t/AlignIO/nexus.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: nexus.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 43);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::nexus');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # NEXUS
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21    '-file' => test_input_file('testaln.nexus'),
  22                           '-format' => 'nexus');
  23 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  24 $aln = $str->next_aln();
  25 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  26 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapiens/1-45';
  27 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => ">".test_output_file(),
  28                             '-format' => 'nexus', );
  29 $status = $strout->write_aln($aln);
  30 is $status, 1, "nexus output test";
  31
  32 $str = Bio::AlignIO->new(
  33    '-file' => test_input_file('Bird_Ovomucoids.nex'),
  34                           '-format' => 'nexus');
  35 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  36 $aln = $str->next_aln();
  37 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  38 $str = Bio::AlignIO->new(
  39    '-file' => test_input_file('basic-ladder.nex'),
  40                           '-format' => 'nexus');
  41 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  42 $aln = $str->next_aln();
  43 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  44 $str = Bio::AlignIO->new(
  45    '-file' => test_input_file('Kingdoms_DNA.nex'),
  46                           '-format' => 'nexus');
  47 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  48 $aln = $str->next_aln();
  49 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  50 $str = Bio::AlignIO->new(
  51   '-file' => test_input_file('char-interleave.nex'),
  52                           '-format' => 'nexus');
  53 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  54 $aln = $str->next_aln();
  55 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  56 $str = Bio::AlignIO->new(
  57    '-file' => test_input_file('Primate_mtDNA.nex'),
  58                           '-format' => 'nexus');
  59 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  60 $aln = $str->next_aln();
  61 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  62 $str = Bio::AlignIO->new(
  63    '-file' => test_input_file("char-matrix-spaces.nex"),
  64                           '-format' => 'nexus');
  65 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  66 $aln = $str->next_aln();
  67 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  68 $str = Bio::AlignIO->new(
  69    '-file' => test_input_file("SPAN_Family4nl.nex"),
  70                           '-format' => 'nexus');
  71 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  72 $aln = $str->next_aln();
  73 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  74 $str = Bio::AlignIO->new(
  75    '-file' => test_input_file("intrablock-comment.nex"),
  76                           '-format' => 'nexus');
  77 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  78 $aln = $str->next_aln();
  79 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  80 $str = Bio::AlignIO->new(
  81    '-file' => test_input_file("SPAN_Family7n.nex"),
  82                           '-format' => 'nexus');
  83 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  84 $aln = $str->next_aln();
  85 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  86 $str = Bio::AlignIO->new(
  87    '-file' => test_input_file("long-names.nex"),
  88                           '-format' => 'nexus');
  89 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  90 $aln = $str->next_aln();
  91 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  92 $str = Bio::AlignIO->new(
  93    '-file' => test_input_file("SPAN_Family8a.nex"),
  94                           '-format' => 'nexus');
  95 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  96 $aln = $str->next_aln();
  97 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  98 $str = Bio::AlignIO->new(
  99    '-file' => test_input_file("multiline-intrablock-comment.nex"),
 100                           '-format' => 'nexus');
 101 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 102 $aln = $str->next_aln();
 103 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 104 $str = Bio::AlignIO->new(
 105   '-file' => test_input_file("Treebase-chlamy-dna.nex"),
 106                           '-format' => 'nexus');
 107 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 108 $aln = $str->next_aln();
 109 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 110 $str = Bio::AlignIO->new(
 111   '-file' => test_input_file("quoted-strings1.nex"),
 112                           '-format' => 'nexus');
 113 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 114 $aln = $str->next_aln();
 115 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 116 $str = Bio::AlignIO->new(
 117    '-file' => test_input_file("UnaSmithHIV-both.nex"),
 118                           '-format' => 'nexus');
 119 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 120 $aln = $str->next_aln();
 121 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 122 $str = Bio::AlignIO->new(
 123   '-file' => test_input_file("quoted-strings2.nex"),
 124                           '-format' => 'nexus');
 125 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 126 $aln = $str->next_aln();
 127 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 128 $str = Bio::AlignIO->new(
 129    '-file' => test_input_file("barns-combined.nex"),
 130                           '-format' => 'nexus');
 131 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 132 $aln = $str->next_aln();
 133 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 134 $str = Bio::AlignIO->new(
 135    '-file' => test_input_file("radical-whitespace.nex"),
 136                           '-format' => 'nexus');
 137 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 138 $aln = $str->next_aln();
 139 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 140 $str = Bio::AlignIO->new(
 141    '-file' => test_input_file("basic-bush.nex"),
 142                           '-format' => 'nexus');
 143 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 144 $aln = $str->next_aln();
 145 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 146 $str = Bio::AlignIO->new(
 147   '-file' => test_input_file("radical-whitespace_02.nex"),
 148                           '-format' => 'nexus');