t/AlignIO/phylip.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: phylip.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 17);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::phylip');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # PHYLIP sequential/non-interleaved
  20 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => test_input_file('noninterleaved.phy'), '-interleaved' => 0,
  21                             '-format' => 'phylip');
  22 $aln = $strout->next_aln($aln);
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAA'.
  25    'AGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATT'.
  26    'TGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGA'.
  27    'TACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTG'.
  28    'GAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
  29
  30 # PHYLIP interleaved with long Ids
  31
  32 $str = Bio::AlignIO->new(
  33     '-file' => test_input_file("protpars_longid.phy"),
  34     '-format' => 'phylip',
  35     'longid' => 1);
  36
  37 $aln = $str->next_aln();
  38 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  39 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  40 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'S I N F R U  P 0 0 1 /1-84';
  41 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  42
  43 # PHYLIP interleaved, multiple segments
  44 $str = Bio::AlignIO->new(
  45     '-file' => test_input_file("protpars.phy"),
  46     '-format' => 'phylip');
  47
  48 $aln = $str->next_aln();
  49 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  50 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  51 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'SINFRUP001/1-4940';
  52 # is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  53
  54
  55 # PHYLIP interleaved
  56
  57 $str = Bio::AlignIO->new(
  58     '-file' => test_input_file("testaln.phylip"),
  59     '-format' => 'phylip');
  60 $aln = $str->next_aln();
  61 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  62 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  63 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
  64
  65 $strout = Bio::AlignIO->new(
  66     '-file'  => ">".test_output_file(),
  67     '-format' => 'phylip');
  68 $status = $strout->write_aln($aln);
  69 is $status, 1, "phylip output test";
  70
  71 # check the LocatableSeq start/end/strand etc
  72 my $ls = $aln->get_seq_by_pos(2);
  73 is($ls->display_id, 'Pan_panisc');
  74 is($ls->start, 1);
  75 is($ls->end,47);
  76
  77 # bug 2984
  78 TODO: {
  79     local $TODO = 'problems with default strand, length?';
  80     # shouldn't this be 0?
  81     is($ls->strand,0);
  82     is($ls->length,47);
  83 }
  84
  85 # check to see that newlines between header and sequences are parsed correctly
  86 $str = Bio::AlignIO->new('-file' => test_input_file("codeml45b.mlc"), '-format' => 'phylip', '-longid' => 1);
  87 $aln = $str->next_aln();
  88 $ls = $aln->get_seq_by_pos(9);
  89 ok($ls->display_id eq "Pop_trich_ch", "newline between header and sequences is parsed correctly");