $sps->binomial('FULL'), 'Homo sapiens sapiensis';
  26 is $sps->sub_species, 'sapiensis';
  27
  28 $sps->classification(qw( sapiens Homo Hominidae
  29                          Catarrhini Primates Eutheria Mammalia Vertebrata
  30                          Chordata Metazoa Eukaryota));
  31 is $sps->binomial, 'Homo sapiens';
  32
  33
  34 # test cmd line initializtion
  35 ok my $species = Bio::Species->new( -classification =>
  36                                 [ qw( sapiens Homo Hominidae
  37                                       Catarrhini Primates Eutheria
  38                                       Mammalia Vertebrata
  39                                       Chordata Metazoa Eukaryota) ],
  40                                 -common_name => 'human');
  41 is $species->binomial, 'Homo sapiens';
  42 is $species->species, 'sapiens';
  43 is $species->genus, 'Homo';
  44 # test -common_name parameter, bug 2549
  45 is $species->common_name, 'human';
  46
  47 # A Bio::Species isa Bio::Taxon, so test some things from there briefly
  48 is $species->scientific_name, 'sapiens';
  49 is $species->rank, 'species';
  50
  51 # We can make a species object from just an id an db handle
  52 SKIP: {
  53     test_skip(-tests => 5, -requires_networking => 1);
  54
  55     $species = Bio::Species->new(-id => 51351);
  56     my $taxdb = Bio::DB::Taxonomy->new(-source => 'entrez');
  57     eval {$species->db_handle($taxdb);};
  58     skip "Unable to connect to entrez database; no network or server busy?", 5 if $@;
  59     is $species->binomial, 'Brassica rapa subsp.';
  60     is $species->binomial('FULL'), 'Brassica rapa subsp. pekinensis';
  61     is $species->genus, 'Brassica';
  62     is $species->species, 'rapa subsp.';
  63     is $species->sub_species, 'pekinensis';
  64 }
  65
  66 SKIP: {
  67     skip("Test::Weaken not installed, skipping", 2) if !$WEAKEN;
  68     # this sub leaks, should return true
  69     ok(Test::Weaken::leaks({
  70         constructor => sub { my ($a, $b); $a = \$b; $b = \$a}
  71     }));
  72     # this sub shouldn't leak (no circ. refs)
  73     ok(!Test::Weaken::leaks({
  74       constructor => sub{ Bio::Species->new( -classification =>
  75                                 [ qw( sapiens Homo Hominidae
  76                                       Catarrhini Primates Eutheria
  77                                       Mammalia Vertebrata
  78                                       Chordata Metazoa Eukaryota) ],
  79                                 -common_name => 'human') },
  80       }
  81     ));
  82 }